背景
拿破崙在奧斯特利茨打敗俄奧聯軍以後，分別同俄國和英國開始了新的談判。他希望有一個和平安定的時期，以便能改造新占領的地區，並進一步加強國內的統治。歐洲建立第4次反法聯盟
1806年9月，英國，俄國、普魯士和瑞典等國組成第4次反法聯盟。9月6日，普魯士國王宣布，對英國重新開放北海方面的所有港口。隨著反法聯盟的建立，歐洲大陸的軍事形勢重又緊張起來了。由哈布斯堡王朝統治的神聖羅馬帝國，於1806年8月6日正式宣布解體。奧地利在先後3次敗於拿破崙之後，國力日衰，已經遠遠不能與法國分庭抗禮了。在這個形勢下，普魯士和俄國便成了遏制法國的主要對手。然而，和以往3次一樣，第4次反法聯盟，也只是一個雖有共同利益而又各有矛盾的鬆散團體，各方都有自己的明確目的，誰也不會放棄自己的小算盤。例如，英國向普魯士提出的第1個條件，就是普王必須作出保證，一旦作戰成功，要把漢諾瓦還給英國。這一點正是普魯土國王對拿破崙不滿的重要因素。
在第4次反法聯盟中，沙皇亞歷山大一世倒是很想幫助普魯士把拿破崙打倒。他念念不忘奧斯特利茨的恥辱，遲遲不肯批准同法國的和約，就是為了等待時機的到來。使得亞歷山大特別耿耿於懷的，是拿破崙在歐洲攫取的權勢和地位。不過，俄國在遭受挫敗之後，本身也面臨著一些問題。由於拿破崙的積極拉攏，土耳其不斷地對俄國進行侵擾，使它不得不有後顧之憂。
同時，俄國對於普魯士這個盟友的作為，也有一些不大放心。根據協定，普魯士應該儘早派出一個全權代表，到聖彼得堡來，討論未來作戰中的協同問題。普魯士陸軍在8月9日就已經宣布了總動員，但在1個月以後，卻連基本的作戰計畫都沒有制定出來，9月中旬派到聖彼得堡來的軍事代表，竟是兩手空空，沒有任何作戰方案。這樣，兩國軍隊的協同作戰問題，只議定了一個泛泛的原則。協商以後，沙皇答應首先派出5萬軍隊，由華沙等地西進，爾後，再派8萬人的後續部隊跟進，
對於聯盟各國來說，還有一個潛在的盟友，那就是奧地利。不過，當時奧地利的態度是使人失望的。它在奧斯特利茨遭受的創傷太嚴重了，一時下不了加入聯盟的決心。況且，它在去年單獨同法國簽訂了和約，因而引起了俄國對它的猜疑和不信任。
普魯士的總動員和作戰部署
1806年8月9日，決心要同法國一決雌雄的普魯士，宣布實行總動員，並立即開始向西南邊界集結兵力。9月21日，國王離開柏林，前往馬格德堡，並在那裡及其西部地區視察了陸軍部隊。當時，雖然實行動員已經1個多月，但由於機構龐雜，辦事效率很低，軍隊的備戰工作，可以說是基本上沒有走上軌道。9月25日，在腓特烈·威廉三世的直接參與下，普軍總指揮部才第一次召開專門會議，討論和制定作戰計畫。這次會議決定，把對法作戰的兵力17萬5千人，劃分為三個軍團，按左、中、右三路並進的方法向前推進。因此，直到這時才算有了一個明確的部署方案。
9月下旬，普軍的具體態勢是，第一軍團7萬餘人為中路，由布倫瑞克公爵指揮，現已進到萊比錫，繼續向其西南一線開進，第二軍團約5萬5千人為左路，由霍恩洛厄公爵指揮，現已進到德勒斯登，正向霍夫方向前進，這個軍團由普魯土和薩克森的士兵混合編成，共5個師，其中1個普魯士師、1個薩克森師、3個混編師，第三軍團約5萬人為右路，由呂謝爾將軍指揮，其中也包括兩個薩克森師，現已進到格廷根及其以南地區。
然而，儘管會上作出了決定，普軍的指揮也還沒有統一。為了協調3個軍團的行動，普王任命第一軍團司令布倫瑞克兼任普軍總司令，而為了減輕各軍團司令之間的磨擦，又宣布自己擔任普軍名義上的統帥。因為他對作戰問題一竅不通，於是指定82歲高齡的梅倫多夫元帥作為隨身軍事顧問。同時，為了加強領導，還把政府的各部大臣和軍隊訓練總監一起帶到戰場上，統統給以顧問頭銜。根據國王的規定，每一個軍團指揮官和顧問，都可以向國王捉出自己的計畫，一切計畫都必須經過國王批准，否則就不算數。
這樣一來，普魯士軍隊的統帥機構實際上成了互相牽扯、各不從屬的九頭鳥式的怪物。所謂軍事會議，實際上等於內閣會議。主持會議的總司令，是一個71歲的老頭子，而且無權決定任何問題。不懂軍事的國王，卻又不得不在會議上協調矛盾和作出決定。更為嚴重的是，布倫瑞克和梅倫多夫，都在幻想著同拿破崙和解，實現和平，而不願意同法軍作戰。布倫瑞克早在瓦爾密戰役中就吃過法軍的苦頭了，他非常害怕被拿破崙打敗，害怕因此毀掉了自己的名譽。就厭戰的情緒和懦弱、妥協的態度來說，梅倫多夫比起布倫瑞克來，則是有過之而無不及。另外，高級軍官之間的不和，也不能不影響到統一指揮的順利實行。例如，布倫瑞克的參謀長沙恩霍斯特將軍，與霍思洛厄的參謀長馬森巴赫上校，就是兩個成見很深的對頭，即使因公需要相互見面，也是彼此不打招呼。
當然，在高級指揮人員當中，也有強硬的主戰派和不乏才智的人物。其中，積極主戰的代表就是霍思洛厄和呂謝爾，以及路易·費迪南親王。但是，他們畢竟都只有一部分權力，統率的部隊是有限的，並不能統管普軍的全局。其他某些頗能打仗的將領，或者因為年紀輕，或者因為官銜低，在作戰問題上沒有什麼發言權，有些正確意見也得不到重視。騎兵將軍布呂歇爾，就是這樣的一位代表人物。他曾多次提出過正確意見，但都沒有被採納。
