細胞區室是細胞生物學中使用的名詞,包括所有真核細胞的細胞質中封閉的部分,它們多被單層或雙層的磷脂所包圍。絕大多數的細胞器均被視為是細胞區室,例如:線粒體、葉綠體(光合生物)、過氧化物酶體、溶酶體、內質網、細胞核及高爾基體。更小的元素,如囊泡,和有時甚至是微管等也計算在內。
一般認為細胞區室化並不存在於原核生物的細胞內,但隨著諸如羧酶體(carboxysome)及對細菌的微區室(bacterialmicrocompartment)的研究顯示原核生物也有能力去對細胞器進行區室化。
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