遠古至漢代（--公元220年）
根據最新的考古發掘，福州的新石器文化可追溯到公元前5000年的平潭殼丘頭文化與公元前3000年的閩侯的曇石山文化。到了新石器時代晚期，該地區的原始居民開始進行鋤耕農業，並種植了水稻。大約在公元前1200年左右，即中原的商代，福州地區開始進入青銅器時代，這一時期的文化遺址多分布在閩江下游，彼時當地的青銅冶煉技術較為落後，而陶器仍占主要地位。一直到戰國時期，福州地區乃至整個福建和中原的交流都極為有限，同時代的中原史籍僅有《山海經》中的“閩在海中”以及《周禮》的“七閩”這樣模糊的記載。到了春秋戰國以後，開始出現“閩越”的稱呼。這一時期，福州的居民乃是古閩人，但也有人認為，此時的居民就是閩越人。
公元前306年越國被楚國滅亡後，一部分越國貴族南逃至閩地，與當地居民融合。公元前222年，秦朝統一天下後在閩設閩中郡，即今日的福州地區，統治範圍包括的福建省及浙江省南部地區，由於地理位置距離秦朝首都遙遠，因此閩中郡只是虛設，秦朝中央政府並未向當地派駐軍隊以及徵稅，只是將原來統治閩中的閩越王降級為君長，實際上該地區仍由閩越王無諸實行“自治”。公元前202年，劉邦統一全國後立閩越貴族無諸為閩越王，繼續管轄原閩越地。無諸就在屏山東南麓冶山一帶築城建都，稱冶城，又稱東冶，為福州城垣之始，福州也在歷史上第一次成為閩地的首府。此後閩越社會經濟文化迅速發展，直至公元前111年（元鼎六年），閩越國因閩越王余善謀反自立後被漢武帝所滅，於公元前110年閩越國被廢除，閩越人被強制北遷到江淮一帶，大部分閩越族消亡，冶城衰落。到了公元前85年（始元二年）閩越地區逃亡山林的閩越人復出，重建家園，漢朝中央政府在此設立冶縣，縣治在今福州鼓樓區，隸屬會稽郡（另有觀點認為此冶縣為閩越人自行設立，仍然屬於地方自治性質，此外對於冶縣的所在地也有觀點認為是位於福建省建甌市）。
從閩越國滅亡到東吳政權建立之前這段時期，是福州歷史的荒涼期，關於福州的記載極少，考古發掘表明此時福州乃至福建的人口都相當稀少。漢朝，福州地區擺脫了貨物直接交換的原始交易方式，漢代五銖錢等金屬貨幣已在福州流通。此外在漢朝，福州還是中國東南沿海的一個港口，與交趾七郡（現越南北部）之間有海路互通，交趾進貢的貨品經這條海路運至福州港，再轉運到江蘇沛縣以及山東登萊，最後經陸路運至京都洛陽，這條海路一直維持到東漢建初八年（公元83年）另闢陸路後逐漸衰弱，福州失去海運轉運功能。
東漢末期，中央政府控制力減弱，各地軍閥割據混戰，公元196年（建安元年）孫策發兵攻打會稽太守王朗，王朗戰敗沿海路逃往東冶（今福州），侯官長商升拒絕王朗進城，虞翻前去遊說後接納王朗而且共同起兵對抗孫策。孫策派韓晏前往福州攻打商升，韓晏戰敗。孫策又派賀齊攻打商升，商升害怕賀齊的威望出城投降，但商升的下屬張雅和詹強殺死商升對抗東吳。後張雅與女婿何雄內斗，福州內亂，賀齊出兵一舉攻下福州，自此福州被納入東吳勢力範圍。
六朝時期（公元220年--公元581年）
