組織
保護組織：植物的種皮在種子發芽期間提供保護措施，更有利於種子的發育。
營養組織：種子萌發初期的營養全由種子自身提供，尤其是胚乳。
分生組織：萌發期間種子的胚則會進一步分裂分化，形成更多的細胞，從而成長。
結構
一般植物的種子由種皮、胚和胚乳3個部分組成。種皮是種子的“鎧甲”，起著保護種子的作用。胚是種子最重要的部分，可以發育成植物的根、莖和葉。胚乳是種子集中養料的地方，不同植物的胚乳中所含養分 各不相同。
種皮
裸子植物的種皮由明顯的3層組成。外層和內層為肉質層，中層為石質層。裸子植物種子外面沒有果皮。被子植物的種皮結構多種多樣，如花生、桃、杏等種子外面有堅硬的果皮，因而種皮結構簡單，薄如紙狀；小麥、玉米、水稻、萵苣的種子，果皮與種皮癒合，種子成熟時種皮被擠壓而緊貼於果皮的內層；有些豆科植物和棉花的種子具有堅硬的種皮，種皮的表皮下有柵欄狀的厚壁組織細胞層，表皮上有厚的角質膜。有些豆類種子由於角質膜過厚形成“硬實”，不易萌發。棉籽的表皮上有大量的表皮毛，就是棉纖維。番茄和石榴種子的種皮，外圍組織或表皮細胞肉質化。蕃茄種皮的表皮細胞柔軟透明呈膠質狀，並有刺突起。石榴種皮的表皮細胞伸展很長成為細線狀。細胞液中含有糖分可供食用；荔枝、龍眼的種子可食部分與石榴不同，是由假種皮肉質化而成，假種皮是由珠柄組織凸起包圍種子而形成。
種皮的結構與種子休眠密切相關。有的植物種皮中含有萌發抑制劑，因此除掉這類植物種皮，對種子萌發有刺激效應。
胚
胚除具有胚根、胚芽、胚軸和子葉外，還具有胚根鞘和胚芽鞘。由受精卵發育形成。發育完全的胚由胚芽、胚軸、子葉和胚根組成。裸子植物的胚都是沿著種子的中央縱軸排列，不同種類種子的胚之間唯一不同的是子葉數目，變動在1-18個之間。但常見的子葉數目為兩個，如蘇鐵、銀杏、紅豆杉、香榧、紅杉、買麻藤和麻黃等。
被子植物胚的形狀極為多樣，橢圓形、長柱形或程度不同的彎曲形、馬蹄形、螺旋形等等。儘管胚的形狀如此不同，但它在種子中的位置總是固定的，一般胚根都朝向珠孔。
胚的子葉也多種多樣，有細長的、扁平的，有的含大量儲藏物質而肥厚呈肉質，如花生、菜豆，也有的成薄薄的片狀如蓖麻。有的子葉與真葉相似，具有鋸齒狀的邊緣，也有的在種子內部呈多次摺疊如棉花，胚將來發育成新的植物體，胚芽發育成植物的莖和葉，胚根發育成植物的根，胚軸發育成連線植物的根和莖的部分，子葉為種子的發育提供營養。
胚乳
由受精極核發育形成。裸子植物胚乳是單倍體的雌配子體，一般都比較發達，多儲藏澱粉或脂肪，也有的含有糊粉粒。胚乳一般為淡黃色，少數為白色，銀杏成熟的種子中胚乳呈綠色。
絕大多數的被子植物在種子發育過程中都有胚乳形成，但在成熟種子中有的種類不具或只具很少的胚乳，這是由於它們的胚乳在發育過程中被胚分解吸收了。一般常把成熟的種子分種子為有胚乳種子和無胚乳種子兩大類。在無胚乳種子中胚很大，胚體各部分，特別是在子葉中儲有大量營養物質。在有胚乳種子中胚與胚乳的大小比例在各類植物中有著很大不同。
不同植物種子中的胚乳的壽命，數量以及儲藏物質的種類都有很大不同。胚乳中最普通的儲藏物質是澱粉、蛋白質和脂肪。還有碳水化合物，如甘露糖和半纖維素可以沉積在細胞壁上，如咖啡、柿子、海棗等就是以這種方式貯存養料。含澱粉的胚乳常常是沒有生命的，如燈心草科、莎草科、禾本科、蓼科、石竹科中含澱粉的胚乳細胞成熟後細胞核退化；而在百合科、石蒜科、萱草屬、蓖麻屬和胡蘿蔔屬中含澱粉的胚乳細胞是有生命的。
一般情況下，在胚和胚乳發育的過程中，胚囊體積不斷地擴大，以致胚囊外的珠心組織受到破壞，最後為胚和胚乳所吸收。所以在成熟的種子中沒有珠心組織。但有些植物在種子發育過程中珠心組織保留下來，並儲藏養料形成外胚乳。菠菜、甜菜、咖啡的成熟種子具有外胚乳。胡椒、姜的成熟種子兼有胚乳和外胚乳。
