策旺阿拉布坦是準噶爾部原首領僧格之長子，號額爾德尼卓里克圖琿台吉。
僧格於1670年被暗殺後，其弟噶爾丹自西藏返回，在達賴喇嘛以及和碩特首領鄂齊爾圖車臣汗的支持下登上了準噶爾大汗之位，策旺阿拉布坦遂率部眾依附噶爾丹。
1684年，策旺阿拉布坦奉噶爾丹之命西征哈薩克人，康熙二十七年(1688)，噶爾丹為鞏固其在準噶爾部的統治地位，殺其策旺阿拉布坦弟索諾木阿拉布坦，又暗中派人對策旺阿拉布坦進行迫害。策旺阿拉布坦擔心自身安全，遂被迫率領5000部眾逃至博爾塔拉河遊牧，並擊敗了噶爾丹親率的2000追兵,與噶爾丹分立。
1690年，噶爾丹出兵喀爾喀蒙古。策旺阿拉布坦趁此機會發兵占領了原準噶爾領土，將噶爾丹遏制在科布多無法西還。此後，策旺阿拉布坦與中國清朝康熙帝合作同噶爾丹割據勢力進行鬥爭，徹底擊敗噶爾丹，準噶爾故地盡為其所，並於1697年向康熙帝獻上噶爾丹的骨灰。1698年，策旺阿拉布坦正式成為準噶爾大汗。
即汗位後，策旺阿拉布坦於1699年派其弟策凌敦多布西征，征服了哈薩克汗國的頭克汗，使哈薩克分裂為大玉茲、中玉茲和小玉茲三個汗國，並均臣服於準噶爾。此後，隨著統治權力的擴大，策旺阿拉布坦與清朝政府的矛盾日漸加劇。策旺阿拉布坦開始密謀反對西藏掌權者第巴桑結嘉措，因為桑結是噶爾丹堅定的支持者。1707年，桑結被和碩特汗王拉藏汗毒死，拉藏汗之後在中國的支持下另立新的六世達賴，但遭到各地藏族王公的反對。1717年，策旺阿拉布坦派策凌敦多布率6000軍從和田出發，自西路入藏，一舉擊敗拉藏汗。12月2日，遠征軍攻占拉薩，殺拉藏汗，在全藏建立了統治。企圖挾達賴喇嘛號令“眾蒙古”，與清朝政府分庭抗禮。
1718年，他派兵襲擊哈密北境五寨，中國清朝自四川出兵西藏，但是被策零頓多布擊敗。1720年，清朝再度出兵，以恂勤王胤禎為大將軍統領各軍，年羹堯為四川總督負責後勤保障，三路發兵。10月16日，策凌敦多布兵敗逃走，清朝建立了對西藏的直接統治。之後，清朝向準噶爾本土發動了攻勢，一度占領烏魯木齊，但不久後因為康熙帝去世而撤回。1723年，策旺阿拉布坦支持羅卜藏丹津在青海發動叛亂，但是不久即被清朝平定。1725年，清朝新即位的雍正帝同策旺阿拉布坦議和，劃分了邊界，並商定互相貿易。他對維吾爾族與中亞的政策是人質制，把他們送到伊犁，執其酋，收其賦。
1727年策旺阿拉布坦去世，其子噶爾丹策零繼位。
策旺阿拉布坦統治時期，準噶爾的社會經濟較噶爾丹和巴圖爾琿台吉時期有所發展。康熙五十四年、五十八年他又數次派兵抗擊沙俄的侵略，為捍衛中國西北地區的安全作出了有益的貢獻。