福州在東吳政權的統治下，時有起兵反叛，公元207-公元208年（建安十二至十三年）福州人呂合與秦狼起兵反叛，孫權派呂岱和蔣欽前來討伐，平定叛亂。公元235年（嘉禾四年）福州人隨春起義，孫權剛派呂岱發兵討伐，隨春就投降東吳。三國時期，福州成為東吳的造船中心之一。西晉於282年（太康三年）設晉安郡，郡治在原豐縣（即今福州）。晉安郡第一位太守嚴高修築了福州子城，開鑿福州東西二湖以及運河（即今天的晉安河），形成早期的福州城市格局，也奠定了後世福州城的雛形。福州子城向北延伸至屏山腳下，寬232步，有5座城門，外圍是護城河，這一格局維持了600多年。308年（永嘉二年）。中原發生五胡亂華事變，北方遊牧民族進攻西晉，引發了漢人向中國南方的移民，部分漢人移民入閩，是為“八姓入閩”，這是歷史上第一次大規模的漢人入閩移民潮，晉安郡成為入閩移民的重要定居地。6世紀中葉南朝梁朝侯景之亂時期，又形成了一波流向福州的漢人移民。梁末，晉安本地豪強陳寶應仗勢取得了太守職位，致力發展晉安郡，陳朝時，他又被封為閩州刺史。562年（天嘉三年），陳寶應起兵反陳，但於563年被陳霸先擊敗並處死刑，陳朝控制了閩中，福州的地方割據終止了。
六朝時期，福州地區得到了初步開發，有了較大規模的漢人移民湧入，城市逐漸發展起來，手工業也逐漸興盛，南台島的懷安窯就建於這個時期，佛教也於晉代傳入。
隋唐五代（公元581年--公元960年）
隋唐五代是福州族群語言文化的形成時期。。隋唐時期，福建的政治和經濟中心從閩北轉移到了閩江下游的福州一帶。725年（唐開元十三年），因州西北的福山，原閩州改名為福州，福州的名稱由此開始。除了經濟上長足的發展之外，唐代成為了福州文化發展的轉折點，多任地方官員致力於宣揚文教，8世紀（中唐）的李椅、常袞是推動福州文教的重要人物，常袞更被尊為“興閩文學之聖人”。在此背景下，福州科舉漸盛。福州歷史上的第一位進士是貞元十年（794年）中舉的閩縣的陳通方。中晚唐時期，隨著中原持續的動盪，北方漢人持續移民入閩。879年，南下的黃巢軍隊攻占了福州城，在進行了屠殺之後又往廣東方向進發。此後福建觀察使鄭鎰擴建福州子城，以磚貼城，這可能是中國歷史上第一座磚城。884年（中和四年），福建豪強陳岩占領福州，成為福建觀察使，開始著手恢復福州一帶的社會秩序。
892年（景福元年）三月，當時已占據泉州的王潮、王審知的光、壽州部隊開始進攻福州的范暉勢力，經過將近一年的圍城，光壽軍占領了福州，王潮成為了福建觀察使留後，並以福州為據點統一了福建，開創了王閩政權。898年（乾寧四年）王潮去世後，王審知受唐冊封為琅琊王。901年，王審知築羅城40里，將子城和老城囊括其中，烏山、于山、屏山也被圈入城內，城內民居逐段以高牆隔開，漸形成“三坊七巷”布局雛形，907年又增築南北月城（夾城）。909年（開平三年），王審知受後梁封為閩王，閩國正式建立，福州成為閩國都城。933年閩王王延鈞稱帝，一度升福州為長樂府。945年閩國滅亡於南唐後，李弘義割據福州於南唐對抗，直至947年吳越控制了福州。吳越對福州的統治一直持續到978年北宋吞併吳越、占領福州為止。得益於閩國前期的安定發展，福州城在五代非常繁榮。到了閩國後期，王延翰、王延鈞、王繼鵬相繼花巨資，在福州興建了大規模的宮殿群。這一時期福州還興建了許多佛教寺廟，中國南方現存最早的木構建築—華林寺大殿就建於這一時期。由於閩國中後期王室內亂，福州也遭受了諸多動亂和戰爭。閩國滅亡後，李仁達自945年起據守福州2年，947年，吳越國借出兵解南唐對福州之圍的時機占領福州，直至978年（宋太平興國三年）被納入宋朝版圖。
福州的畲族在唐代開始遷入福州境內。758年（乾元元年），福州畲族的先民從廣東潮州鳳凰山經漳州進入福州郊外以及羅源和連江兩縣的山區，主要從事農業。往後數百年間，其中部分畲民又陸續由上述地區前往福州其他縣邑以及寧德地區和浙江南部。
宋至元（公元960年--公元1368年）