後來得知，普魯士召開的這次軍事會議，開成了冗長的辯論會。續會一個接著一個，每次都是無所不議，爭吵非常激烈，但是議而不決。據說，掛名的總司令布倫瑞克首先提出了一個計畫，認為普軍主力應經埃爾富特向維爾次堡實施主要進攻，切斷法軍可能的交通線和退路，並迫使法軍在這一地區接受會戰。他的計畫剛一提出，就遭到了第2軍團司令霍恩洛厄的激烈反對。霍思洛厄提出了反建議，認為普軍主力應經班貝克發起進攻，而他的左路軍團首先威脅法軍的側翼。而且，霍恩洛厄沒有事先呈報批准，也沒有通報其他軍團，就已命令屬下各師照此行動，開會期間，他的先頭師已經到達霍夫一線。
由於雙方各執己見，普軍統帥部的軍事會議陷入僵局。於是，腓特烈·威廉三世不得不以仲裁人身份出現，把雙方的意見揉合在一起，提出一個折衷的第3方案。但這第3方案並不能使雙方滿意，因而又有人提出了第4方案和第5方案。這樣一來，會議連續開了10天，仍然沒有得出結果，只好暫時休會，派出偵察人員去查清法軍交通線的具體位置。
經過調查以後，軍事會議復會，並根據調查情況勉勉強強地制定了一個作戰計畫。這個計畫規定：第三軍團直指法蘭克福，同時負責主力軍團右翼的安全，第2軍團挺進拜羅伊特，同時負責主力軍團左翼的安全；費迪南親王率領前衛部隊，為中路普軍的前進開路。左右兩個軍團的任務，主要是牽製法軍的行動，而在有利的情況下，則對法軍實行包圍。作為主力的第1軍團，應向維爾次堡方向實施進攻，國王及其戰時內閣均隨該路行動。
根據上述計畫，普軍應於10月初陸續到達下述位置：中路，到達哥達和埃爾富特地域，左路，到達耶拿與霍夫一線，右路，到達埃森納赫附近。這樣一來，組織複雜而又指揮多頭的整個普軍，將撒在一個寬大的正面上，等待著與法軍決戰。
拿破崙的應戰準備
奧斯特利茨戰役以後，拿破崙帶著他的近衛軍返回巴黎去了。整個法國大軍，基本上散駐在中歐各地，由總參謀長貝爾蒂埃元帥代行指揮職責。當時，法軍的配置情況是：貝爾納多特指。揮的第1軍，駐在安斯巴赫和紐倫堡地區，達烏指揮的第3軍，駐在內爾特林根附近；蘇爾特指揮的第4軍，駐在奧地利西北部邊界的因河一線，拉納指揮的第5軍，駐在巴伐利亞的美因河一線，內伊指揮的第6軍，駐在多瑙河與伊扎爾河之間地區，奧熱羅指揮的第7軍，駐在法蘭克福及其附近地區，貝爾蒂埃代行指揮的大軍總部，駐在慕尼黑。此外，馬爾蒙指揮的第2軍和馬塞納指揮的義大利軍團，共約8萬多人，由歐仁·博阿爾內統轄，從奧地利的西南方監視著奧軍的行動，拿破崙的弟弟，也是剛剛被晉封為荷蘭王的路易·波拿巴，統率1萬5千人，駐守在萊茵河的成塞爾渡口附近，從西北方向牽制和監視普魯土軍隊的行動。1806年9月3日，拿破崙獲悉，沙皇亞歷山大一世拒絕批准法俄兩國在不久前所達成的和約(草案)。他敏銳地意識到，情況可能不妙，因為這是兩個明顯的徵候，說明俄普兩國可能聯合起來對付他。兩天以後，即9月5日，拿破崙得到可靠的情報，獲悉普軍開始調動，正在向南部和西部邊界集結。對此，拿破崙反應敏捷，並立即行動起來。這同普軍慢條斯理的行動恰是一個鮮明的對照。
為了對付即將來臨的戰爭，拿破崙決定，立即徵召1807年度的5萬名新兵和3萬名預備役人員入伍，同時，向總參謀長發出了指導法軍行動的第一號命令。他強調歐洲的情勢有了新發展，需要認真考慮部隊的情況，並指示貝爾蒂埃立即派出偵察人員，迅速查清從班貝克通往柏林的所有道路的情況。由於第4、第6和第7軍距離班貝克較遠，皇帝要求貝爾蒂埃儘快發出通知，使3個軍隨時作好機動的準備，一旦接到命令，能夠在8天之內全部集結到班貝克、拜羅伊特地區。
面對當前的軍事形勢，拿破崙作出了初步的構想。他估計，從班貝克到柏林，將有10天的行程，因此，他要知道薩勒河與艾爾斯特河的情形，易北河上維滕堡的渡口狀況，德勒斯登、托爾高、馬格德堡等城鎮的設防情況。他指示貝爾蒂埃在慕尼黑和德勒斯登尋找所能找到的最佳地圖，派情報人員到德勒斯登和柏林去，迅速查清普魯士軍隊調動的意義。
9月10日，拿破崙又一次給貝爾蒂埃寫信，說明自己對未來作戰的構想。他認為，一旦戰爭爆發，他的作戰線將集中在斯特拉斯堡——曼海姆——美因河——維爾茨堡一線。但是，由於普魯士還沒有正式宣戰，它的內部意見分歧，軍事會上爭吵不決，行動計畫難以制訂，加上法軍偵察人員還沒有把普軍調動的可靠情報送回來，拿破崙無法明了普軍的真實情況，對於普軍的企圖仍然捉摸不透。因此，他在9月11日的信中還在繼續猜測，認為普魯士人的行動還是莫名其妙。不過，隨著時間的延長，他對普軍行動的判斷，也更加明朗了，並且決定要把騎兵和近衛軍開向前線。同時，也在為自己儘快趕往前線做著準備，命令將他的8匹良馬和專用的望遠鏡先行送往大軍總部。
情況越來越清楚了。普軍於9月13日進一步向南推移，進入其盟國薩克森境內。拿破崙於9月18日得到這一訊息。他據此認為，儘管普魯土還沒有公開宣戰，但是這一行動本身說明，勢將爆發戰爭已是明白無誤的事情了。於是，他立即著手具體的準備工作。18日晚11時，拿破崙發出了命令，著近衛軍從巴黎啟程，沿驛站向美因茲前進。同時，給繼子歐仁寫了一封信，指示他一定要時刻注意奧地利軍隊的動向。
事實證明，從9月18日開始，拿破崙的軍事指揮機器，以極高的速度轉動起來了。僅在9月18日和19日兩天裡，拿破崙就口述了102個命令和各種指示檔案，其中包括“關於大軍集中的一般指示”。這個指示，就是隨後作戰的基本檔案。在這個指示中，拿破崙下令各軍務於10月7日以前迅速完成集中的任務。
