目標和規劃
伊莉莎白一世英國於1588年格拉沃利訥海戰擊退西班牙無敵艦隊的兩個月後，在英國召開的一次會議開幕詞中，大法官克里斯托弗·哈頓特別指出腓力二世必然不甘失敗而伺機報復。因此要求全國上下必須做好準備。這一說法立即得到了英國上層特別是下議院議員們的高度認同。與此同時，英國得到可靠訊息，回歸西班牙北部港口的無敵艦隊的殘餘艦隻，半數以上收到嚴重損壞，且修復過程緩慢。而港口防禦又十分破舊，實際處於不設防狀態。德雷克認為，如果奇襲這些港口。便可一舉殲滅無敵艦隊的殘餘艦船，達到一勞永逸，使英國贏得戰爭的勝利。為此德雷克與當時和他齊名的約翰·諾里斯一起向伊莉莎白一世推薦了這個方案，經過三周的研究，伊莉莎白一世批准了這個方案。同時大臣們也根據這個方案增加一個目標，即奪取亞速爾群島，徹底封鎖來自西印度群島的西班牙珍寶船隊。另外英國也答應安東尼奧在行動中幫助其恢復葡萄牙王位。
無可懷疑，伊莉莎白和她的大臣們認清了這一點。但是，要完成這樣的任務需要組織一次大規模遠征，除了一支龐大的船隊外，還需要一支陸軍，而對於剛剛結束在英吉利海峽的戰爭的伊莉莎白女王來說，單憑自己的力量是不可能組織起這樣一支隊伍的。因此，這次冒險採取了股份制形式，女王負擔經費的1/3，其餘由這次遠征的陸軍司令約翰·諾里斯爵士、海軍指揮弗朗西斯·德雷克及其朋友和支持者籌集。這樣一來，這次遠征的目的複雜化了。在諾克斯和德雷克看來，摧毀無敵艦隊的殘餘已不足掛齒，重要的是攻占里斯本，幫腓力二世的競爭者安東尼奧登上葡萄牙王位。德雷克在1587年的經歷中，了解到里斯本對於西班牙海上力量的極端重要性，奪取里斯本對西班牙將是致命的打擊。至於遠征投資者中的倫敦和南部商人，戰爭已使他們失去了許多貿易機會，他們希望在葡萄牙和亞速爾建立貿易商站，或者以此為基地進行私掠巡航。這種形勢下，對於伊莉莎白來說，明令取消進攻里斯本的計畫幾乎是不可能的，所能做的只是向諾里斯和德雷克一再強調摧毀無敵艦隊殘餘的重要性。
在1589年2月23日給諾里斯和德雷克的指示中，有三個目的：一是殲滅在西班牙北部2個港口（桑坦德和聖塞瓦斯蒂安）的無敵艦隊殘餘；二是占領里斯本，扶植葡萄牙安東尼奧反叛；三是占領亞速爾，中斷西班牙和美洲的財路。
而其中伊莉莎白明確強調這次遠征只有兩個根本性目的：“其一是摧毀西班牙國王的船隻，其二是占領亞速爾群島中的一些島嶼，以便阻截途經這裡每年去往或來自西、東印度的運送財寶船隊。”在乾任何其它事情之前，諾里斯和德雷克必須“首先摧毀在吉普斯夸、比斯開和其它任何地方的船隻，不論它們屬於西班牙國王還是他的臣民……這一點做到了，你們在他的領土上進行冒險活動的時候，他們就無以阻止你們了；並且，如果你們的船隻完好無損，他們也許就不敢（鑒於你們率領的我們王國的如此龐大的船隻和水兵隊伍在他們海岸）乘你們不在之機企圖進攻我們的王國和我們的愛爾蘭土地了。”從“你們在他的領土上進行冒險活動的時候”這句話看出，女王並沒有禁止進攻里斯本，但是，她明確指示其前提條件是摧毀西班牙船隻。這足以說明她的戰略意識。
遠征過程
里斯本遠征的失敗
德雷克德雷克和諾里斯出發後卻並未按照原定計畫執行，而是按照唐·安東尼奧關於恢復葡萄牙獨立的主張，決定進攻無敵艦隊基地里斯本。攻占里斯本不僅可以獲得巨額的獎金，而且葡萄牙獨立後，封鎖住通往大西洋的航路，就可以卡住腓力二世的喉嚨。德雷克艦隊只有1500名將校和志願參加遠征的上流社會人士，以及大約4000名士兵，在攻占拉科魯尼亞戰役中傷亡和患病的士兵很多。如果葡萄牙人真能吸取上次戰役的經驗，回響安東尼奧的號召，揭竿而起，支援英格蘭軍隊的話，就能輕而易舉地把西班牙占領軍趕出葡萄牙。