宋代是福建歷史的黃金時代，經濟大規模增長，人口大幅增加，文化教育也達到一個高峰。福州人口由北宋初年（980年左右）的94475戶增長到北宋末年（1102年）的211552戶，超越泉州成為福建人口最多的府，也是宋朝六大城市之一。974年，刺史錢昱在原福州子城的基礎上進行了擴展，增築東南夾城，是為“外城”，並建有敵樓。到了1069年，程師孟又就子城舊址加以修復和擴展；同時疏浚護城壕，並架橋12座。1044年蔡襄任福州知州期間大興水利。1065年，福州太守張伯玉推廣編戶植榕制度，福州遍植榕樹，“榕城”之名由此而來。福州的城市內河水網體系也在宋代形成。文化上，福州曾是朱熹講學的所在，儒學重鎮。1063年（嘉祐八年），許將成為福州歷史上第一個狀元。兩宋時期，福州一共出了文狀元10名，武狀元11名（若加上恩科狀元，則有文狀元18名，武狀元12名），進士2247名，是全國的文教名城。
1276年，蒙古軍隊攻占南宋首都臨安。五月初一，文天祥、陸秀夫等人扶持出逃福建的益王趙昰為皇帝，定行都於福州，改年號景炎，升福州為福安府，行宮在福州濂浦平山福地。福州的行都地位維持了6個多月，十一月，元將阿刺罕、董文炳侵福安府（福州），十一月十五日，陳宜中、張世傑、陸秀夫擁端宗趙昰撤出行都福州從海路南逃，福州被元朝軍隊攻占。元代的福建首府在福州與泉州之間多次更替，福州儘管也是海外貿易的重要港口，但地位遠不如泉州。1322年（至正二年），跨閩江的萬壽橋建成。元末時，福州也受到亦思巴奚戰亂一定的影響，直到陳友定平定戰亂才漸趨安定。1368年（洪武元年）十二月，朱元璋派湯和、廖永忠率舟師從閩江口挺進南台（今台江），在南門外擊敗陳友定率領的元軍，隨後占領福州。
明至清中葉（公元1368年--公元1840年）
從明代起，福州一直是福建的首府。1368年（洪武元年），明朝設福州府，1371年重建福州城垣。明初因為倭患等原因開始實行海禁，嚴重影響了福州的海外貿易以及沿海的許多縣份的生產。1396年，琉球遣使來貢，明朝派福州舟工、通譯等36姓前往琉球。鄭和下西洋期間，福州又成為鄭和船隊的補給港，艦隊七次停泊於福州港（長樂太平港）。此後福州的海外貿易逐漸復甦，1472年，明朝福州設柔遠驛，接待琉球國進貢船舶及其使者、商人。隨著福州海外貿易的復甦，1474年，福建市舶司由泉州遷至福州，福州前往東南亞的移民也漸盛。嘉靖年間（16世紀中葉），福州府受倭寇困擾，周邊縣份多次被洗劫，福州城也四度被圍攻。經過戚繼光的討伐，倭患漸漸消除。1624年底，艾儒略隨葉向高來到福州，開始在榕傳播天主教，並於1625年協助在宮巷建造了福州福州第一座天主教堂——三山堂。1645年，明唐王朱聿鍵在在南安伯鄭芝龍、巡撫都御史張肯堂與禮部尚書黃道周等人擁護下，於福州稱帝，改元隆武，改福州為天興府，號福京，作為南明政權首都。1646年，清軍攻占福州，隆武帝政權失敗，天興府復名福州府。
清朝初年，福州一度成為鄭成功與清軍拉鋸戰的所在。1660年，三藩的靖南王耿繼茂從廣州移駐福州，1674年，其子耿精忠起兵反清。1676年，耿精忠降清，清朝重新控制福州。1661年起，清政府實行海禁、遷界政策，以武力強迫羅源、連江、長樂、福清等縣的數萬沿海居民內遷，違抗者遭到屠殺，致使田地荒廢。遷界令直至1682年開始逐漸廢止。明清兩代和平的社會環境促使福州城再次大規模發展，在海外貿易方面，福州的主要貿易對象是琉球和日本，在琉球和日本的華僑多來自福州府。茶葉成為福州重要的外貿商品，英國和俄國則是最大的出口對象，福州一度成為世界最重要的茶葉出口港之一。