根據命令，貝爾納多特的第1軍2萬5千人，應於10月2日占領紐倫堡，達烏的第3軍3萬3千人，應於10月3日占領班貝克，蘇爾特的第4軍3萬5千人，應於10月4日占領安貝克，拉納的第5軍2萬3千人，應於10月3日占領科堡，內伊的第6軍2萬1千人，應於10月2日占領安斯巴赫，奧熱羅的第7軍1萬6千人，應於10月2日占領法蘭克福，莫蒂埃的第8軍1萬5千人，暫駐法蘭克福：繆拉的騎兵軍2萬人，集中於維爾次堡，貝西埃的近衛軍1一萬2千人，集中於美因茲。另外，吳芮德的巴伐利亞軍8千人，集中於紐倫堡；輜重縱隊於10月3日集中於維爾次堡。大軍的野戰司令部於10月3日前在班貝克開設完畢。
上述指示中提到的第8軍，是拿破崙於9月19日決定在法蘭克福成立的。按照計畫，該軍的任務是與荷蘭王路易指揮的1萬5千名法軍協同作戰，保護大軍的交通線，並充當總預備隊。這條交通線起自斯特拉斯堡，經曼海姆，美因茲而到維爾次堡，其前進補給基地預計設在福赫海姆和維爾次堡。這個指示於9月20日發出，在慕尼黑的貝爾蒂埃於24日收到。
在給各方面口述命令、指示的過程中，拿破崙於9月19日給弟弟路易·波拿巴寫了一封信，更加詳細地說明了自己的計畫。依照他的意圖，路易不必實施進攻，只需虛張聲勢威脅敵人，以便吸引敵軍向北移動。同時，告訴路易·波拿巴在公報上故意誇大駐威塞爾部隊的數量，以便吸引敵人的注意力，而使他可以乘機對敵軍進行迂迴。
經過幾天繁忙的工作，拿破崙終於完成了調動法軍的第1階段任務，同時也對國內的財政、外交和政治等方面的事務，以及西海岸的對英防禦問題，作出了必要的安排。根據形勢的發展，他決定親自到前線去。9月24日夜間，拿破崙在約瑟芬皇后和侍從們的伴隨下離開巴黎，28日到達美因茲。他在此獲悉，直到27日，普魯士軍隊還停留在埃森納赫、邁寧根及其以東地區。
為了掩護法軍集中，並先於普軍搶占有利的前進陣地，拿破崙於29日命令，第1軍迅速前出，占領班貝克以北的渡口，以及其它重要地區，同時，命令拉納的第5軍加強對富耳達方向普軍行動的監視。拿破崙估計，如果普軍企圖切斷他的交通線，那么，它一定會從富耳達方向前出，爾後轉向維爾次堡或美因茲實施進攻。他指示貝爾蒂埃說，要迅速占領科堡附近的有利地形，並偵察通往萊比錫和德勒斯登的道路。但是必須注意，言語要懇切，表現出和平的誠意，並且不得有任何敵對意味的行動，因為尚未宣戰，必須注意隱蔽企圖。然後，他又分別給繆拉和貝爾蒂埃寫信，要求他們迅速向富耳達和科堡方向派出偵察人員，加強對道路情況的偵察，並廣泛地派出騎兵支隊在這個方向上占領有利地域，以掩護大軍的行動。
普王的最後通牒與法軍3路開進
正當法軍積極備戰的時候，普軍統帥部卻沒有什麼作為。滿足於開完了軍事會議的腓特烈·威廉三世看不到當前軍事形勢的嚴重性，仍然處在普軍強大有力的自我陶醉之中。由於5萬俄軍已由華沙等地向西開進，前來與普軍會師，另外約8萬人的後續部隊也在隨後跟進，普王得意地認為，有第4次反法聯盟作後盾，有強大的俄軍直接支援，現在已可採取行動，給拿破崙施加一點壓力。因此，他迫不及待地於9月26日發出了最後通牒，限令拿破崙在10月8日以前將法軍全部撤到萊茵河以西，不然就是戰爭。
本來，在普魯士國王周圍，也有不少具有遠見卓識的謀臣，其中有人建議，現在不宜急於同拿破崙開戰，而要利用距離、氣候和補給—上的困難來消耗和疲憊法軍，待俄軍到達後再開始作戰。然而，剛愎自用的威廉三世根本聽不進臣屬們的有益建議。
與國王的樂觀情緒相反，普軍的高級將領卻對未來的戰爭憂心忡忡。10月7日，第一軍團的參謀長沙恩霍斯特失望地說：“關於我們應該怎樣做，我是知道得非常清楚的，可是，我們將會如何做，只有上帝知道。”作為主力軍團的參謀長尚且如此，其他指揮官們對於下一步軍事行動的理解，當然用不著談了。這與拿破崙向他的元帥們反覆說明作戰意圖的作法，形成了鮮明的對照。
收到普魯士國王的最後通牒，拿破崙如獲至寶，頓時如釋重負。他已經作好了進攻準備，正在尋找藉口，以便先發制人，再打一次漂亮的速決戰。曠日持久，對他來說是不利的。如果俄普兩軍實現會師，那么，力量的對比將要發生重大變化。
對於威廉三世最後通牒的回答，拿破崙幾乎是在接到這個檔案之時作出的：那就是立即進行戰爭，馬上越過邊界。
10月7日黃昏，即在發動進攻的前夜，法軍3路大軍分別處於下列位置；右路縱隊，蘇爾特的第4軍已進到拜羅伊特，第6軍在其後面一天行程的位置上，中央縱隊，貝爾納多特的第1軍和繆拉的騎兵主力進到了科堡以東地區，達烏的第3軍和近衛軍在後面跟進，左路縱隊，拉納的第5軍也已接近科堡，第7軍在其後面跟進。
10月8日，法軍分3路進入了薩克森。行軍是相當艱巨的，他們要翻越森林茂密的圖林根山，還要同占領各個隘路的普軍前哨進行戰鬥。比如，第7軍要在這種山路上以每天近40公里的速度連續行軍幾天，才能按照預定時間參加戰鬥。
普軍初戰失利與法軍乘勝進擊