因此，德雷克和諾里斯決定避開守備堅固、警戒森嚴的特茹河口，在距離河口約90公里、瀕臨大西洋的港口佩妮謝登入。
羅傑威廉斯和埃塞克斯率領登入部隊占領佩尼謝後，安東尼奧和諾里斯立即隨主力部隊登入，開始向里斯本挺進。德列可則率領艦隊南下開往裡斯本海域，包圍了里斯本不足26公里的卡斯凱什。這樣一來，腹背受敵的里斯本市內立即陷入混亂狀態，驚慌失措的市民們無視總督阿伯特的監督，湧出城外落荒而逃。
從1577年遠征的經驗教訓來看，德雷克非常清楚，溯特茹河攻占里斯本並不是輕而易舉的事情。可以預料，當西班牙人直到德雷克來襲時，必然會增加守軍，加強防衛體系。實際上，里斯本的守軍不足7000人，而且軍心動搖，毫無鬥志，不願為西班牙占領者賣命。為此，阿伯特下了嚴令：凡同情、回響安東尼奧的嫌疑者格殺勿論。
1580年西班牙吞併葡萄牙時，阿爾瓦的部隊就是在卡斯凱什登入，沿特茹河口而上，同登入軍保持密切聯繫，以海陸兩棲作戰的戰術攻占了里斯本。今天諾里斯登入軍必須冒酷暑向內陸縱深進軍，因而病號層出不窮，並且同艦隊的聯絡又非常困難。
安東尼奧過高地估計了葡萄牙民眾對他的信賴，自以為對他的號召會一呼百應。然而朋友們，尤其是貴族們對他並無好感，因為他是國王的庶子，還是熱那亞人的血統。在西班牙總督的嚴密監視下，人們袖手旁觀，注視著事態的發展。由於上述種種原因，支援和參加遠征軍行列的葡萄牙人寥寥無幾，據稱不足200人。
西班牙人避免同英格蘭登入軍交戰，節節退避，直到5月25日，里斯本近郊的倉庫受到威脅的時候，才開始了激烈的反擊。因反擊失敗，西班牙軍隊死傷慘重，只好退入城內，閉門死守。
為了同德雷克的艦隊會師，諾里斯的登入部隊在里斯本城外駐紮了3天。在此期間，幾千名士兵出現了三分之一傷病員，喪失了戰鬥力。加上彈藥缺乏，又無攻城大炮，僅依靠這些兵力實在難以攻克里斯本。倘若沒有艦隊增員，諾里斯也只好把希望寄托在葡萄牙民眾的起義上。其實，那時城內的葡萄牙人也在等待諾里斯攻城。
聖胡利安要塞的40門大炮雄踞特茹河狹窄的河口，使德雷克艦隊望而生畏，不敢貿然溯河而上，他進退維谷，同樣也在等待著葡萄牙人舉義回響。
諾里斯給安東尼奧一天的緩期時間，但等到最後一分鐘時，葡萄牙人終究沒有任何反應。於是5月30日他命令圍城部隊開始撤離里斯本，向卡斯凱什挺進。因為安東尼奧在軍中，諾里斯嚴禁部下燒殺搶掠，從而引起了士兵們強烈不滿。埃塞克斯白白失去了大顯身手、建立功名的良機，惱恨至極。於是他身披鎧甲，頭戴鐵盔，雙腿叉開，挺立在里斯本門前，揮劍猛刺城門，破口大罵以泄胸中之憤。
諾里斯大軍一到，卡斯凱什立即陷落了。再後來的作戰會議上，諾里斯職責並追究了德雷克無視協調作戰的責任。會議不歡而散，毫無結果。
不久又傳來了一個意外的喜訊：漢薩同盟的一支船隊，由於不知爆發戰爭和德雷克艦隊的到來，正在浩浩蕩蕩的向里斯本開來。這支艦隊由各種運輸船編成，滿載著各種貴重軍需品和糧食，逃過了弗羅比舍和比斯頓兩支艦隊的監視，沿著無敵艦隊第一次遠征敗退的航路，繞過英格蘭北部，千里迢迢到達里斯本附近的海域。船隊剛同護航艦隊分手，立刻就被德雷克艦隊俘虜了。這使遠征軍一度消沉的士氣又激昂起來。荷蘭派來的大型平底船基本完成了作戰任務，將遣返回國。不就英格蘭的補給船隊如期趕到，送來女王敦促埃塞克斯立即回國的命令，還帶來了由羅伯特·克魯斯率領的英格蘭新編艦隊在加的斯海域待機的情報。
向亞速爾群島挺進
德雷克艦隊運載著進攻里斯本失敗的軍隊繼續南下，與克魯斯艦隊會師後，由於當時天氣惡劣，無法開往亞速爾群島搜尋西班牙的財寶運輸船，便當機立斷，讓部隊在西班牙西北岸的維哥港登入，占領該城進行劫掠。當時遠征軍中可以參戰的士兵已不足2000名，許多船隻被暴風雨毀壞。於是德雷克決定從中挑選出20艘堅固的艦船繼續遠征，讓正在患病的諾里斯及部隊乘坐其餘船隻回國。
