20世紀90年代以來國外新研製和改進的巡航飛彈有40多種，其中防區外發射的中遠程巡航飛彈占了80%，這是巡航飛彈發展的重點。美國常規"戰斧"對地攻擊巡航飛彈（TLAM）經過多次實戰套用，性能已經發生了革命性變化，"戰斧"最新型號是1995年定型的3型BGM-109C/D。
美國在1995年對波赫、1998年對阿富汗和蘇丹的襲擊中，使用了這種飛彈。3型"戰斧"飛彈比2型的重量有所減輕，只有1362千克，C型飛彈裝備了重454千克的WDU-36/B單一戰鬥部，用於摧毀機庫、鋼筋混凝土結構加固的野戰工事和艦艇、飛機等硬目標。它的戰鬥部雖縮小，但爆炸效果並沒降低，戰鬥部中裝有延遲引信，使飛彈穿透堅硬目標後在其內部爆炸。D型飛彈裝備了166個BLU-97/B布撒型子彈藥，其中有破甲彈、破片彈和燃燒彈三類，每枚子彈藥重1．54千克，分裝於24個投射器內，用於攻擊部隊集結地、人口中心和人員等軟目標。1998年8月20日，停泊在阿拉伯海的美國驅逐艦和潛艇向喀布爾以南150千米的6處恐怖分子訓練營地發射了66枚3型BGM-109 D"戰斧"飛彈，停泊在紅海的美國巡洋艦向喀土穆的化學製藥廠發射了13枚3型BGM-109 C戰斧飛彈。
3型戰斧飛彈利用節省下來的空間和質量，增加了主發動機燃料，燃燒效率和可靠性得以提高，射程比2型增加556千米，達到了1852千米。它採用全球定位系統和慣性導航系統 （GPS/INS）進行中制導，用改進型數字景象匹配區域相關器和輔助地形匹配進行末制導。改進型數字景象匹配區域相關器嚮導彈顯示飛向目標途中的路標數字圖像，減少季節和晝夜變化對制導精度的影響，增大了有效景象區域，可準確進入一個足球門大小的空間。如果目標發生變化(如目標被炸毀)，彈上計算機仍能識別部分景象，準確計算出導航飛行姿態和修正數據。通過GPS系統可隨時確定飛彈的三維空間位置和飛行速度，使飛彈不偏離航向，控制飛彈從不同方向攻擊目標，同時大大縮短任務規劃時間。
這些措施使飛彈的準確性大大提高，在達到2000千米的射程時，圓機率誤差不大於10米。3型戰斧還提高了準確到達目標的時間能力，以利於同戰區其它飛彈、飛機和艦艇協同作戰，其"到達時間"控制軟體使從相隔甚遠的不同時區發射的多枚飛彈幾乎能同時命中兩個國家的陸上目標。
美國的戰略家認為，戰斧飛彈不會危及任何發射人員的安全，是一種適合在"零死亡率"戰爭中使用的武器。美目前正在研製更先進的隱身巡航飛彈，其雷達反射面積在0．01平方米以下，並利用低空亞音速飛行避開敵方雷達的探測和跟蹤等，同時也在探索研究8馬赫的高超音速巡航飛彈的可能性。其中最引人注目的是2005年部署的4型"戰斧"。美計畫在4型"戰斧"上利用GPS接收機，接收飛機和衛星上的合成孔徑雷達產生的圖像進行中制導，利用紅外成像進行末制導。與3型"戰斧"的數字景象匹配區域相關末制導相比，雷達圖像不受天氣條件的影響，可達到圓機率誤差小於5米的精度。4型"戰斧"還具有以下特點：
一是4型"戰斧"採用硬目標貫穿戰鬥部，可高速穿過加固目標的表層，攻擊加固和深埋地下及常規彈藥難以摧毀的目標。二是4型"戰斧具備飛行中重新瞄準的能力，飛彈頭部安裝用於戰鬥損傷情況評估的攝像機，提供目標被破壞的實時電視圖像，並可指示飛彈是否擊中目標。通過前視電視攝像機拍攝飛彈接近目標的過程及飛彈撞擊目標時的最後一幀圖像，飛彈的發射人員可判斷出飛彈是否擊中目標，第二枚飛彈掃描第一枚飛彈的爆炸區，向發射人員提供進一步的數據，供其決定是讓第二枚飛彈再攻擊該目標，還是轉而攻擊其它目標。三是飛彈裝備特高頻(UHF)衛星數據鏈和特高頻視線地面數據鏈，以中轉電視圖像和重新確定瞄準信息。四是彈體結構更加簡單，重量更輕。五是GPS比3型的抗干擾性能更強。六是慣性導航系統中，用環形雷射陀螺替代機械陀螺。
目前俄羅斯也正在研製射程3000千米並且能夠陸、海、空射一彈多型的超音速巡航飛彈。同時還正在改進現役的型號，其改進重點是：提高飛彈的射程和圓機率誤差，縮短任務規劃準備時間，增加目標選擇，增強與飛機協同作戰的能力等。
