在細菌的鑑別和分類中,對其細胞結構或是生理、生化特性進行觀察和測定並不太困難的,多利用下列方法:在各種培養基上的生長狀況;對碳水化合物和蛋白質的利用和分解情況;在DNA中的鳥嘌呤、胞嘧啶的克分子量的百分比;有時還根據血清學的試驗結果等。細菌的屬名和種名都是按命名規則而定的,但認為把全部細菌都按一個分類體系來定名不太合理的意見,愈來愈顯得有說服力。(1)已往在套用上廣為依據的伯傑氏分類手冊第7版(1957年)中,在原生植物門中設定了包括裂殖菌綱、病毒和立克次氏體類的最小生物綱,並將裂殖菌綱分成10目:(i)假單胞菌目;(ii)鞘桿菌目;(iii)生絲微菌目;(iv)真桿菌目;(v)放線菌目;(vi)核衣細菌目;(vii)貝日阿托氏菌目;(viii)粘球菌目;(ix)螺旋體目;(x)枝原體目。(2)在該書第8版(1974年)中雖分作原核生物界的細菌門,但由於加強了該書的便覽性質,因而在其以下等級不再細分,只把全體分作19個部門,在各部門中,只在可能的情況下才把屬編成科和目。(3)所謂細菌類,和其它的真核菌都是構成不同於植物界的另一個菌界(Mycota),從這樣的見解來看,作為原核菌類可放在亞界的位置上。然後,再像真核菌類的分類那樣,把原核菌類大致區分作枝原體類、細菌類、粘細菌類、螺旋體類和放線菌類5個門。其詳細區分可套用伯傑氏分類法。在其中間不包括病毒類。
如按照細菌的形態特徵分類,可將其分為球菌、螺旋菌、桿菌三類,在《科學》(七年級上)教科書中有所提及。
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