遊戲LOGO新的歷險！
《口袋妖怪：不可思議迷宮》系列是將《口袋妖怪》系列 和《不可思議迷宮》系列的特點結合起來的遊戲系列，玩家自身也會變成口袋妖怪到不可思議的世界中去探險,而具體變成什麼妖怪,會根據玩家在遊戲開始時對於問題的回答而定。
新的世界！
繼《時之探險隊》和《暗之探險隊》公布後，該系列日前決定將推出第三款作品《口袋妖怪：不可思議迷宮 空之探險隊》，在這次最新的作品裡，玩家可以扮演的主人公怪獸新追加了5隻，分別為伊布 里卡奧 小電獅 六尾 和小小象，達到了可選19個主人公怪獸的數量；同時在這款遊戲裡，相對時之探險隊、暗之探險隊還將追加21種夥伴型怪獸，以及體型系統。另外一方面，還會有更多新增的冒險劇本等待玩家的探險喔！
該遊戲在2009年4月18日發售，售價4800日元。
遊戲開始的心理測試依然不會改變。 場景大家都熟悉，看來地點沒有改變，胖可丁行會。依然是玩家控制著一隻pm和搭檔的冒險。 劇情依然圍繞著森林蜥蜴竊取了重要的道具，時之齒輪,主角和搭檔去拯救這個世界。
主要劇情還要等官方的進一步報導
新增5個特殊章節，以非主角人物為隊長，展開不一樣的冒險。
分別以齙牙狸、寶寶丁、女郎兔、向日花怪、森林蜥蜴為主人公。
目前明確的內容
齙牙狸的願望：
齙牙狸有個一直想要實現的願望，雪樹人帶來許願洞窟的訊息後，兩個一起向那裡進發了，可是，雪樹人的真實身份是？
天才寶寶丁：
寶寶丁（公會胖可丁老大的過去）是個有著天才能力的小傢伙，他某一天前往一個神秘的森林，遇到太古盔甲這個探險家，
從此便展開了尋寶生涯....
向日葵怪的尖叫
這是有關向日葵怪過去的故事，早晨的向日葵怪是那么的開心，當夥伴接二連三地外出時，他也熱情地跟夥伴打招呼呢。這時，鸚鵡出現，“跟我來。”不知咋回事的向日葵怪只有乖乖跟著。進去後發現警察UFO竟然在，不知道出了啥大事呢？
魅力探險隊登場
夜幕下的遺蹟顯得有點神秘，隆隆石趁著夜色走進了這個遺蹟，當它想取得祭壇上的秘寶時，石柱頂的三隻PM卻脫下偽裝並把秘寶奪走了。她們又是誰呢？
前往黑暗的未來：
森林蜥蜴為了阻止夜魔人，帶著他一起前往了未來，究竟他們能不能把黑暗的未來恢復原狀呢？而他們又會不會面臨消失的命運呢？
1二周目攻略
特別篇劇情：
1，齙牙狸的願望
齙牙狸離開了家人外出闖蕩，最終流落到了胖丁的行會。在這裡，它也是被眾人使喚欺負的料。
開始被音符鸚鵡“辱罵”一番後先存檔，存檔點在主角小窩的下面那個。由於被交帶了要去變色龍那裡買果子的任務，那么先去道具店找變色龍。變色龍向齙牙狸推薦了技能機，不過，齙牙狸並沒有買。一無所獲的齙牙狸只好離開了。但卻剛好遇到了失魂魚冰雪樹人，樹人交下一樣東西給齙牙狸後就慌慌張張離開了。跟著聞風趕到的寶寶龍跟天蠍卻東張西望。彷佛在尋找某物似的。兩人露出兇相威逼齙牙狸知不知道冰雪樹人的下落，齙牙狸出於畏懼只有老實交待了。
晚上，齙牙狸回想起白天的事情，抽出了樹人所交出的東西看了看，感覺像是一幅地圖，一幅可以滿足願望的地圖。
早上的爆音怪真好火氣啊！沒辦法，誰叫齙牙狸那么呆呢。。集會後齙牙狸向音符鸚鵡問起地圖上那洞穴的來歷，音符鸚鵡也好像不太知道。齙牙狸發獃了一會後爆音怪通知它外頭有PM找它了。
出行會後發現是昨天的樹人來找它，對話完畢後新冒險場所開啟，可以直接去冒險了。
ほしのどうくつ 7F+4F
道具：蘋果，果子，錢，玉，種，手帕
BOSS:寶寶龍+天蠍+冰雪樹人
出現精靈：太古羽蟲，小風鈴，蚊香蝌蚪（催眠），禮士蟋蟀（克制），胡說盆栽，頂葉獸，吞食獸（毒瓦斯），可達鴨,鋼鍾（催眠）。
突破要點：可悲的兩手空空進迷宮，要拚命蒐集道具了(建議先進一次蒐集一下道具）；由於樹人的降雪特性，所以全迷宮基本上都是下大雪了，間隔一定回合強制3點傷害。。。所以HP會掉得飛快，建議多蒐集回復果，對敵時儘量讓樹人幫頂吧！儘量減少被削減HP的因素。蟋蟀會克制，未反擊傷害時要儘早幹掉。小心蝌蚪、鋼鐘的催眠術，可達鴨在這迷宮可是救星啊！抵消天氣。而鋼鍾也會把天氣改掉。
到了迷宮底，樹人終於露出了它的本性，想不到它竟然是跟寶寶龍、天蠍是一夥的。OTL可憐的的單純齙牙狸。原來這夥人看中了齙牙狸手上的那7000金幣，想方設法想弄到手。而有關許願星的傳說，只是捏造的謊言而已。很慘的說。靈活運用收集到得道具吧！私用種子戰術勉強度過了難關。當水獺被打倒在地，突然出現了一陣高呼聲，緊接著救助行會全員參見。OTL，這次輪到行會群P壞心眼三人眾。對於行會的眾高手來說，此三人瞬間就被轟至渣。戰鬥後，齙牙狸感動得熱淚盈眶，原來對自己不聞不問的行會眾人竟然是如此關心自己的。而真正的許願洞窖正式開啟。