德雷克艦隊向亞速爾群島航行的途中被暴風雨吹得七零八落，旗艦“復仇號”也嚴重進水，經不起長途航行。羅伯特·克魯斯和托馬斯·芬納率領幾艘艦船被吹到南方遙遠的馬德拉群島，他們在聖波多登入，並恣意進行了燒殺搶掠。而最重要的目標財寶船隊卻毫無蹤影。德雷克旗艦“復仇”號也歷經艱辛才回到普利茅斯。這樣，寄託著伊莉莎白女王和國民深切期望的遠征軍，最重要的戰果只有漢薩同盟的60艘運輸船及其運載的貨物，拍賣後共得3萬鎊。
結果及影響
腓力二世關於這次遠征遭受的損失，雖然沒有留下準確的記錄，但陣亡和傷病者約10,000名，占遠征軍的一半。遠征軍損失之慘重是駭人聽聞的。然而也取得了很大的以外戰果預定派往荷蘭的西班牙派遣軍被迫龜縮在國內，而不能按時支付薪餉，導致次年西班牙駐荷蘭派遣軍發生兵變。
如果不為安東尼奧過於樂觀的預測所誘惑，而直接進攻桑坦德和聖塞瓦斯蒂安，徹底破壞無敵艦隊殘餘艦隊和正在建造的蓋倫船的話，就能夠制止以後四次無敵艦隊的遠征。
遠征花費超過160,000鎊，大大超過預計，女王負擔了其中的60,000鎊。遠征的失敗耗盡了伊莉莎白一世執政以來精心恢復的英國財政資源。而這一切幾乎都成為徒勞。女王氣憤地給諾里斯和德雷克寫信：“在離開前，你們曾如此地多次發誓，讓我和部分樞密大臣相信，你們的第一和主要的行動應當是攻擊西班牙海軍和船隻，並把它們消滅在停泊的港口內。你們也曾答應，如果不能這樣做，你們願意被作為叛國者對待。”
伊莉莎白女王為對西班牙宣戰一事長期猶豫不決，舉棋不定。自從擊退無敵艦隊第一次入侵後，才決定把戰爭進行下去。因此，為了消除西班牙對英格蘭的威脅，削弱無敵艦隊的戰鬥力，已成當務之急。然而，德雷克和諾里斯並沒有忠實地遵從女王的訓令，擅自決定進攻里斯本，反而消耗了眾多的兵員，又未獲得重大戰果。英國喪失了能快速贏得戰爭的最佳機會。因此，她對遠征回國的將領十分冷淡，甚至傳令德雷克和諾里斯入宮受訊，要求他們解釋不按女王命令行事的原因。被國民譽為民族英雄，長期深受恩寵的德雷克，以這次失敗為轉機，逐漸失寵和被疏遠了。
與英國形成鮮明對照，西班牙的海上實力在1588年以後反而明顯增強了。1589年7月，腓力二世把60艘戰船（包括大帆船）從桑坦德轉移到克魯納整修。更讓英國人吃驚的是腓力二世通過大力發展造船業復興西班牙海上力量的計畫。他從1589年開始建造一支用於作戰的海軍，其先鋒是20多艘大帆船，其中12艘1000噸以上。這支海軍1591年建成。1589—1598年間，西班牙共建造70艘戰艦，其中大多數是在王家官員的指導和監督下完成的。這還不能讓腓力二世滿足，他理想中的海軍應當完全由王家戰船組成。為了彌補不足，他有計畫地租用武裝商船。這樣，西班牙海軍進入相對輝煌的時期，1596年和1597年腓力二世兩次派出強大的無敵艦隊便是證明。西印度艦隊和美洲防禦也得到改善。無敵艦隊失敗後不到兩年，腓力二世重新組建了美洲運銀船隊，並調用一支新的戰船隊伍護航。1586年，他派軍事專家胡安·德·泰克斯達和著名的義大利工程師巴蒂斯塔·安托恩利前往加勒比考察。結果，前者留在西印度成為哈瓦那的總督。後者於1587年回到西班牙，起草了防禦加勒比的綜合性計畫。該計畫得到腓力二世肯定。此後幾年,一些重要港口——如哈瓦那、德·烏魯阿、波多黎各、新建立起來的波托貝洛——的防禦工事建設進展迅速。同時，正規的衛戍軍得到建立或加強，海岸防衛艦隊得以改善。這些措施又保證了美洲金銀源源不斷地流入西班牙，增強了其財政力量。