雙方的第1次交鋒，於10月8日發生在霍夫附近。在那裡，第四軍遇到了普軍左路軍團的前衛師。法軍突然地發起進攻，迫使該師倉皇北撤，朝主力所在的方向後退了30公里。該師剛剛退到那裡，又撞上了法軍中路縱隊的前衛，因而腹背受敵。這樣一來，整個前衛師遭到了沉重的打擊，損失了約7百人。眼看自己的前衛師面臨全軍覆沒的危險，霍恩洛厄頗為焦急，立即命令左路軍團的主力渡過薩勒河，向法軍展開全面進攻。這個命令發出不久，他忽然意識到，這樣匆忙前進，有些太冒險了，隨即改變決心，馬上收回戍命，可是已經太遲了。10月10日，左路軍團的先頭部隊約9千人，進到魯多爾施塔特，遇上了法軍拉納的第5軍。指揮這支先頭部隊的，是費迪南親王。這位親王是普軍主戰派的重要代表，年輕有為，精力充沛，同時，既少作戰經驗，也復剛愎自用，因而有時不免盲目行動。由於普軍先頭部隊的兵力有限，戰鬥力不強，抵擋不住法軍的凌厲攻勢，結果很快就被打垮了，費迪南本人也在騎兵的混戰中被法軍刺死。這場戰鬥，普軍損失大約1千5百人。
普軍初戰失利，很快就在部隊中引起了驚慌。從總司令到士兵民眾，都感到形勢不妙。費迪南親王的死訊，似乎給全軍罩上了一片愁雲。通過初戰，普軍總司令布倫瑞克更加察覺到了部署上的錯誤，因為現在已經明顯，普軍的左翼和後方都暴露在法軍優勢兵力的面前了。為了防止法軍繼續從左側向後方迂迴，布倫瑞克促使普王作出決定：中路軍團立即退到以馬格德堡為中心的易北河以北地區，右路軍團退向耶拿以西的魏瑪，並於11日在此集結完畢；左路軍團相應後撤，退到耶拿以西的一片高地上進行集結，以掩護普軍左翼的安全。布倫瑞克提出的這個部署，在戰術上又犯了一個大錯誤，因為左路軍團自動放棄了薩勒河上的各個渡口，等於把薩勒河這個天然屏障拱手送給了法軍。這樣一來，普軍在整個薩勒河右岸就沒有什麼有利地形可資駐守了，因而更加難以抵擋法軍的進攻。如果霍恩洛厄率領部隊守住薩勒河上的各個渡口，不惜一切代階阻擋法軍前進，那么，法軍在隨後幾天的軍事行動，必將遇到極大的困難。
法軍充分利用了第1次戰鬥的成果，緊緊追趕著撤退的普軍。10月11日，右翼第4軍順利地進入普勞恩，左翼第5軍完全占領魯多爾施塔特。10月10日晚，拿破崙接到蘇爾特的報告，說敵軍已在10月9日夜間撤出普勞恩，正朝格臘方向撤退。拿破崙據此作出判斷，認為敵軍主力向格臘集中，準備在那裡接受會戰。他把這個結論寫信告訴了蘇爾特。該信發出不久，又收到繆拉的報告，說他的騎兵已經通過格臘，並沒有發現普軍的蹤影，普軍有些部隊似乎正在往西退向耶拿。與此同時，中路縱隊第1軍的先頭部隊也已到達格臘。
10月11日午夜1時左右，拿破崙接到繆拉的最新報告，才對敵軍的確切位置有了比較明確的了解。原來普軍並沒有在格臘集中。同時，從俘虜的口供和繳獲的檔案中得知，普魯土國王及其中路軍團，還沒有撤過易北河，而停留在埃爾富特。根據這些情況，拿破崙作出判斷，認為敵軍的下一步行動有兩種可能：或者是在埃爾富特及其附近與法軍決戰，或者是在埃爾富特集中其主力，然後經阿波爾達、弗萊堡和哈勒，退向馬格德堡。為了應付這兩種情況，拿破崙對各軍的行動作了調整：中路縱隊的第1、第3軍和騎兵軍的大部分，穿過耶拿，沿薩勒河繼續向北前進，對普軍進行迂迴包圍；左右兩路縱隊的第4、第6和第5、第7軍，在耶拿以南渡過薩勒河，朝魏瑪、埃爾富特方向前進，搜尋普軍主力。
法軍調整部署以後，在兩種情況下都可以處於主動。如果普軍在埃爾富特附近與法軍進行決戰，那么，法軍主力可以從正面牽制普軍，而以進行迂迴的第1、第3軍和騎兵軍的大部分從背後實施攻擊。如果普軍繼續向馬格德堡撤退，那么，法軍主力可以實施跟蹤追擊，而以迂迴部隊迎頭切斷普軍通往易北河的退路。在兩種情況下，法軍都可以配合殲敵。
10月12日上午，拿破崙給繆拉寫信說：“我將在午前趕到格臘。據現有情況分析，我還完全包圍著敵人。但是，我必須有關於敵人意圖的情報。在蔡次的郵政局，也許可以向你提供若干情報。前進時要勇敢地攻擊一切敵人。憑著你的騎兵，你應能橫掃整個萊比錫平原。”
威廉三世決計後退
普軍雖然在初次交鋒中失利，但是就其總兵力來說，損失是微不足道的。不過，經此一戰之後，全軍的氣氛發生了很大的變化。官兵之中，自我陶醉的人少了，驚慌失措的人多了。初戰過後兩天，拿破崙曾給普魯土國王一封信，勸他放下武器講和，不然將有更悲慘的結局。然而，事到當時，普魯士國王已沒有別的選擇餘地，而只有打下去這一條路。這是因為，威廉三世早已向沙皇打下保票，要教訓一下拿破崙，而前來增援的俄軍，也很快就會到達。普王如果中途退出戰爭，那他必將喪失自己的名譽，不論在國內貴族面前，還是在盟國之間，肯定都是交待不過去的。況且，拿破崙這封信的真實意圖，也很難說真是為了和平。人們曾經指出，拿破崙寫這樣一封信的目的，可能是為了瓦解普俄聯盟，渙散普軍的鬥志。10月13日清晨，普魯土國王召開了緊急軍事會議，決定繼續向北撤退。根據當時形勢，霍思洛厄率左路軍團沿公路東進，開到魏瑪與耶拿之間， 占領一個叫卡皮侖多夫的小村。該軍團的任務本來是擔任主力的側方警戒，待主力安全通過後，改為後衛。按照計畫，普軍主力應於13日上午10時開始向東北運動。霍思洛厄軍團到達卡皮侖多夫以後，立即搶占了附近的高地、森林和村落等有利地形，展開了全部兵力。正在這時，從南方傳來了炮聲。為了防備萬一，霍恩洛厄決定進一步向東擴展警戒線，派兵占領能夠俯瞰整個耶拿地區的蘭格拉芬山。當他剛剛採取行動的時候，傳令兵送來了國王的命令，指示霍恩洛厄不要與法軍拚死糾纏，他的主要任務是保證主力安全地撤退到易北河一線。從某種意義來說，這道命令對普軍隨後在耶拿的失敗是有重大影響的。
法軍再次調整部署