ほしのどうくつ さらに おくち 4F
道具：蘋果，玉，錢，種，果，手帕
BOSS：許願星
出現精靈：鋼鍾（催眠），可達鴨，月神石，吞食獸（毒瓦斯、哈欠），
突破要點：建議每下一層都先使用以下變圓，增強一下抗打擊力度；月神石的念力要當心，對於現階段的齙牙狸來說，非常致命。可達鴨的擺尾、水槍也要當心，被打中可不是說笑的.鋼鐘的催眠術、吞食獸的毒瓦斯、哈欠也要留意。
洞穴深處，齙牙狸終於如願地看到許願星了。但想實現願望的話必須打翻它，再次種子戰術，趁它混亂的時候叫幾聲或者變變圓，加強物理防禦力度，然後就拚命地撞它好了，中間祈禱它不要用特攻招式。通過後水獺也如願實現了自己的願望。
2，天才寶寶丁天氣是晴朗的，可愛的小胖丁跟父母打了聲招呼後拿下グミ出門跟可愛的迷唇蛙、沼獸、玫瑰種子玩兒去了。當大家正歡樂的時候，卻被鏈嘴幽魂跟毒蠍打斷了這一歡樂時間。而小傢伙三人眾對於自己的玩友被搶走趕到非常憤怒呢。
夜深了。小胖丁在胖丁媽的唱歌技能下安靜地睡著了。胖丁爸則向胖丁媽講述了往事。當時在大雨傾盆、山泥傾瀉下的時候，在胖丁爸快要被巨石壓扁，小胖丁所發出的神秘光芒，那種神奇的力量究竟是？
第二天的早上，小胖丁再次跟朋友們聚在一起，鏈嘴幽魂卻提出不如去アソコクのもり冒險吧！小傢伙三人眾聽後都害怕得閃了。剩下的二話不說，立即啟程。
アソコクのもり 7F
道具：蘋果、果實，玉，錢，尖刺
BOSS：無
出現精靈：咕咕，毽子草，蛋蛋，獨角蟲，裹衣蟲，綠蜘蛛
突破要點：三人眾對所有精靈都基本上一擊必殺的，注意咕咕的電光、蛋蛋的催眠、裹衣的保護、獨角蟲和綠蜘蛛的鈍速招式就沒有問題了。
通過後發現深處好像什麼都沒有似的，但當眾人都想離去的時候，忽然出現了神秘的叫聲。究竟是什麼？當定過神來，出現的竟然是太古龍蠍。這廝對眾人的入侵感到非常憤怒。鏈嘴幽魂跟毒蠍瞬間就屁滾尿流地逃跑了。剩下的只有天不怕地不怕的小胖丁。而太古龍蠍對於不怕自己的小胖丁感到有點驚訝。小胖丁還親切地要求龍蠍跟它玩呢。龍蠍感到非常無奈地返回到自己洞穴中。小胖則緊跟隨後。
原來這裡是龍蠍的秘密基地，龍蠍把自己收藏的書給小胖丁看，小胖丁竟然把書烘到火爐上，龍蠍急忙猛噴口水才把書救了下來，而這本書卻顯露出了隱藏其中的神秘內容（又是藏寶圖OTL）。
早上出門跟NPC眾廢話完畢後到了龍蠍家，整理好道具並存檔後向下走就可以冒險了。
ひがしのほらあな 10F
道具：玉，錢，果實，種子，蘋果（幾率低），技能機
BOSS：無
出現精靈：鯰魚，地鼠，蔓藤怪，地隱蟲（EXP奇高），鯉魚王
突破要點：地鼠會震級（部屋全體），除此之外的無威脅。
到達深處後，發現這裡的氣氛有點詭異而且滿布機關，到底門打開後會有什麼呢？二原本需要解謎才能打開的門卻被胖丁使用神力炸開了。。。。高台里放著的寶箱隱藏的東西是什麼呢？大家自己去確認好了。而以後，小胖丁也跟龍蠍成為了一齊尋寶的好夥伴。而在樹後出來的尼多王，究竟隱含著什麼？
第三次的早晨，小胖丁還是一如既往地例行公事。而小夥伴卻來找胖丁爸跟胖丁媽陳述了小胖丁的“所作所為”。就在這時候，尼多王出現了，簡單的一番介紹後，尼多王似乎說了些什麼給眾人聽似的，因為大家都非常驚訝。
ざいほうのいわぱ 8F+6F
道具：錢，手帕，玉，種，技能機
BOSS:古蜻蜓+鋼磁鼻+女王蜂+爆音王+火山駝+大土偶
出現精靈：驚角鹿，針鼠，圖圖犬，腕力，行路草，小拳石，花蛾，蘑蘑菇，小幸運蛋，卡斯，長鼻葉，椰樹蛋，美麗花，松果球，胖胖翁，
突破要點：前8F的圖圖犬，小幸運蛋會複製技能攻擊，行路草的溶液攻擊對小胖丁來說兩發必掛，蘑蘑菇的麻痹粉當心，其他就沒什麼難點了。後6F的怪物很多，玉類的全部屋效果很吃香的，不然就只有被滅團了。長鼻葉的飛葉快刀，松果球大的自爆，胖胖翁的電光石火都要注意。
最深處，龍蠍這次竟然爭著解密，結果吐口水後兩人都掉下陷阱了，而陷阱深處似乎有某物存在。
原來掉進了怪物屋。OTL由於女王蜂有混亂光，建議開始先扔顆異常狀態種子給它到一邊畫圈圈去，剩下的痛痛快快地用小胖丁的唱歌跟天使吻招呼好了，而龍蠍就把輔助技能全部關掉吧。