晚清時期（公元1840年--公元1912年）
晚清時期是福州歷史的又一個黃金期。1842年，清朝在輸掉了鴉片戰爭之後，與英國簽訂南京條約，開放五口通商，五口之中的福州成為中國最早開埠的城市之一，開始了現代化的進程。1844年，福州正式開埠，英國駐福州首任領事李太郭（G.T. Lay）在城內設領事館的計畫因遭福州民眾反對，遂於翌年在倉山樂群路建立英國領事館。此後先後有17個國家在福州設領事館。。福州開埠後，台江地區沿江和上、下杭一帶成為福建大宗進出口貨物集散地，商行雲集，茶葉出口成為大宗，占到中國茶葉出口的35%。1844年十月，英國商人記連在台江橫山開設第一所英人辦的洋行。民營的食品、火柴、紡織等企業與官營的軍火、造船等企業相繼開辦。
基督教也重新在福州開始傳播，並開始辦學辦報。1847年，新教傳教士開始在福州活動，並建立教堂，天主教也正式恢復在福州的活動。1853年，公理會在福州開辦了第一所教會中學和第一所女學堂。1874年，美以美會在福州創辦了第一份中文報紙《郇山使者報》，黃乃裳為主筆，同年中國第一份兒童刊物，綜合性洋式刊物《小孩月報》（Child's Paper）在福州創辦。儘管福州的基督教傳播迅速，但教會與當地的非教徒仍不時發生摩擦，1878年還爆發了烏石山教案。
洋務運動興起後，1866年（同治五年），清政府在馬尾設立了福建船政局（後改福州船政局），沈葆楨總理船政大臣，主持福建船政，同年在馬尾開設福建船政學堂，福州成為了中國近代海軍的搖籃，此後直到民國前期，中國海軍幾乎都由福州籍軍官把持。1875年，丁日昌主持福州船政，開始派遣船政學堂學生前往英、法學習機械及製造工業。1884年中法戰爭期間，在福州馬尾港發生了馬江海戰，福建水師全軍復沒，清朝不得不在福州河道上布水雷以防敵。1888年一月二十九日，中國第一艘鋼甲軍艦“應威”號在馬尾建成下水。晚清時期福州的現代化程度在中國城市中較為領先，福州第一條電報線鋪設於1876年，而最早的自來水系統則於1879年出現在倉山區，1900年，福州地區首次引入電力，用於閩清縣的教會醫院和中學，1909年福州的第一家私營電燈公司成立後，電力開始取代煤油為路燈等公共照明設施提供能源。
1906年二月，中國同盟會福建支會(簡稱福建同盟會)在梅塢頂橋南公益社成立，鄭祖蔭任會長，林斯琛為主監人，負責指揮福建的革命運動。清朝立憲運動後，福建省咨議局於1909年開幕，同時同盟會也在加緊運動。1911年十一月五日，新軍的孫道仁加入同盟會，十一月九日，福建同盟會宣布福州光復起義，革命軍攻取于山及督署，清兵投降，閩浙總督松壽在福州自殺，同盟會占領福州，成立了福建軍政府。
晚清時期，福州人開始了新的一波移民東南亞的熱潮，主要移出地在閩清、古田、福清等縣邑，主要移民地包括了馬來西亞、印度尼西亞、新加坡和汶萊等地，其中前往砂拉越詩巫的移民是由黃乃裳所帶領，詩巫則在後來成為東南亞較大的一個福州人聚居城市，前往馬來半島實兆遠的移民也帶有明顯的基督教背景。
民國時期（公元1912年--公元1949年）
