主要職責
1、貫徹執行國家、省、市有關畜牧獸醫漁業工作的法律法規和方針政策，研究擬訂地方性政策、法規和規章並組織實施。2、擬訂全縣動物疫病防控規劃，組織動物疫病控制和撲滅工作。
3、擬訂全縣畜牧獸醫漁業行業發展戰略、中長期發展規劃並組織實施；指導和推進畜牧漁業產業結構調整工作。
4、負責動物（含水生動物）防疫、防疫監督、動物及動物產品的檢疫、獸藥魚藥殘留監督、畜產品和水產品的質量安全監管、飼料和飼料添加劑質量安全監督的管理工作。
5、負責獸醫醫政、獸藥藥政、漁政管理和病原微生物安全的監督管理工作。
6、負責官方獸醫和執業獸醫管理工作。
7、負責種畜禽、水產種苗、牧草、飼料、飼料添加劑管理工作。
8、負責國家、行業、地方相關的獸醫、獸藥、魚藥、牧草、飼料、飼料添加劑、畜禽品種、水產品種標準的監督實施。
9、組織實施畜禽、水生野生動物、江河漁業增殖和牧草地資源保護工作。
10、負責動物生物製品的調撥和管理；負責重大動物疫病防控應急物資的儲備和管理；負責防控重大動物疫病應急預備隊的管理與演練工作。
11、負責直屬單位及動物衛生監督分所業務、財務、人事的管理工作。
12、承擔縣人民政府、上級業務主管部門交辦的其他事項。
內設機構
1、人秘股協助局領導處理日常工作，協調機關政務工作，負責本局的會議組織、文秘、檔案、保密、信訪、財務、內務衛生、房產、環境、紀檢監察、安全保衛、計畫生育和本系統人事工資等管理工作；完成局交辦的各項工作任務。
2、畜牧股（加掛縣飼料工作辦公室牌子）
負責畜牧業政策、法規、條例的宣傳貫徹工作，研究擬訂畜牧業發展措施並組織實施，指導和推進畜牧業產業結構調整；研究擬訂全縣畜禽良種產業建設規劃，指導畜禽良種繁育體系建設；負責種畜禽管理，組織地方種畜禽資源保護和開發利用；負責全縣草地資源保護利用及牧草種子質量監督管理；並負責國家、行業、地方相關的牧草、飼料、飼料添加劑、畜禽品種的標準或規範的監督實施；負責飼料和飼料添加劑質量安全監督管理工作;負責畜牧業統計工作；完成局交辦的各項工作任務。
3、獸醫股
負責動物防疫法律、法規、條例的宣傳貫徹工作；負責擬訂全縣動物疫病防控規劃，指導動物疫病的診斷，組織動物疫病的控制和撲滅；組織實施重大動物疫情應急預案；負責動物防疫、防疫監督、動物及動物產品檢疫的管理工作；負責獸醫醫政、獸藥藥政管理和病原微生物安全的監督管理工作；負責預防獸用生物製品的組織供應、管理；負責官方獸醫和執業獸醫管理工作；負責國家、行業、地方相關的獸醫標準或規範的監督實施；承擔縣防控重大動物疫病指揮部辦公室和縣防控高致病性禽流感協調工作領導小組辦公室的日常工作。負責《動物防疫合格證》、《動物診療許可證》、《獸藥經營許可證》的審核、登記、發證工作；完成局交辦的各項工作任務。
4、水產股（加掛廣東省漁政總隊紫金大隊牌子）
負責漁業政策、法規、條例的宣傳貫徹工作，研究擬訂漁業發展措施並組織實施，指導和推進漁業產業結構調整；開展漁業工作調研和組織實施水生野生動物、江河漁業增殖資源保護工作。負責水生動物的防疫、檢疫及疫病防治；負責漁政、水生動物及其產品質量安全監管；負責《水域灘涂養殖使用證》的審核、登記、發證以及水產統計工作；完成局交辦的各項工作任務。
直屬單位
1、縣動物衛生監督所負責依法對動物、動物產品實施檢疫；依法對動物、動物產品的生產、經營場所、運輸活動進行監督檢查；參與動物疫病的監測、診斷、控制和撲滅，按規定報告動物疫情；負責對動物防疫工作進行監督，對動物疫情的防控監督；按規定報送動物防疫、檢疫相關報表和材料。依法查處違反動物防疫法律法規的行為，行使《動物防疫法》、《廣東省動物防疫條例》和《獸藥管理條例》等規定的行政處罰和行政措施的決定權；負責全縣動物衛生監督證章標誌、標識的管理；負責畜產品質量安全監管工作；負責獸用生物製品以及動物防疫物資的保管和發放工作；完成局交辦的各項工作任務。
2、縣動物疫病預防控制中心（加掛縣飼料獸藥檢驗檢測中心牌子）
負責組織實施動物疫病的監測、檢驗、診斷和技術仲裁；負責重大動物疫情的預警預報和動物疫病流行病學調查；參與動物疫病的預防、控制和重大動物疫情的撲滅，參與制定動物疫病防控規劃、免疫計畫、應急預案，並提供科學依據；參與動物疫病預防控制技術、免疫技術的宣傳教育和指導；開展動物疫病防控新技術、新方法研究；開展畜禽生產環境控制與保護研究；開展動物疫病流行病學研究；負責獸藥、飼料及飼料添加劑的質量監督檢驗工作；負責畜禽產品有毒有害物質殘留的監督檢驗工作；完成局交辦的各項工作任務。
3、縣畜牧獸醫水產技術推廣中心
參與制定畜牧漁業產業發展規劃和畜禽良種繁育體系建設規劃、措施；負責畜禽、水產、牧草、獸藥、器械新品種引進、選育、試驗、示範和相關配套技術的研究、示範及推廣工作；組織優質畜禽水產品的開發、推廣和技術服務工作；組織實施本地優良畜禽水產品種的保種、繁育、提純復壯和雜種優勢利用工作；開展對畜牧獸醫水產技術的宣傳教育和技術指導、技術培訓等工作；完成局交辦的各項工作任務。