出了洞口後，看到的是一片遺蹟，正在此時，尼多王帶著眾人趕到了，而龍蠍竟然是通緝犯，悲傷地小胖丁正準備爆發神力時，龍蠍制止了它。並跟它說，以後這種力量一定要用在正途之上，千萬別學它。說到這裡龍蠍也被尼多王帶走了。（很感人的一幕，眼淚鼻涕直流中）
向音符鸚鵡敘述完畢後，該故事也告一段落了。
3，向日葵怪的尖叫
這是有關向日葵怪過去的故事，早晨的向日葵怪是那么的開心，當夥伴接二連三地外出時，他也熱情地跟夥伴打招呼呢。這時，鸚鵡出現，“跟我來。”不知咋回事的向日葵怪只有乖乖跟著。進去後發現警察UFO竟然在，不知道出了啥大事呢？原來是要去捉通緝犯鬼斯通。OK！啟程。
げんせんのどうくつ 4F
道具：蘋果，錢，玉，眼鏡，手帕，果，種
BOSS：鬼斯通
出現精靈：瑜伽猴，布魯犬，卡拉卡拉，大鄂蟻，
突破要點：雖然被鬼斯通的屬性壓制著，但是呢，哼哼，手上的草笛跟寄生種子足夠玩死你了，千萬別用錯煩惱種子就基本上輕鬆過關。
被打倒的鬼斯通無力的倒下了，當向日葵怪靠上的時候，鬼斯通的頭上冒出了一陣閃光，這傢伙的無力倒下原來是假裝的，被騙的向日葵怪也只好眼睜睜的看著鬼斯通離去。但是不服氣的向日葵怪強忍著追了上去。
げんせんのどうくつ じようそうふ 4F
道具：玉，鍾，果，錢
BOSS：鬼斯通
出現精靈：裹葉蟲（岩石爆破），大鄂蟻，幼甲獸，沙漠奈亞，小哥特拉，
突破要點：難道陡增，裹衣蟲的岩石爆破、覺醒力跟沙漠奈亞的導彈針藥留意。第二次打鬼斯通，戰法跟之前差不多，小心它的詛咒就沒有問題了。
倒下的鬼斯通再次瞬間恢復了（這傢伙用的是哪個牌子的興奮劑。。）更召喚出了兩隻熔岩鼻涕蟲，眼看逼近的鼻涕蟲。向日葵怪真是無任何辦法了（誰叫你天生怕火），鬼斯通則趁機逃跑了。就在這危急關頭，爆音怪替它擋下了攻擊。但向日葵怪由於沒有感謝之意，爆音怪憤憤不平走了，而向日葵怪只有繼續追跡下去了。
げんせんのどうくつ かそうふ 4F+4F
道具：錢，玉，果，蘋果，種。
BOSS：鬼斯通乘3
出現精靈：鐵啞鈴，派拉斯，波音蝠，大岩蛇，阿帕蛇，腫頭龍，瑜伽猴，天平土偶
突破要點：這班傢伙都是高攻擊的變態，能催眠則催眠之，不能的可以用寄種拖死，大岩蛇的岩切跟波音蝠的吸血、超音波。派拉斯的吸血、毒粉都要當心。乘3又如何，寄種、草笛、超音波足夠扛了。
終於在次追上鬼斯通了。然而向日葵怪的葉子飛刀打中它的時候，它竟然一分為三。原來這傢伙竟然是三兄弟。跟著的火山爆發，向日葵怪著火了，當鬼斯通三兄弟圍上準備解決向日葵怪的時候，爆音怪再次出現救駕。最終，向日葵怪也如願完成了任務。而此劇情也完結了。
4，魅力探險隊登場
夜幕下的遺蹟顯得有點神秘，隆隆石趁著夜色走進了這個遺蹟，當它想取得祭壇上的秘寶時，石柱頂的三隻PM卻脫下偽裝並把秘寶奪走了。而遺蹟似乎沒有了秘寶的支撐而沉沒在地底。
當它們一行人走到森林後，美麗花出來迎接了，簡短的對話後展開冒險。
みなみのジャソグル 10F
道具：玉，種，尖刺，石，錢
BOSS：無
出現精靈：巨嘴鉗，毽子棉，核果球，卷尾貓，大胖翁，土河馬，飯匙蛇，太陽櫻花，烏鴉
突破要點：普遍都是攻擊高的，核果會自爆，卷尾貓會撒嬌，毽子棉的催眠粉都要留意。基本上中兩次攻擊不死也殘。
通過迷宮後三美女遇到了餓得站不起來的會長大人。會長飽飽後就繼續玩它的蘋果，而兔子小隊方面則繼續走向迷宮深處。
剛到迷宮口，又遇到了幾支新的探險隊，正當歡樂對話的時候，紐拉王的探險隊也到場了，而另外幾支探險隊懼怕紐拉王，都慌慌張張逃跑了。看來剩下的究竟是鹿死誰手呢。
きよだいがんせきぐん 5F +5F
道具：錢，蘋果，玉
BOSS：，鐵甲暴龍+8哥特拉
出現精靈：哥特拉，電龍，大胖翁，念力土偶，電麒麟，龍龍貝，音速蟬，鋼磁鼻，鐵甲暴龍，懸浮蟹，臭臭泥，大鋼蛇，
突破要點：電龍會意料之外的火焰拳；音速蟬會舞劍，非常可惡，早點秒殺；其他的除了念力土偶跟懸浮蟹外基本上都被克制了。
通過後竟然發現這是哥特拉王的地盤，暈，布滿愛心啊！這班禽獸。如果露帕兔練出了高移的話那就非常容易解決這班禽獸。
繼續深入竟然發現了分岔路，該往那邊呢？私選的是左邊。
ひだりがねのほらあな 5F
道具：果，種，玉，PP劑，錢
通過後返回原地
BOSS：無
出現精靈：哥特拉，大胖翁，念力土偶，電麒麟