然而，直到13日下午，法軍的處境始終是比較危險的。擔任正面攻擊任務的4個軍中，只有拉納第5軍的部分兵力進抵耶拿，並占領了蘭格拉芬山。其餘3個軍，還處在向耶拿前進的途中。中路軍團的第1、第3軍和騎兵軍的大部分，已經穿過耶拿，正向萊比錫方向運動，預計向敵人的側後實行迂迴。在這種情況下，普軍隨時都可能發起攻擊，把登上蘭格拉芬山的部分法軍趕到薩勒河谷，然後憑藉高台地勢控制繆爾沙爾谷地和薩勒河上的渡口，與法軍進行決戰，或者暫取守勢以拖延時日，等待後續部隊和俄國援軍的到來。值得法軍慶幸的是，普軍左路軍團司令霍恩洛厄在敵情判斷上也犯了一個錯誤。拿破崙是把霍恩洛厄的1個軍團當成了普軍的主力，而霍恩洛厄恰巧相反，把法軍的主力當成了側衛。他認為，法軍主力已經趕往萊比錫去了，更沒有想到，拿破崙本人就在蘭格拉芬山上。同時，他受領的任務也很明確，國王命令他率軍團擔任側衛，爾後再轉為後衛。因此，他只考慮到奉命防守，並部署了足夠的兵力去扼守經蝸牛灣通向高台地上的那條羊腸小道，而完全沒有想到，即使是擔任側衛，在此時此地發起進攻才是達成任務的最好手段。
霍恩洛厄的錯誤給法軍迅速集中兵力提供了寶貴時間。為掩護後續部隊渡過薩勒河，防止普軍向蘭格拉芬山發起進攻，拿破崙立即下令，把隨行的近衛軍調到高台地上，前去支援第5軍，同時，命令後續部隊連夜兼程開進。為使部隊出敵不意地開到高台地上，拿破崙還派人到處尋找嚮導，結果，在耶拿城裡找到了一個極熟悉當地地形的放牧人。該人指出，除了從蝸牛灣上通高台地的那條道路之外，還有一條通常不為人們所知的小道。不過，兩條山路都很狹窄，只有步兵可以通行，炮兵和其它車輛無法開過。於是，拿破崙命令工兵前去搶修道路，拓寬車輛不能通行的地段，並親自前去察看。他手提燈籠來到工地，給士兵鼓勵。由於皇帝親臨現場看望，疲憊不堪的工：兵們立即振作精神，不顧疲勞睏倦，以最快的速度加寬了道路。拿破崙在親眼看到第一輛炮車安全通過以後才趕回營地。
拿破崙回營以後，進行了短時間的休息，隨即口授戰鬥命令，部署明天的戰鬥行動。他命令第7軍取道繆爾沙爾的蝸牛灣，迅速爬上高台地，對霍思洛厄的先頭師進行迂迴。這個先頭師是由陶恩青率領的薩克森師，已在前一階段的戰鬥中兩次被法軍擊敗。命令蘇爾特的第4軍從右翼向高台地機動，在第5軍的右側展開，攻擊普軍的左翼；第6軍隨第4軍開進，待第5、第4軍在高台地上擴張足夠的空間以後，從第4軍的右翼加入戰鬥。同時，調回隨中路軍團開向萊比錫方向的騎兵軍，暫令該軍配置在近衛軍的後方，作為總預備隊，準備用來擴張戰果。至於中路軍團的達烏軍和貝爾納多特軍，仍按原計畫行動。
拿破崙的上述部署，不是一個進行決戰的部署。他當時的意圖是：利用13日到14日的夜間，把他能夠很快集中起來的3個軍，即第4、第6和第7軍，以及便於機動的騎兵軍，迅速調攏，靠近已經占領陣地的第5軍和近衛軍，這樣，把大約8萬人的兵力全部集中到耶拿附近的高台地上，牢固控制該地的南部和東部，首先擊退當面普軍的前哨，接著全面展開兵力，儘快擴充作戰地區，以便在15日或者15日以後與普軍進行決戰。
13日夜間，濃霧籠罩著薩勒河谷及其以西的整個高台地。法軍的第4、第6和第7軍，整夜都在沿著狹窄崎嶇的山路運動。官兵疲勞睏乏，但都齊心奮勇，個個努力爭先。將近拂曉時分，天氣異常寒冷，晨霧越來越濃。拿破崙由一群侍衛簇擁著，出發視察部隊，檢查戰鬥準備情況。他們打著火把行進，有意大聲喧譁。拿破崙不時地同土兵和軍官們交談，激勵他們的鬥志。並且一再宣稱：今天普魯士軍隊的處境，就和一年前奧地利軍隊在烏爾姆的處境一樣。拿破崙走到哪裡，哪裡就是一片歡呼。歡呼聲穿過濃霧，傳到了普軍兵營。普軍士兵聽到連續不斷的歡呼聲，個心驚膽顫，預感到厄運來臨。
耶拿之戰
1806年10月14日到來了。上午6時，拿破崙發出了攻擊命令。第5軍占領蘭格拉芬山的兩個師首先發起進攻：蘇齊特師在右面，指向克羅瑟維茨村，格藏師在左面，指向柯斯皮達村。兩個師同時並進，發起鉗形攻擊。8時半左右，當面的克羅瑟維茨村、柯斯皮達村和魯齊羅達村，相繼被法軍攻占。這樣，法軍奪得了逐次展開兵力的地盤。隨後，第4軍的先頭師加入戰鬥，攻占了當面的柴維提勒森林。與此同時，第7軍也從蝸牛灣爬上了台地，占領依斯爾提德弗羅村，取得了一個立足點。上午9時剛過，拿破崙第一階段的作戰計畫已經圓滿完成，法軍在高台地上完全站穩了腳跟，並奪得了能夠展開大量兵力的戰場。這時，拿破崙命令暫停攻擊，按照預定計畫，後續部隊相繼展開兵力，為下一步的決定性戰鬥作好準備。
10時左右，濃霧消散了，和煦的陽光照耀著威武雄壯的法國部隊，顯得那樣精神抖擻，士氣高昂。相比之下，成批潰退的普軍簡直不成體統了。直到這時，霍恩洛厄才如夢初醒，意識到他已面臨著法軍的主力，因而緊急地去向呂謝爾軍團求援。同時，為了改善防禦態勢，等待援軍到達，他決定立即發起反衝擊，趁法軍立足未穩而奪回前哨師丟失的陣地。霍思洛厄的決心是；以3個薩克森旅在通向魏瑪的公路線上組織防禦，保障主力側後的安全；自己率領其餘的步兵和騎兵實施進攻。同時，命令潰散下來的前哨師在主力後方集結休整，補充彈藥。
普軍的反衝擊部隊行至費爾曾海里根村附近，準備分成兩路發起進攻，可是，還沒有來得及採取行動，就突然地遭到了如同天降一般的猛烈打擊。霍恩洛厄的反衝擊計畫被打亂了。坐鎮在蘭格拉芬山上的拿破崙，也被這支不知從何而來的部隊弄得莫名其妙。