1913年二次革命期間，7月20日，福建都督孫道仁宣布福建獨立，但在8月9日又取消獨立並向袁世凱請罪，北洋政府隨即派海軍總長劉冠雄任福建都督，率北洋軍李厚基旅進入福建，李厚基隨後成為福建鎮守使。此後，李厚基排擠了多任的福建民政長官，獨攬軍政大權。1919年，在福州的日本人和台灣浪人和福州市民發生衝突，釀成“台江事件”，直到1920年底，日本政府終於就此致歉並賠償造成的損失。1922年10月12日，孫中山領導下的粵軍許崇智部隊聯合王永泉趕走李厚基，福州各界推選王永泉為福建總司令，林森為福建省長。1923年，王永泉發動“倒林擁薩”政潮，林森離任，薩鎮冰就任福建省長。直系軍閥孫傳芳遂於同年進入福建，任福建軍務督理，占據福州。1924年，孫傳芳驅逐王永泉後，又北上浙江，其部屬周萌人占據福州，福建形成軍閥混戰局面，而福州沿海各縣由海軍系楊砥中、楊化昭割據。1926年12月13日，北伐軍進入福州，結束了福州的軍閥統治。1930年1月6日，駐閩陸軍第五十二師師長盧興邦在福州綁架福建省政府委員林知淵、陳乃元、許顯時、程時煃、鄭寶菁及水上公安局長吳澍6人，時稱“一六政變”。蔣介石從永定調五十六師劉和鼎往福州討伐盧興邦，盧被驅逐至閩北。
1933年11月20日，十九路軍的陳銘樞、蔣光鼐、蔡廷鍇等聯合國民黨內李濟深等一部分反蔣勢力發動福建事變（閩變），在福州召開萬人大會，宣布成立中華共和國人民革命政府，定首都於福州，並在福州成立特別市，直轄於中華共和國中央政府，而原屬福州的各縣則由閩海省管轄。蔣介石隨即率軍進攻福建，1934年1月，十九路軍在南平到古田一線潰敗，導致通往福州的門戶大開，中華共和國中央政要遂於1月13日飛離福州，中華共和國的人民革命軍（即19路軍）也於1月15日完全撤離福州南逃至閩南，南京國民政府的中央軍在1934年1月16日占領福州，閩變失敗。1937年抗日戰爭爆發後，日本僑民全數撤離福州。戰爭期間，日軍多次空襲福州，並於1941年4月21日至1941年9月3日以及1944年10月4日至1945年5月18日期間兩度占領福州。1946年，福州設市。國共內戰期間，1949年8月，解放軍開始進攻福州，並於8月17日占領了福州城。
中華人民共和國時期（公元1949年--）
中華人民共和國建立後，福州市政府開始實施社會改革。福州的私立學校和教會學校被取消併合並於新成立的公立學校，許多教會組織也被取締。1951年福州開展了三反五反運動。1950年代起，私有企業開始公私合營，並最終完全公營。由於地處對台前線，1950年代初，福州地區一度成為國共雙方空戰和宣傳戰的陣地。1966年5月，文化大革命在福州開始，福州的第一個紅衛兵組織“東海前線紅衛兵”於8月成立，福州政局的動盪由此開始，傳統文化也遭到不同程度的破壞，1967年還發生了數起大規模武鬥。到了1969年1月，福州知識青年的上山下鄉運動開始。1978年4月，福州開始對文革中受迫害的人士進行平反。1980年3月30日，中國國務院批准福州實行對外開放，福州成為沿海開放城市。1981年，福日電視機有限公司創辦於福州，成為中國第一家中日合資企業。1985年1月23日，國務院批准在馬尾興辦福州經濟技術開發區。隨著海峽兩岸關係的緩和，從1979年起，福州與台灣開始恢復民間接觸。1990年代，福州經濟加速發展。2004年，福建省提出了海峽西岸經濟區的概念，並於2009年5月得到中國國務院支持，福州市作為該經濟區內重要的中心城市，其經濟得到進一步的推動。
1970年代起，因中國政治局勢變化而中斷的福州人海外移民又逐漸重啟，這一波移民潮主要指向了北美的美國、加拿大與日本、歐洲等地。新的福州移民社區也紛紛在海外建立，福州族群成了華人新移民中最大的群體之一。