突破要點：跟前一個迷宮基本相同。
結果被騙了。。。。
選右吧！
みぎがわのほらあな 5F
道具：果，種，玉，錢
BOSS：無
出現精靈：電龍，哥特拉，大胖翁，巨鉗天蠍，電麒麟。
突破要點：跟前前一個一樣
繼續被騙，回到起點了。。。
正當眾人迷惘的時候，只見一個蘋果滾到，還有那出場音樂，偉大的會長大人駕到。一番馬戲般的表演後，會長消失在中間的牆壁後面。而三人眾也緊跟隨後，進去後果然別有洞天，那就開始冒險吧！
だいしようにゆうどう 5F
道具：蘋果，錢，玉
BOSS：紐拉王+阿伯怪+毒龍蠍
出現精靈：巨鉗蟹，呆呆王，幻光蟲，瑪麗鼠，哈克龍，螢火蟲，飯匙蛇，蚊香蛙，
突破要點：都是攻擊力高的類型，瑪麗鼠會求雨，兩蟲的電光要留意，另外蚊香蛙的泡泡光線跟催眠術要小心。
突破後眾人終於如願看到了寶箱，但是當打開後，大家都目瞪口呆了，啥也沒有。而慢了一步的紐拉王救助隊卻以為丘姆隊獨吞了寶物，戰吧！總之又是噁心的愛心戰鬥。毫無難度可言，高移後迅速滅團。戰鬥完畢後MAD隊對於丘姆隊不服氣，還想再戰的時候，會長及時地出現了，並指出，其實那寶箱是POKMON。果然，寶箱是百變怪所變的。百變怪坦言。之前的美麗花跟立尾獸都是它變的，目的就是要把它們都引導到這裡來。而洞穴深處，就是封印在次的時之齒輪。
5，嚴峻的未來
回到未來的草蜥蜴跟夜遊神發現自身還沒有消失，而草蜥蜴為免追殺，立即展開逃亡之路，而夜遊神也跟上了。
こかつのたに 5F+5F
道具：錢，果，種
BOSS：勾魂眼*4
出現精靈：萊依飛龍，毽子棉，紳士鴉，卷尾貓，布袋鬼，毒蟾鬥士，木天狗，
突破要點：毽子棉、卷尾貓的連續攻擊要密切留意，中兩下基本上掛，其他的沒什麼難度。至於那四隻勾魂眼，在草蜥蜴跟夜遊神面前不值一提。
通過迷宮後有竟然有四隻勾魂眼圍了上來，而後面來到的夜遊神形成圍觀之勢，眼看草蜥蜴的性命就此了結，但突然勾魂眼竟然也攻擊夜遊神。原來因為夜遊神的任務失敗了，所以它已經再沒有利用價值了，那就乾脆一同抹殺掉好了。事到如今，兩者只好站在同一戰線上。
くらがりのこうや 4F
道具：蘋果，種，錢，玉，PP劑
BOSS：無
出現精靈：日神石，鬼斯，大岩蛇，木天狗，夢妖，
突破要點：幾隻岩系都會岩切，記得算好距離，幽靈系就是詛咒跟鬼火而已，中後立即下樓就沒事了。
通過從勾魂眼的口中得知，之前預計的果然是那樣。那只有親自去一趟了，去找迪亞路卡。
じげんのどう 10F+10F
道具：pp劑，刺，種，蘋果，
BOSS：無
出現精靈：小磁怪，勇吉拉，夢魘，鬼斯，鋼鍾，念力土偶，素利普，素利帕，三合一磁怪，百變怪，叉字蝠，3D龍2
突破要點：磁怪、三合一磁怪會全體放電，3D龍的特性會複製打它的精靈特性，其他的跟之前幾個迷宮的差不多。
到達迷宮深處後竟然沒有迪亞路卡的影子，而夜遊神提議去くろのもり看看吧！也許迪亞路卡會在那裡，而擔心雪拉比的草蜥蜴聽後立即行動了。
くろのもり 7F
道具：錢，玉，果，眼鏡，蘋果，
BOSS：勾魂眼*6
出現精靈：血翼飛龍，沙河馬，大舌頭，百變怪，念力土偶，武士暴龍，
突破要點：沙河馬會改變天氣，而且，強制，很可惡。百變怪會變成其他精靈愚弄你，其他的PM基本上都被我方壓制。至於那六隻勾魂眼，最好先幫夜遊神消滅下方的，減少被克制的危險。
打敗勾魂眼後，獲知了迪亞路卡的去向。
くうかんのがんべぎ 10F
道具：錢，玉，刺，手帕，果，蘋果，
BOSS：無
出現精靈：鏈嘴幽魂，夢魔，瓦斯彈，鐵啞鈴，鬼斯通，鬼蟬，夢魘。
突破要點：鏈嘴幽魂等鬼系都會影襲，保護好夜遊神。
突破後，兩人別傳送到冰之世界，這裡竟然也被星之停止影響著，好了，加緊腳步趕路吧！
くらやみのひようざん 10F+4F
道具：果，錢，種，PP劑，
BOSS：4鬼面冰+猛獁
出現精靈：耿鬼，古大舌頭，古蔓藤怪，鏈嘴幽魂，鋼鳥，懸浮蟹，夜骷鬼，
突破要點：影襲、異常狀態，色魔拳，古大舌頭的先取都要注意，其他無難點。至於鬼面冰跟猛獁都是物攻型的，讓夜遊神放鬼火它們就沒有打擊力了。
當草蜥蜴快要被巨冰砸到得時候，夜遊神捨身就下了它，更禍不單行的是，四塊鬼面冰跟猛獁竟然圍上來了，苦戰結束後，夜遊神也不支倒地。經過一番休息後，兩人重新上路，但是這裡似乎展開了類似結界的東西，正當兩人迷惑的時候，意外遇到一隻雪侏儒，對話後得知雪拉比可能存在於這個世界，而這時候，冰錐上的紫光突然暴閃，把雪侏儒給嚇跑了，無辦法了，繼續向深處前進吧！
