從平王輔臣
穆占康熙十二年冬，吳三桂反，命授赫葉安西將軍，道陝西入四川進討，以穆占署前鋒統領，參贊軍務。十三年二月，師至陝西，時四川巡撫羅森、提督鄭蛟麟皆附賊，總兵譚弘亦叛據陽平關。穆占與西安將軍瓦爾喀率兵先驅，戰野狐嶺，敗之，克陽平關。總兵吳之茂叛據保寧，穆占進與戰，屢擊敗之。旋以賊阻餉道，引還漢中。提督王輔臣叛寧羌，與之茂、弘相應。穆占從大將軍貝勒洞鄂還西安。十四年，詔趣洞鄂討輔臣，而以穆占代赫葉為安西將軍，率師並進。輔臣將高鼎屯隴州河岸，迎戰，與達理善擊卻之。趨秦州，圍合，輔臣將陳萬策以城降。穆占復助提督張勇攻下鞏昌，還會諸軍征平涼。十五年，上遣圖海代洞鄂為大將軍，王輔臣降。
從平吳三桂
穆占分剿餘寇，以次復西河、清水、成、禮諸縣。輔臣將周養民等以慶陽降。九月，詔入覲，進秩視都統，佩征南將軍印，統陝西、河南諸軍赴湖廣，討三桂，諸將塔勒岱、鄂克遜從。十六年正月，至荊州。時大將軍順承郡王勒克德渾守荊州，貝勒尚善圍岳州，安親王岳樂圍長沙，簡親王喇布守吉安。上命穆占助攻長沙，軍至，屯阿彌嶺。三桂初欲自松滋渡江，進攻荊州，相持數年不得逞。聞長沙有新軍至，亟自松滋還援，屯隔江嶽麓山。遣其將馬寶等屯城外，掘重壕，布鐵蒺藜，列象陣以守；而自從常德進，為穆占所敗，走衡州。上命穆占移兵會簡親王取衡州。十月，克茶陵，復攸、安仁、酃、永寧諸縣。
十七年春，克郴州，傍縣並下。穆占守郴州，以都統宜理布守永興。三桂欲通粵東道，與尚之信、孫延齡軍合，遣其將馬寶、胡國柱等悉銳攻永興。穆占遣哈克三、碩岱來援。時喇布尚駐吉安，穆占請旨趣進征。六月，宜理布、哈克三戰死。碩岱入城守，喇布遣薩克察來援，牒穆占請益兵。穆占謂永興軍事簡親王主之。喇布以聞，上責穆占謬戾。寶、國柱攻永興，二十餘日不下，聞三桂死，乃引還衡州。穆占率布舒庫等追擊，敗之耒陽。十八年，三桂將吳國貴為他將所戚，遁永州，穆占追剿，克之，道州、常寧、新田、永明、江華、東安皆下。師入廣西境，克全州、灌陽、興安、恭城。詔還定湖南，進克新寧。三桂將郭壯圖等擁三桂孫世璠據貴州。十一月，上命貝子彰泰為定遠平寇大將軍，規定雲貴，穆占參贊軍務。
十九年二月，復沅州。十月，克鎮遠，並定偏橋、興隆二衛。進克平越，下貴陽。世璠奔雲南。十一月，克遵義、安順、石阡、都勻、思南諸府。二十年正月，世璠將夏國相、高起隆、王會、楊應選等擁眾二萬拒戰，屯平遠西南山。穆占與提督趙賴督諸軍奮擊，起隆等敗竄，會降，遂復平遠。分遣諸將莽奕祿等逐賊，復大定，應選亦降。遂入雲南，與廣西軍會，壁歸化寺。壯圖出兵重關，列象陣犯我軍。賚塔等縱兵夾擊，穆占戰尤力，象陣亂，反踐其軍。諸軍乘之，壯圖斂兵，止存二十七人，奔入城。九月，四川軍至，總督蔡毓榮破重關，穆占亦奪玉皇閣，猛攻東西寺。世璠、壯圖皆自殺。穆占入城，撫餘眾，籍逆產以聞。師還，授正黃旗蒙古都統、議政大臣。
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康熙二十二年，追論征保寧時奏軍事不實，征平涼時不臨陣指揮，及不救永興，罪當絞，籍沒。上諭曰：“穆占固有罪，但其戰績多至二百六十處，此所議稍過。”命覆議，乃請奪官、削世職、沒妻子入內務府，上命但奪官，餘悉寬之。尋卒。