原來，這是內伊率領的一支部隊。按照拿破崙的命令，內伊的第六軍應在法軍獲得立足點以後從第四軍的右翼加入戰鬥，可是，該軍到達耶拿以後，內伊聽到高台地上激烈的槍炮聲，擔心自己錯過了參戰機會，因而不等命令就親自率領3千精兵趕前開進。他率部登上高台地後，發現第7軍和第5軍的結合部上有一個較大的間隙，便機動地從這裡投入了戰鬥。
拿破崙獲悉內伊只領3千兵力，馬上當機立斷，命令手中僅有的兩個騎兵團投入戰鬥，前去支援內伊。同時，命令居中的第5軍加快進攻速度，以策應內伊的行動。由於孤軍冒進，內伊的3千人完全被普軍包圍了。雙方展開了激烈的戰鬥，反覆爭奪費爾曾海里根村。最後，由於得到了兩個騎兵團的增援，又有第5軍正面攻擊的策應，內伊終於占穩了這個村落。
隨後，從蝸牛灣上來的第7軍經依斯爾提德弗羅繼續前進，完全切斷了霍恩洛厄主力與魏瑪公路上3個薩克森旅的聯繫，割裂了普軍的部署，同時也切斷了它們的退路。面對這種態勢，霍恩洛厄感到了問題的嚴重性。他終於不顧一切，而把所有的預備隊都投到這裡，企求打通道路，等待呂謝爾的援軍到來。
然而，在此同時，第七軍的一部兵力也在攻殲扼守魏瑪公路的3個薩克森旅，並完全擊潰了這支可能配合呂謝爾軍團來援的部隊。
戰鬥形勢急劇發展著，霍恩洛厄已經完全陷入被動局面。法軍的左右兩翼，即第7軍和第4軍，除了留下少數兵力進行監視之外，分別以主力向普軍的側後進攻，會戰達到了高潮。正在這時，繆拉的騎兵軍和第6軍的主力也都全部到達了高台地。這樣，除了正在參戰的兵力，拿破崙手裡還有大約4萬人作為預備隊。拿破崙密切注視著兩翼情況的發展。待到12時半左右，他意識到發起最後攻擊的時刻到了，立即將預備隊，近衛軍和騎兵軍全部投入戰鬥，向開始動搖的普軍發起總攻。普軍抵擋不住，沿著山坡潰逃，爭先恐後地向蘇爾巴赫奔跑。法軍迅猛追趕，士兵們感到勝利在望，頓時士氣倍增。霍恩洛厄終於認識到大勢已去，下令部隊撤退。普軍隨即一鬨而散。法軍獲得了全勝，士兵們象追趕羊群一樣，漫山收容俘虜。
這時，霍恩洛厄還抱著最後一線希望，就是援軍馬上到來，使潰散的部隊躲到援軍後面，以免全軍覆沒。不過，第3軍團司令呂謝爾卻沒有霍恩洛厄那樣焦急。他接到求援信件時，距離法軍不過10公里，而他的部隊就象校場閱兵一樣，依舊緩緩而行。直到下午2時左右，呂謝爾的先頭部隊才與法軍接觸。普軍排成整齊的隊形，邁著方步前進，剛剛靠近法軍，還沒有排開戰鬥架勢，就被蜂擁而上的法軍打得無法招架。大多數步兵營都在15分鐘之內被擊潰了，兵力損失一半以上，紛紛掉轉頭來，朝著魏瑪方向潰逃。在法軍騎兵的追擊之下，呂謝爾本人也負了重傷，差點喪命。
下午4時，會戰接近了尾聲。拿破崙命令繆拉率騎兵軍乘勝追擊，進一步發展戰果。騎兵一直追至魏瑪，又俘獲了大量敵軍。其他各軍也相繼進行了追擊。夜幕降臨時，各軍先後進到魏瑪及其附近地區。直到這時，拿破崙仍然認為，他所擊敗的是普軍主力，並在得意之中隨近衛軍一起返回耶拿城。
奧爾施泰特之戰
出乎拿破崙的意料之外，當他進入耶拿時，第3軍一個叫托布里安的上尉，已在那裡等待多時了。這位上尉報告，第3軍在奧爾施泰特及其以東地區，擊敗了由布倫瑞克指揮的普軍主力5萬人，普魯士國王和他的大本營也包括在內。拿破崙簡直不敢相信自己的耳朵，並大聲地對托布里安說：你們元帥把一個人當成了兩個人吧！可是事實的確如此，托布里安的報告是千真萬確的。前面已經談到，普魯土國王是想把他的軍隊撤回到易北河以北去的，為此，曾命令霍思洛厄軍團在耶拿西北一線進行掩護，保障中央主力軍團途經奧爾施泰特、哈森豪森和弗萊堡，以便向馬格德堡撤退。13日夜間，中央軍團到達奧爾施泰特並在那裡宿營。當時，該軍團尚有5個師，包括12個步兵營、80八十個騎兵中隊、16個炮兵連，總計步兵約4萬人，騎兵1萬人，火炮230門。布呂歇爾指揮騎兵師擔任軍團前衛，其後是施梅陶指揮的步兵師，普魯士國王，以及布倫瑞克和梅倫多夫的指揮機構，緊跟在後面前進。他們在開往奧爾施泰特的時候，曾聽到從耶拿方向傳來的激烈炮聲，但沒有發現什麼異常情況，因而也就安心地在奧爾施泰特住了下來。
奧爾施泰特位於耶拿西北，相距20多公里，村中有公路穿過。東去途中，有個大村莊叫哈森豪森，公路從那裡分成兩條：一條繼續向東，在凱森越過薩勒河，通向瑙姆堡和萊比錫，另一條轉向東北，通向弗萊堡和哈勒，再由哈勒通向馬格德堡。哈森豪森距離奧爾施泰特九公里，是普軍退卻的必經之路，同時也是這一帶地勢最高的地點。
普魯士國王的意圖是，13日晚在奧爾施泰特宿營，14日經由哈森豪森和弗萊堡，繼續向易北河以北撤退。為了確保翼側安全，決定派出1個步兵師，加強1個騎兵中隊，前出到哈森豪森以東地區，搶占薩勒河上的渡口。13日黃昏，1個由少量騎兵組成的搜尋隊，奉命向凱森開去，為搶占渡口進行偵察。
在布倫瑞克軍團到達奧爾施泰特的同時，法軍擔任迂迴任務的第1軍和第3軍，也相繼到達瑙姆堡。第3軍的前衛搶先占領了凱森渡口，隨後進到哈森豪森，先頭部隊抵達陶格維茨村。兩個軍到達瑙姆堡後，貝爾納多特和達烏對下一步的行動發生了分歧。按照原來受領的任務，第3軍應向瑙姆堡經凱森、奧爾施泰特向阿波爾達前進。第1軍則由瑙姆堡向南，經多爾恩堡進到阿波爾達，兩個軍協同行動，切斷普軍的退路。