ひようちゆうのもり 10F
道具：錢，玉，刺，果，
BOSS：無
出現精靈：古大舌頭，巨鉗天蠍，惡魔仙人掌，耿鬼，雙彈瓦斯，
突破要點：巨鉗天蠍會舞劍，遠距離擊殺，其他跟之前的一樣。
終於看到雪拉比了，但此刻的雪拉比卻被鬼盆栽封印著。當它想救雪拉比的時候，四面突然出現了4束紫色的光束把草蜥蜴束搏了。而夜遊神也露出了冷笑，四方的勾魂眼也圍了上來，原來這又是夜遊神所策劃的詭計，當準備解決草蜥蜴的時候，夜遊神由於內心的矛盾而下不了手。突然一聲長嘯，暗黑迪亞路卡出現並打破了束搏草蜥蜴的光束。而夜遊神也遭到迪亞路卡鞭屍，危機關頭，雪拉比也解開了封印，而天空也出現了神秘的極光，跟著迪亞路卡胸前的鑽石發出光芒後，迪亞路卡竟然連同光芒消失了。
だいひょうざん 9F+8F
道具：錢，玉，果，蘋果，種
BOSS：暗黑迪亞路卡
出現精靈：化石飛龍，災獸，木乃伊，UFO磁怪，鋼螃蟹，迷唇娃，巨鉗天蠍，鬼蟬
突破要點：一堆耗PP的傢伙，巨鉗天蠍的蜻蜓返跟木乃伊的影襲、鋼螃蟹的色魔拳都要小心，迷唇姐的滅亡歌雖然命中率低，但是真的中了的話會很麻煩，至於暗黑迪亞路卡，渣！
草蜥蜴的身上竟然升起了一些光華，莫非主角他們成功了，帶著這樣的疑問，它們踏上了最後的征途。而當它們面對迪亞路卡的時候，雙方的身上都同時升起了那些亮光，看來未來將會恢復原狀，而大家都會消失。戰鬥結束後，暗黑迪亞路卡首先消失了，跟著夜遊神說幾句遺憾的話也跟著消失了，剩下的草蜥蜴擁抱著雪拉比看著恢復著黎明的天空（很好很激情），星球終於再次轉動，然而。。。。。。。。。。。。。。。大家都沒有消失。原來是恢復了正常的迪亞路卡使用了神的力量把大家都復活了，世界也再次充滿光明和生機。終於喜劇收場了！OTL
二周目相關
真·大魔王&畢業考試
主角和搭檔繼續著修行，突然有一天胖可丁宣布他們可以畢業了。接著胖丁告訴了他們關於進化的地點，這裡也是畢業考試的地方，在しんぴのもり（神秘森林）有著ひかりのいずみ（光之泉），不過看起來有強敵等待呢……到寶物鎮發生劇情遇到圈圈熊和寶寶熊，之後就可以出發去新迷宮了。
迷宮しんぴのもり 13F
道具：錢，種，果，玉，手帕，刺，石
BOSS：胖丁+音符鸚鵡+向日葵+地鼠+風鈴鈴+毒蟾蜍+三頭地鼠+龍蝦小兵+爆音怪
出現精靈：妙蛙草，月桂葉，剛比，蛋蛋，臭鼬，鐵甲蛹，菊草葉，萊依飛龍，禮士蟋蟀，尼多蘭，口呆花，月亮熊，暴鼬，長鼻葉，哥達，拉達，樹林龜，毛球，比帕水獺，手尾猴，樹苗龜
突破要點：鼬類PM被打倒後都會誘爆，儘量小心，幾隻主角精靈的進化型的HP、攻擊力都較高，小心應付，其他沒什麼難點。
通過後掉入陷阱，黑暗的“大魔王”正在恐嚇時，突然亮了，一看，靠，居然是行會的那群傢伙……不過這次真的是大危機……風鈴鈴的呵欠，胖丁的唱歌和封印、兩地鼠的遠距離攻擊跟大地力量、向日葵的花瓣舞、音符鸚鵡的高音……胖丁的HP700左右，打不過他就別想進化了……大魔王失敗了！大家逃啊！一群亂七八糟的傢伙……進入森林，主角預感到那東西居然是胖可丁放在那裡的？打開一看……原來是……胖丁最喜歡的食物……這時光之泉出現，劇情以後就可以進化了！
進化說明：此後在迷宮列表中會出現ひかりのいずみ，前往後會詢問是否進行進化，然後會出現已經滿足條件的怪獸列表（全部怪獸，包括隊伍里的和非隊伍里的），然後只要選擇讓哪只進化就可以進化了
不過……主角和搭檔無法進化！因為他們經歷了時空扭曲的緣故！
畢業成功！慶祝！此後房間變成了鯊魚岩上的那個洞穴里的床，記錄也是這裡，不要再走錯了～之後風鈴怪會告訴主角們可以換隊長了，喔也，終於成為自由的探險隊了～
轉換隊伍首領的方法：在風鈴怪處選擇なかまをみる，藍色的是隊長，黃色是隊員，白色是非隊員，對於白色的，選擇“チームにさんか”加入隊伍成為黃色，對於黃色的，選擇“リーダーにする”成為隊長變成藍色。
通過後草蜥蜴特殊劇情開啟。
草刺蝟
當任務做到一定程度時，如果在圈圈熊咖啡廳看到桶章魚跟吸盤魔偶的話，恭喜你了，草刺蝟迷宮開啟。先進入咖啡廳發生劇情吧！圈圈熊講述了雪山上的某處，那裡住著傳說中的精靈——草刺蝟。
到達目的地後，這裡真是景色宜人，地上都是可愛的草刺蝟，而其中的一隻來邀請主角去它的樂園冒險呢！
