檢查前準備
1.患者需空腹4～6小時，檢查前一天晚飯進食少渣易消化食物。
2.向患者說明檢查目的、必要性、相關風險及配合檢查須注意的事項，消除患者的顧慮。
3.有幽門梗阻者，最好先抽盡胃內容物。
4.接受胃腸鋇餐檢查者，3日內不宜行內鏡檢查。
5.腸鏡檢查前清潔腸道。
6.胃鏡檢查前摘除活動義齒，避免誤吞。
操作方法
患者左側臥位或俯臥位。內鏡前端塗水以潤滑，禁用矽油或偶合劑，以免影響內鏡視野。檢查特殊部位有時需特定操作方法，並通過水囊法或脫氣水充盈法觀察病變。
臨床意義
1.常見消化道腫瘤
不僅可觀察食管癌、胃癌、直腸癌、胃淋巴瘤等侵犯深度，還可判斷是否有淋巴結及周圍器官轉移，對制定正確的治療方案有重要意義。
2.胰腺癌
縱軸內鏡超聲探頭可與胰腺組織鄰近，對胰腺顯示無盲區，對胰腺微小病變的顯示優於各種其他檢查。可觀察胰腺癌是否侵犯腸系膜血管、腹腔乾及其分支、門靜脈系統及周圍器官，對胰腺癌進行分期，了解胰腺癌手術切除的可能性，對選擇治療方案有重大意義。胰腺神經內分泌腫瘤大多數臨床症狀突出而病灶較小，對腫瘤定位較難，縱軸內鏡超聲檢查對其有良好的顯示能力。
3.黏膜下腫瘤
此類腫瘤種類較多，明確其起源和性質是選擇治療方案的重要依據。內鏡超聲檢查是鑑別消化道黏膜下腫瘤和腔外壓迫的首選檢查方法。縱軸內鏡超聲檢查尤其適用於胃、十二指腸及
直腸黏膜下腫瘤的診斷；對黏膜下腫瘤行內鏡超聲引導下細針穿刺吸取細胞學檢查有助於判斷腫瘤的來源和性質。
4.肝膽疾病
縱軸內鏡超聲檢查可排除十二指腸氣體干擾，對膽總管管壁結構的顯示效果好。尚可識別膽總管微小結石，可作為腹部超聲、經內鏡逆行性膽胰管造影術（ERCP）、磁共振胰膽管造影（MRCP）的補充檢查。
5.壺腹癌分期
縱軸內鏡超聲檢查借側視內鏡視野可清楚觀察十二指腸乳頭大小、形態，超聲視野觀察壺腹部結構，對壺腹癌分期有重要意義。
6.賁門失弛緩症
縱軸內鏡超聲檢查可用於其與非功能性疾病（假性賁門失弛緩症）的鑑別。
7.胃黏膜皺襞增厚
縱軸內鏡超聲檢查對浸潤型胃癌（BorrmannⅣ型胃癌）、淋巴瘤、巨大肥厚性胃炎及其他胃壁增厚疾病的鑑別有重要意義。
8.胃腔血管性病變
胃腔內靜脈曲張、靜脈瘤在內鏡超聲下有特徵性表現，可防止誤診、誤治。
9.食管周圍的中後縱隔病變
縱軸內鏡超聲檢查對其顯示效果極佳，可顯示腫瘤部位、形態、大小及與周圍器官的關係，並可在超聲引導下做穿刺活檢，可避免不必要的痛苦和風險。
10.其他
內鏡引導下穿刺和治療可套用於多種疾病的診斷和治療。