10月14日凌晨3時，達烏在瑙姆堡接到貝爾蒂埃參謀長於13日晚10時發出的命令，說是皇帝已經作出判斷，認為普軍的主力在耶拿與魏瑪之間的高台地上，著令第3軍選擇最短路線，儘快到達阿波爾達，威脅敵軍的左翼。命令同時指出：如果貝爾納多特元帥和你在一起，你們可以一同行動。達烏接到命令後，馬上去見貝爾納多特，勸說他隨第3軍一起行動，並表示第3軍願意接受他的指揮。由於這個命令沒有同時抄發貝爾納多特，或者如某些史學家所說，由於懷有妒嫉之心，貝爾納多特拒絕了達烏的建議，決定按原命令行事，率領第一軍經多爾思堡向阿波爾達開進。即使如此，達烏毅然決定，自己單獨行動。
早在命令到達以前，即在13日黃昏，第3軍的前衛已與布倫瑞克派出的騎兵搜尋隊相遇，在陶格維茨村發生了戰鬥。達烏從俘虜口中獲悉，普魯士國王率領著普軍主力，已經到達奧爾施泰特及其附近地區。達烏立即作出決定，增派1個步兵營去防衛凱森渡口，以保障自己的主力能夠順利地從瑙姆堡開上前線。
14日早晨6時，也就是法軍在耶拿發起攻擊的同時，達烏率領他的3個師從瑙姆堡向凱森渡口進發。走在縱隊前面的是古丁師，其後是弗里安特師和莫南德師。
上午8時左右，古丁師到達哈森豪森附近。達烏命令該師立即以村莊為中心展開兵力，依託村莊組織防禦。這樣就關閉了普軍後退的大門。古丁師的建制為4個團，即第12團、第21團、第25團和第85團。該師在展開兵力的過程中，同普軍的先頭部隊約6百名騎兵發生了遭遇戰。古丁搶先行動，迅速將85團展開在哈森豪森，同時將21團和25團調向該村北側，在那裡組成方陣，以抗擊普軍騎兵的衝擊。由於法軍已經預有準備，加上有著濃霧掩護，普軍的第1次衝擊很快就被法軍打退了。
普王看到退路已被切斷，命令布呂歇爾率領其師的全部騎兵，立即發起第2次衝擊。同時，命令跟進中的施梅陶師迅速前進，協同騎兵師攻下哈森豪森村。布呂歇爾接著發動了4次進攻，但由於古丁師占據了有利地形，控制了公路，結果普軍4次衝擊都被打退。
普軍5次衝擊的主攻方向都是指向古丁師的右翼。達烏據此判斷，普軍的企圖是要從哈森豪森右側打通到弗萊堡的公路。上午9時左右，弗里安特師趕上來了。為了加強古丁師右翼的防禦力量，達烏命令弗里安特師在哈森豪森右側至施皮爾貝格之間展開，同時將哈森豪森右側的第21團和第25團收攏，著令他們進入哈森豪森及其周圍，與第85團一起扼守該村。
鑒於法軍右翼防禦堅強，布倫瑞克決定改變主攻方向，把隨後趕上來的施梅陶師和瓦滕斯萊本師全部投到哈森豪森村南側，進攻法軍的左翼。普軍連續發起衝擊，古丁師傷亡重大，開始抵擋不住，師長在迫不得已的情況下作出決定，把他的預備隊即第12團調了上來。可幸的是，普軍求勝心切，指揮人員顯得急躁，結果導致了不良後果，首先，施梅陶師長冒險率軍進擊，負了致命重傷。接著，急不可待的布倫瑞克親自率領1個團向哈森豪森衝鋒，結果也負重傷，被抬下戰場，20多天以後死於漢堡附近。布倫瑞克負傷以後，軍團實際上失去了統一的指揮，因為國王不懂軍事，而且沒有立即指定軍團司令的代理人。
為了儘快打通退路，普軍方面又把隨後上來的阿南吉師的兩個旅投到法軍的左翼。這時，第3軍的最後1個師，即莫南德師也及時趕到了。達烏命令該師在古丁師的左翼展開。
激烈的戰鬥一直持續到中午時分。普魯士國王集中了所有剩下的騎兵，把他們全部交給剛剛到達的威廉親王，命令他孤注一擲，發起最後1次衝擊。結果，衝擊又被打退。
達烏看到，普軍的攻擊勢頭明顯地減弱了，於是當機立斷，命令位於左右兩翼的莫南德師和弗里安特師同時轉入進攻，向普軍的兩翼包圍過去。兩個師乘勢進擊，相繼攻占了李豪森和施皮爾貝格。大約在中午12時半，普軍開始全線撤退。位於中央的古丁師隨即開始反擊，攻下陶格維茨村之後，乘勝向吉恩施泰特發展。
這時，普軍後方還有卡爾克羅伊特率領的後備部隊，大約是兩個師的兵力。布呂歇爾和卡爾克羅伊特力勸國王，希望把這些兵力調上來，與同樣損失嚴重的法軍決一雌雄。可是，普王不肯冒險，認為還是轉向魏瑪撤退為妥。他以為，只要向霍恩洛厄和呂謝爾兩個軍團靠攏，普軍就還有相當的實力。他當然並不知道，就在這個時候，他的另外兩個軍團的命運，也不比他好些。確實，經過艱苦的防禦和疲勞的進攻作戰以後，法軍的戰鬥力也大大減弱了。由於人員損失超過了25%，而堅守哈森豪森村的古丁師，更是高達41%，加上缺乏必要的騎兵，第3軍只好停止下來，沒有進行深遠的追擊。
達烏以2萬7千人的劣勢兵力，打敗了將近5萬人的普軍主力軍團，這是1806年戰爭中的一個奇蹟。當時，從奧爾施泰特戰場匆匆逃走的普軍士兵，與來自耶拿戰場上的倖存者，在半路上迎頭相撞。他們象被捅了窩的蜜蜂，嗡嗡地擁擠在一起，朝著魏瑪方向逃跑。後面，法軍的騎兵緊緊地追趕著他們。兩股潰逃的普軍匯合成了一股混亂的人流，人人驚恐萬狀，好象法軍騎兵團的戰刀，就在耳後呼呼作響，恐怖籠罩了這股人流。
原指望狠狠教訓一下科西嘉窮小子的普魯士國王，在戰鬥打響後的一周之內就遭到了徹底的失敗。
10月15日，拿破崙指揮法軍開始進行戰史上著名的大追擊。10月27日，即戰爭開始後的第19天，拿破崙在達烏、貝爾蒂埃和奧熱羅3位元帥及近衛軍的簇擁下，耀武揚威地進入了普魯土的首都柏林。柏林市長向拿破崙獻上了首都的鑰匙。
11月7日，帶著殘兵敗將一直向北逃跑的布呂歇爾，因為彈盡糧絕，在盧卑克最後舉起了白旗。至此，普魯土和薩克森在中歐地區的全部軍事力量，可以說是完全被摧毀了，單是被俘者就超過了10萬人。法軍在柏林一地就繳獲了4千門火炮、2萬匹戰馬、10萬支槍和數不清的其他戰利品。因此，有人誇張地說：“拿破崙一口氣，吹去了普魯士。”