そらのいただき 3F+3F+3F+3F+4F+4F+4F+4F+5F+5F
道具：蘋果，錢，果，種，玉
BOSS：獵牙草*5（第五關卡），臭泥*5+臭臭泥*3
出現精靈：妙蛙草，月桂葉，萊依飛龍，拉達，鐵甲蛹，口呆花，雙色玫瑰，暴鼬，毒龍蠍，艾比郎，比塔河狸，烈雀，巨樹龜，太陽熊，大立尾獸，火爆猴，加拉加拉，鬼蟬，
突破要點：每一階段的PM的級數都會有不同程度的提升，到了最後階段的幾乎可以把主角秒掉，所以，儘量不碰的話就不碰的好，防止造成無謂的損傷。雖然BOSS強力，但是我們的幫凶也不是吃素的，利用各種輔助招式跟種子戰術可以輕鬆通過。
最後的樂園，竟然是滿布臭味的沼澤，這是怎么回事？原來，這裡已經被臭泥占領了戰勝臭泥軍團後，草刺蝟利用自己的力量把收到污染的沼澤淨化了。而它竟然可以變身成為傲嬌形態。
劇情過後，再去第二次可以收得草刺蝟
機密事項（鋼螳螂劇情開啟）
一天在變色龍商店右邊看到吸盤魔偶，對話後新迷宮出現，
ふぶきのしま（暴風雪之島）20F
道具：錢，玉，果，蘋果，手帕，種
BOSS：無
出現精靈：哥達鴨，瑪麗鼠，瑪麗露利，紐拉，長毛豬，聖誕企鵝，迷唇娃，過動猿，露麗麗，磁鼻，雲雀，雪侏儒，圓企鵝，天氣小子，
突破要點，哥達鴨的噪音；瑪麗鼠、瑪麗露利會求雨水泵跟水柱噴射，求雨後威力很恐怖；除了企鵝之外，其他的冰系PM都會冰屑飛射跟部屋細雪攻擊，萬分留意；無BOSS。
通過後直接下一個迷宮
クレバスのどうくつ（雪縫洞穴）10F+4F
道具：錢，玉，果，手帕，種
BOSS：雪女
出現精靈：聖誕企鵝，迷唇娃，小懶猴，過動猿，磁鼻，碧雲龍，殺手貓，雪侏儒，圓企鵝，胖企鵝，帝皇企鵝，雪樹人，紐拉王，猛獁，冰伊布，哥達鴨，迷唇姐，長毛豬，瑪麗鼠，瑪麗露利，大猩猩，雲雀，紐拉
突破要點：冰樹人會改變天氣，碧雲龍會龍舞跟連續攻擊，其他的跟前一個迷宮一樣。
救出鋼鐵螳螂以後收到謝禮『シークレットランク』
瑪娜菲之蛋
一天與行會裡的向日葵對話，得知とざされたうみ（封閉之海）的事情，新迷宮開啟。
とざされたうみ（封閉之海） 20F
道具：錢，刺，果，玉，
BOSS：無，但可以獲得3個寶箱+1個神秘的蛋
出現精靈：呆呆王，毒刺水母，大舌貝，墨海馬，海刺龍，寶石海星，毒河豚，鐵炮魚，鐵章魚，海馬龍，三色食人魚，皮皮鯨，蝶尾魚，帕魯蚌，大呆獸，乘龍
突破要點：水系大軍，帶蓄水、乾燥皮膚或者引水的PM會非常吃香；海馬類的都會高移跟氣和蓄力，儘量避免在房間內開打；毒河豚有飛彈針；留意，鐵炮魚跟鐵章魚都是遠程狙擊手，加上特性會心的話絕對變殘廢；其他就沒什麼難點了。
第二天蛋孵化了，果然是瑪娜菲……去找音符鸚鵡鑑定完畢後得到訊息要去えんがんのいわば給小瑪娜菲找特定的食物あおいグミ了。
當然如果你的身上或者倉庫里有あおいグミ或者碰巧可以買到あおいグミ的話就不用去哪個迷宮找了～
把あおいグミ帶著跟瑪娜菲說話，小傢伙高興了～以後就一起生活吧～到迷宮裡去再找些あおいグミ餵它……難道是寵物設定么……
再餵一個あおいグミ就可以帶著瑪娜菲出去散步了，帶著它來到海岸，但是當天晚上，瑪娜菲就消失了……第二天著急的他們在行會門口遇到鸚鵡，然後來到海岸，終於找回瑪娜菲，但是瑪娜菲病了……鸚鵡告訴兩人，需要找到海之精靈菲奧奈才能治好瑪娜菲，他們就在きせきのうみ（奇蹟之海）。新迷宮出現。
きせきのうみ（奇蹟之海） 18F+4F
道具：錢，糖，技能機，PP劑，玉，
BOSS：暴鯉龍
出現精靈：大呆獸，鐵甲貝，墨海馬，海刺龍，寶石海星，雙燈魚，呆呆王，鐵炮魚，巨翅飛魚，食人鯊，櫻花鰻，海蛞蝓，蝶翅魚，小飛魚，海馬龍，電燈魚，海蝸牛，地圖魚，尖牙魚，毒河豚，
突破要點：迷宮中有很多膠水陷阱，留意留意；其他的跟瑪娜菲的迷宮一樣。暴鯉龍會龍舞，給可混亂種給它開開心吧！
幫菲奧奈趕走了暴鯉龍，獲得謝禮フィオネのしずく（菲奧奈的水滴），拿回去發生劇情瑪娜菲就好了～不過為了它能健康快樂地生活，只能強行讓他回到海里去生活了……痛苦的離別……
某天突然音符鸚鵡來說，瑪娜菲回來了，前往海岸，瑪娜菲加入。某日，散步的瑪娜菲發現新迷宮うみのリゾート。
三聖柱、聖柱王與藏寶之地的秘密
