法律規定
迄今為止，關於稅收電子文書的法律規定主要體現在《稅收徵收管理法實施細則》之中。該法第30條規定：“稅務機關應當建立、健全納稅人自行申報納稅制度。經稅務機關批准，納稅人、扣繳義務人可以採取郵寄、數據電文方式辦理納稅申報或者報送代扣代繳稅款報告表。”同時第30條第2款規定“數據電文方式，是指稅務機關確定的電話語音、電子數據交換和網路傳輸等電子方式。
效力問題
(一)電子文書法律效力起始時間規定存在缺陷
按照現行稅法規定，納稅人、扣繳義務人以數據電文方式辦理納稅申報的，其申報日期以稅務機關計算機網路系統收到該數據電文的時間為準，與數據電文相對應的紙質申報資料的報送期限由稅務機關確定。這項規定存在兩個方面的缺陷，一是沒有明確納稅人在數據電文以及紙質方式同時採用時電子文書的法律效力，也就是說，在此種情況下，稅務機關以哪種方式作為採信標準。納稅人兩種方式同時採用，有可能導致報送時間和內容上的不一致，如果採信數據電文方式，那么稅務機關對於紙質材料是否還有審核的義務和必要?如果需要審核，出現問題又該如何是好?對問題的糾正實際上等於否定了數據電文的法律效力，二者之間存在著矛盾。二是沒有明確在稅務系統網路出現故障，導致納稅人未依法履行申報義務的法律責任。數據電文方式特別是網路申報方式是建立在系統安全的基礎之上的，但是這僅僅是理論上的假設，因此，必須從法律上明確出現網路故障時的責任主體。按照現行稅法規定來推定，因網路故障致使納稅人的申報資料沒有傳遞到稅務機關的資料庫，稅務機關則視為沒有收到，這種因納稅人自身以外的原因導致的延遲行為由納稅人來承擔顯然有失公平。
(二)稅收電子文書內容的具體確認方法尚無規定
《電子簽名法》規定了電子簽名在電子文書中的法律效力，但同時就電子政務的電子簽名、數據電文的具體辦法進行了授權性的規定，因此，稅收電子文書的電子簽名具體方法的規定權在國務院或者國家稅務總局。目前，國家稅務總局尚沒有就此作出具體的規定，稅收電子文書法律效力的確認方法實際上處於待定的狀態。就稅務系統信息化建設的總體情況而言，由於管理體制、領導體制以及財力、技術條件等方面的不同，各地信息化建設發展上不平衡，業務不規範，國家稅務總局推行的是“金稅工程”，各級稅務機關都在結合自己的實際，開發不同的軟體，採取不同的模式，在稅收電子文書方面也作出了不同的規定。這些規定對於促進稅收工作發揮了重要的作用，但由於這些規定的制定機關，即基層稅務機關並不是電子簽名具體辦法制定的有權機關，因此，目前的稅收信息化建設發展在法制建設上很不完備，許多領域尚處於法律規定缺乏的狀態。
(三)稅收電子文書效力的認定缺乏公正性
電子簽名和電子認證制度的設立都是為了減少網路虛擬所帶來的當事人之間不信任問題。可以說電子簽名主要從解決數據電訊本身的安全，使之不可被否認或篡改的角度入手，更多地體現為一種技術上的保障；而電子認證則主要從交易信用安全、保證交易人的真實可靠方面入手，更多地體現為一種組織制度上的保障。因此，《電子簽名法》規定數據電文的認定要通過法定的認證機構承擔，但是稅務機關目前的稅收電子文書都是由稅務機關來具體認定的，這不符合《電子簽名法》的規定，有引起稅務機關行政恣意的可能性，不利於保護納稅人的利益。而且，《電子簽名法》對於認證機構的規定本身也存在缺陷，對於電子簽名的審查規定不夠全面，沒有規定審查人員的範圍和條件，是個人還是法人；沒有對從業人員的資格條件作出規定，機構應擁有的最小資金限額以及擔保條件。等等。這些最基本的規定的缺乏，使稅收電子文書的法律效力大打折扣，也不利於稅收電子文書的推行和管理。
(四)稅收電子文書的安全性仍需要加強
改進納稅申報方式，實行網上申報等多元化的申報方式，是稅務機關依託信息化條件、加強納稅服務的重要內容。但是目前人們對線上支付、結算以及網上稅務事項處理的安全問題還存在很多的顧慮，由此而引起的網上稅務辦理的相關涉稅資料的安全性也受到懷疑。涉稅資料作為稅務事項的證據，對於涉稅事項的效力具有決定性的作用，而資料安全性的缺乏所引起的直接後果就是涉稅事項的法律效力將無從保證。納稅人擔心，一旦網上的申報事項發生資料丟失等不安全事件，稅務機關有可能憑藉優勢地位把責任推脫在納稅人身上，使其承受不應有的損失。
區別
它與我們通常所說的稅收征管檔案不同，主要區別在四個方面：
一是包含的內容不同。稅收電子文書實際上就是稅收執法中相關法定文書的電子化，而稅收征管檔案既包括稅收電子文書，也包括了稅務機關為便於管理而採用電子化存儲介質使用保存的其他征管資料。
二是使用的範圍不同。稅收電子文書主要是在稅務機關和納稅人之間使用，而電子文書之外的其他征管檔案主要是在稅務機關內部使用。
三是決定力的來源不同。稅收電子文書僅僅是法定文書的電子化，因此，其與相關的紙質文書一樣，是法定的，其他的征管檔案則是稅務機關根據管理需要而意定的。
四是影響力不同。稅收電子文書是對納稅人權利義務的法律記載，是以法律規定的方式來規範或約定納稅人的權利義務，而其他的征管檔案原則上不應因管理需要而影響納稅人的權益，其不具有法律意義上的效力，因此，不屬於本文所探討的稅收電子文書的範圍。