簡評
法軍能夠在一天當中同時打贏兩個大殲滅戰，在極短的時間內徹底摧垮歐洲軍事強國普魯士，原因是非常複雜的。就政治來說，維護封建勢力的普魯士王國，在資本主義日益發展的19世紀初期，確實無法同新興的資產階級法國相抗衡。1806年的法普戰爭，實際上是代表新生進步力量與代表腐朽落後力量兩種政治勢力的搏鬥。因此，法軍的勝利有其深厚的社會政治基礎。
就軍事來說，雙方在戰爭準備、戰略決策、作戰指揮和戰術原則方面，都有著明顯的差異。普魯士的戰爭準備不足，戰備效率不高，是它招致失敗的一個重要原因。儘管普軍比法軍早1個多月開始了動員，但是並沒有做多少實際工作，連一個作戰計畫也沒有及時制定出來。領導階層完全沉浸在對於過去勝利的回憶之中，一味自我陶醉，缺乏艱苦紮實的具體準備。直到開戰時，總司令布倫瑞克還抱有和平的幻想。與此相反，法國則在短短的時間內，作了充分的動員和準備。拿破崙迅速集結10幾萬大軍，並且巧妙地把它開上前線，就是法方高速度戰備工作的明證。
普軍缺乏集中統一的指揮，戰略決策頻頻失誤。國王不懂軍事問題，卻要干預指揮決策，並把整個內閣搬到戰場上，以致軍、政之間互相扯皮，指揮掣肘。而且，高級指揮官年大體弱，精力不足，造成關鍵時刻的指揮失靈，布倫瑞克的負傷就是例證。統帥機構龐雜，指揮不能統一，也導致了部署上的缺陷。例如，普軍雖分3路開進，但並沒有統一目標，而是各自相機行事，結果使得左翼暴露，以致後方交通線處於危險境地，並為法軍實施大迂迴提供了條件。在普軍統帥部中，曾經有人提出，普軍的第1步行動應是首先前出到易北河一線組織防禦，待俄國援軍到達之後再轉入進攻。苟能如此，也不是沒有勝利的可能。可惜普魯士國王完全不能接受這種正確的決策。與此相反，拿破崙不僅掌握了高度集中統一的指揮權，而且制定了完全正確的戰略決策。他只以1部兵力在萊茵河方向牽制普軍行動，而把7個軍的兵力集中使用在最有利的地區，選堆了易於打擊的對象，實行了大縱深的戰役迂迴，因而在決定的時機、決定的地點集中兵力打敗了自己的敵手。
作戰指揮的得失，對於這次戰役的成敗有著重大關係。從具體作戰過程來看，法軍在指揮方面是表現了積極主動特點的。就耶拿戰場來說，拿破崙決定連夜搶占蘭格拉芬山這一有利地形，並採取逐次展開兵力的辦法，在一個狹窄的地段上集中了優勢兵力。這確是大膽的指揮藝術，並達到了置普軍於被動地位的目的。在奧爾施泰特戰場上，達烏的指揮也是堅決果斷的。他不僅搶先控制了凱森渡口，而且及時攻占了哈森豪森這個重要村莊，從而得以順利地集中自己的兵力來組織堅強的防禦，並為隨後挫敗敵人發起反擊創造了條件。總之，法軍統帥和將領在指揮上的創造性，為奪得勝利作出了貢獻。普軍的作戰指揮情況，與法軍的大不相同。從事後來看，可以說是連連失當的。例如，在撤退過程中放棄薩勒河上的各個渡口，就是戰場指揮上的重大失誤。不妨構想，當時如能扼守住凱森和多爾恩堡渡口，或者進而利用縱貫整個戰場的薩勒河，那么，普軍進可以保衛後方交通線，不使法軍有實施迂迴的任何可能性，退可以保障道路的暢通，能夠依託河岸組織防禦。從推想來說，普軍如果控制了凱森渡口，達烏的第3軍有可能過不了薩勒河，因而也就不會發生奧爾施泰特的殲滅戰。再說，在奧爾施泰特交戰快結束時，即當達烏已將他的全部兵力投入戰鬥，並受到嚴重損失時，普魯士國王如能將他剩下的大約兩個師的兵力投入戰鬥，組織反擊，那么，最後挽回敗局，可能是大有希望。可惜的是，威廉三世因為失掉信心而甘願失敗，並撤退了，結果弄得一敗塗地。所以，克勞塞維茨在《戰爭論》一書中對此評論說；普軍“沒有利用卡爾克羅伊特將軍率領的1萬8千名預備隊來扭轉局勢。如果當時利用了預備隊，那么這次會戰就不會失敗了。”
至於談到戰術，那么應該說，普軍戰術的呆板，守舊，與法軍戰術的靈活、機動，恰好形成了鮮明的對照。總的說來，普軍按照線式戰術原則而採用的斜形戰鬥隊形的密集橫隊，在法軍採用散開隊形從掩體後面實施射擊的情況下，不斷地遭受挫敗。實際情況證明，法軍的散兵戰能充分發揮土兵的積極性。無怪乎有人形容說，他們作戰敏捷，眼光銳利如雪貂，行動活躍似松鼠。一個普軍軍官也就此作過評論說，一到森林地帶，法軍士兵都解散了，沒有什麼行列，他們不按任何操典行動，而是靠著樹林作掩護進行射擊，他們不僅可與我們相等，而且還更優越。我們的人員習慣於在開闊地上作戰，所以很難適應這種似乎是沒有秩序的情況，而易於成為敵人的目標。事實確實如此。普軍在作戰中，嚴格按照操典行動，總是排成整整齊齊的隊伍，連續1、2小時站在開闊地上，毫無遮蔽，極為壯觀，但卻白白挨打，任憑躲在掩蔽物後面的法軍對他們進行射擊，巍然屹立，一動不動，而自己卻找不到還擊的目標。所以，恩格斯後來在評論耶拿會戰時說：“在這次會戰中，動轉不靈、運動遲緩、大部分根本不適於散兵戰的普魯士線式隊形，在法國散兵群的火力下簡直癱瘓了，只能用個別排的火力來還擊。”這一論斷清楚地說明了法普兩軍在戰術上的不同特點。
耶拿—奧爾施泰特戰役還體現了法軍的另一個特色，那就是實施大追擊來擴大戰果。為了不給普軍以喘息和重新組織的機會，全部法軍連續作戰，勇猛追擊，迅速掃蕩了整個普魯士，加快了普魯士軍隊的崩潰。英國軍事作家富勒在其《西洋世界軍事史》中指出：“從戰略和戰術兩方面來看，很少有那個勝利所具有的決定意義，能夠同耶拿和奧爾施泰特的雙重會戰相比擬。”