一天來到行會，在地下二層看到大家正在圍著三位美女歡呼，原來是有名的又強大又美麗又漂亮又可愛的明星寶物獵人三人組“チャームズ”來了——瑜伽王，女郎兔和超能女皇。原來他們與行會老闆胖可丁在很久以前一起探險過，相互是朋友。不過這次他們不是來敘舊的——曾經完全不知道什麼用途的特殊道具カギ的作用終於探明了，打開ばんにんのどうくつ（看守的洞穴）的道具，據說在那裡沉睡著巨大的寶藏！不過胖可丁卻說自己忘記了……可是當三人拿出胖可丁最喜歡的食物時它又說想起來了！回房一陣巨響後找到了！那么大家一起去探險吧！新迷宮開啟。就在大家議論著“チャームズ”重出江湖時，卻同時知道了另一個訊息：傳說中的最強探險隊レイダース——エルレイド，ロズレイド，ドサイドン三人組。
ばんにんのどうくつ（看守的洞穴） ICE3F+ROCK3F+STEEL4F+5F
道具：錢，玉，果，軟糖，石，
出現精靈：豪力，怪力，波音蝠，大嘴蝠，叉字蝠，安農若干
BOSS三聖柱+鋼人4隻沙瓦郎4隻+聖柱王。
這個洞穴里出現的基本上全部是安農，在迷宮中打倒安農，就用幾率獲得對應字母的石頭，根據各段石板上的字母集齊對應的字母石頭後調查石板，就能夠打開通路——打開通路時石頭會消失。
第一段的石板上是“ICE”，當集齊I,C,E三個字母的石頭後，通過3F回到入口處調查石板，冰神柱入口出現；
第二段ROCK，岩聖柱；
第三段STEEL，鋼聖柱。
戰勝聖柱王后紅色石板出現，啟動聖柱王機關，寶藏之地かくされたいせき（隱藏的遺蹟）開啟。
注意，該迷宮一旦使用穿牆玉之類的出去重新進來，就要重新與聖柱戰鬥。
鋼聖柱倒地後，被打倒的チャームズ三人組出現，繼續前進。到達最深處，與聖柱王和其率領的部下戰鬥。
戰勝聖柱王后紅色石板出現，啟動聖柱王機關，寶藏之地かくされたいせき（隱藏的遺蹟）開啟。
真假夢獸、珍珠登場
一夜，電閃雷鳴，這時想起了在光之泉處被告知不能進化的事情……森林深處，閃電照亮了一個黑影的面孔，噩夢獸！原來一切罪惡的根源就是它！似乎在追尋著空間扭曲……而隨後趕到的夢獸就是來抓捕他的！
又是一夜，主角發現自己在夢裡看到有誰在……夢獸出現了，他說主角的存在導致這個世界正在走向毀滅……突然間主角驚醒了，一個奇怪的夢……
又一夜，怪夢又來了，夢獸告訴主角，由於他是從未來而來的人類，這造成了空間扭曲，並且正在擴大，最終導致這個世界的毀滅……
次日，主角回憶起夢獸所說的話，原來空間的扭曲就是自己不能進化的原因啊，可是正在擴大會導致這個世界……
走到地面，齙牙狸突然跑來說露麗麗出事了！來到行會，看到陷入噩夢中無法醒來的露麗麗，齙牙狸說如果能知道它在做什麼夢沒準就能醒來，那么就需要進入它的夢！鸚鵡提出，如果能讓素利普來的話，也許能夠進入夢境。但是素利普不抓走後被關在しゅぎょうのやま（修行之山），那么就去吧！新迷宮出現。注意此迷宮限定主角和搭檔兩人進入。
しゅぎょうのやま（修行之山）19F
道具：錢，果，石，種，PP劑，手帕，頭巾，
BOSS：無
出現精靈：火爆猴，立尾獸，艾比郎，大立尾獸，怪力甲蟲，巴拉郎，太陽熊，比達河狸，烈雀，猴怪
突破要點：幾隻進化型的破壞力都很恐怖，要迅速擊破啊！其他就無什麼了。
改過自新的素利普馬上答應去幫助露麗麗了，出去稍微準備一下之後，與素利普對話進入露麗麗的噩夢迷宮あくむのなか（噩夢之中）！本迷宮仍然限定主角與搭檔兩人進入。
あくむのなか（噩夢之中） 17F
道具：玉，錢，種
BOSS：
出現精靈：圈圈熊，奶牛坦克，小忍獸，吞食王，快樂蛋，光伊布，皮爾，胖胖丁，皮皮，胖丁，跳跳豬，毒蟾，忍耐獸，貓老大，玲瓏貓，大舌頭，古大舌頭，超能豬。
突破要點：迷宮來嚴重缺乏食物，多帶點，忍耐獸的技能很討厭，趁它未使用就殺了吧！超能豬會睡覺；其他無什麼難點。
在最深處見到了夢獸，原來搭檔也做了怪夢……夢獸說，如果現在的噩夢的世界擴大的話，世界就會毀滅！突然夢獸變了臉色，要向他們撲來，這時有人來了，夢獸一看不好，消失了……來者竟然是素利普？回到行會，雖然告訴了眾人見到夢獸和噩夢擴大的事實，但卻隱瞞了是因為自己的原因……回到居住地的搭檔為自己的謊言懊悔不已……深夜，主角回想起了這段時間發生的事情……半夜醒來時發現搭檔不見了，來到懸崖，和搭檔長談，他們的確不應該屬於這裡，無論是穿越時空的搭檔，還是在鑽石獸的神力下復活的主角，也許就是這樣“そうかもしれない……”，不過還是有些地方感覺有些不對勁“でもどこかみようなかんじが……”，是什麼地方呢？夢獸的話“クレセリアのことば”，終於，主角想起來了，當自己在次元之道消失的時候聽到的話與夢獸的話有些許不同！但是儘管如此仍然改變不掉眼前的事實……太陽升起來了，兩人回想起和草蜥蜴一起第一次看日出的情形……搭檔提出，關於空間扭曲，也許能去往幻之大地的乘龍知道些什麼。
來到海岸，乘龍雖然不知道，但是卻給了他們有用的信息——去找控制空間的生物，パルキア。他就住在そうのさけめ（層之裂縫），但是乘龍也無法到達這個地方……不管怎么說，總算是有點眉目了～
這天半夜，突然發生了地震！這時，空間掌管者パルキア突然出現在兩人面前！它化作一個巨大的光球，把兩人帶到了層之裂縫！但是不由分說地又把兩人打下了深淵，自己又化為光球追了下去！新的冒險，開始了！
そうのさけめ（層之裂縫）15+9F
道具：錢，玉，技能機，手帕
BOSS：珍珠獸
出現精靈：噴火龍，雷伊布，勾魂眼，紳士鴉，天然鳥，音符鸚鵡，天蠍，毒蟾鬥士，狂電獸，風鈴鈴，素利帕，勇吉拉，鬼盆栽
突破要點：噴火龍、毒蟾鬥士等都會遠程攻擊；天然鳥、狂電獸、鬼盆栽都會部屋攻擊，一定要儘快解決，以免造成無謂的損傷。
正當珍珠獸被打倒時，突然時間停止了……一個陌生的聲音傳來：珍珠獸也和露麗麗一樣陷入噩夢了～黑暗的力量將吞掉整個世界！那么，是否要進入珍珠獸的噩夢的世界呢？當然了！但是夢境中的珍珠獸說出了與夢獸所言相同的殘酷事實……這時夢獸也出現了，步步進逼。正在這時，珍珠獸卻為主角們說話了，但是夢獸卻毫不讓步地撲了上來！就在危機關頭，另一隻夢獸出現了？！夢獸的力量終於使噩夢獸顯出原型，原來大家到現在為止都被欺騙了，一切都是噩夢獸做出來的假象。但是噩夢獸又一次逃脫了，並且留下話，他在やみのかこう（暗之火口）等著兩人！
回到廣場，露麗麗終於醒來了，夢獸有著驅散黑暗的力量，而噩夢獸卻在計畫著把主角與搭檔從這個世界清除。原來當初星之停止的計畫就是噩夢獸搞的鬼，而主角與搭檔不僅破壞了次元之道，還阻止了星之停止的發生，噩夢獸因此懼怕著兩人，而黑暗擴張才是空間扭曲的真正原因！為了抓住噩夢獸，準備一下出發吧！在懸崖處與夢獸對話，就可以來到噩夢所在的地方了。這次是主角搭檔夢獸三人同行。
やみのかこう（暗之火口）15+15F
道具：手帕，玉，種，果，錢
BOSS：噩夢獸+阿柏怪+盔甲暴龍+熔岩蝸牛+夢魘+鋼甲暴龍+鴨嘴暴龍
出現精靈：小火龍，火恐龍，火伊布，火球鼠，火岩鼠，熔岩蟲，熔岩蝸牛，風速狗，烈焰馬，小火雞，火雞，火駱駝，火龜，小火猴，豪火猴，火焰猴，鋼甲暴龍，武士暴龍，夢魘
突破要點：除了夢魘清一色的全部被水地克制，反正最後階段了，怎么做就不介紹了。
來到最底層，噩夢獸說出了在草蜥蜴和主角前往過去的世界時出現時空事故的真正原因——是他製造的！包括次元之道的建立，星之停止的實施……為了把礙事的主角和草蜥蜴除去，故意製造了時空事故使主角變成了怪獸，但是他卻與搭檔相遇了……這時，噩夢獸突然提出要和二人聯手製造黑暗的世界，更讓人想不通的是搭檔居然認為這不是完全不可行的，他不僅加入了噩夢獸一方，還讓主角也一起過來，這到底是為什麼？！該作出最後的回答了：那種事情，辦不到！“そんなことできない！”因為，這是在噩夢中！主角打破了噩夢獸的噩夢結界，三人終於都清醒了過來，是的，信任自己的搭檔怎么可能作出那樣的事情！惱羞成怒的噩夢獸召喚出一群怪獸，發起了最後的攻擊。
噩夢獸的確是噩夢，一群纏人的小弟不說，自己的反擊+影分身+催眠就相當難對付，而且自身特性的存在一旦被催眠每回合都會減少15HP……
終於打敗了噩夢，可它卻打開了時空之門，他又要逃到未來去嗎？眼看噩夢就要逃走時，珍珠趕到了，正義的珍珠把時空之門破壞掉了，但是並不意味著噩夢已經消失了，夢獸推斷，他可能會和主角一樣，出現在某個時代，同時也失去了原來的記憶……不過眼下總算是阻止了空間扭曲，珍珠獸也回到了自己的地方……
回到村鎮，大家看到打敗了噩夢獸凱鏇的二人，歡呼了起來……雖然還是不能在光之泉進化，但是——只要在這裡，這要在這裡生活著，即使僅此而已，也會感覺到幸福……謝謝你，我們一直在一起，以後也請多關照！
（迷宮やみのかこう、かざんちたい地圖追加，與懸崖的夢獸對話後夢獸加入探險隊。瑪娜菲回歸、帕魯奇亞加入探險隊後就可以進化了！）
新的系統！
體型系統在空之探險隊里，每隻口袋妖怪有對應的體型，一般迷宮允許體型總和不超過6星的探險隊進入，所以在進入迷宮時要注意探險隊的體型總和。
