劇情簡介
第五季開始講述了一個比較完整的主線劇情和目的性，前幾季劇集之間關聯性不是很強，每一集可以當做一個單獨的故事看。
角色介紹
The Eleventh
11th第十一任博士第一次出現在特別篇《時之終結》的最後一分鐘時，然後在《第十一小時 11th》中他第一次見到艾米，並調查牆上的一個神秘裂縫。然後艾米在她的結婚前夕，同意加入博士的旅行。而後博士也選擇了第二個同伴羅利。在第六季博士獲悉，艾米和羅利的孩子長大後會成為River Song，並在結婚儀式上阻止了博士的死亡，以防止世界崩潰。第十一任被描繪成一個充滿活力，童心活潑的靈魂，擁有傲慢的脾氣，性急但富有同情心的人。第十一任聲稱他是“一個愚蠢的自私的人”，甚至說，宇宙中沒有人恨他，他恨自己。儘管他的自我厭惡，或許正因為如此，博士願意犧牲自己，如果需要的話。River曾表示，博士總是領先一步，心中始終有一個計畫。
•Amy Pond 艾米·龐德
神秘博士第五季作為一個7歲的女孩生活里，艾米只有她的姑姑，當第十一任到她家後院的那個晚上， amy的一切改變了。艾米請求他調查一個在她牆上不尋常的裂紋。第十一任承諾艾米在五分鐘內他將返回，但是無意中第十一任遲到了十二年，但是最後艾米還是在結婚前夕跟著博士旅行了。在她的身上能看到各種優秀的品質，獨立主見，勇敢堅定，常常能給博士帶來驚奇。在旅行中她經歷了無數的危險，她的丈夫是青梅竹馬的Rory Williams，女兒是日後拯救博士並成為博士妻子的River Song。
目錄
| 序號 | 英文名稱 | 大陸譯名 |
| 501 | The Eleventh Hour | 危急時刻 |
| 502 | The Beast Below | 在下之獸 |
| 503 | Victory Of The Daleks | 戴立克的勝利 |
| 504 | Time of Angels | 天使時代 |
| 505 | Flesh & Stone | 肉與石 |
| 506 | Vampires of Venice | 威尼斯的吸血鬼 |
| 507 | Amy's Choice | 艾米的選擇 |
| 508 | The Hungry Earth | 饑渴之土 |
| 509 | Cold Blood | 冷血 |
| 510 | Vincent & The Doctor | 梵谷與博士 |
| 511 | The Lodger | 房客 |
| 512 | The Pandorica Opens | 潘多拉魔盒 |
| 513 | The Big Bang | 宇宙大爆炸 |
劇情簡要
01
塔迪斯 降落在地球上的一個叫 Leadworth 的小村落，剛剛重生完的搏士在此與童年 艾米·龐德相遇，並與一隻滿面卷鬢的怪物 Atraxi交涉。艾米請求他調查一個在她牆上不尋常的裂紋。博士承諾艾米在五分鐘內他將返回，但是無意中博士遲到了十二年。首集第十一小時將會是一個六十分鐘的特輯！
02
神秘博士 第五季29世紀的地球，太陽耀斑炙烤著地球，人類無法生存，於是製造了星艦漂浮在宇宙中，英格蘭的星艦卻是在通過刺激宇宙中最後一隻星鯨的大腦在飛行。最後艾米發現人類不必那樣做，它是聽到了孩子的召喚自願為人類服務的。
03
第二次世界大戰期間，殘餘的戴立克利用博士無意中說出的證詞激活元祖儀產生了新一代戴立克，他們一共有五個，每個都有不同的顏色。
04
51世紀，River,博士和艾米發現了最後一尊哭泣的天使，就在要毀滅他時，發現他藏在了一堆雕像中。
05
接上集，在搜尋雕像時，博士發現原來雕像不只一個，而這些全是天使雕像，只是他們很久沒有進食快要死了，所以其中一個雕像才會去製造意外，讓其他雕像甦醒。而這時時間裂縫也打開了，而裂縫產生的時間卻是艾米結婚的那天。博士帶上羅利同行。
06
saturnyne星人在時間裂縫即將吞併星球時，利用時間裂縫逃到了1580年的威尼斯，並打算改造威尼斯和人類，重建種族。
07
博士一行被夢之領主噩夢之子控制在了夢中，使博士分不清什麼是現實什麼才是夢境，而博士在夢中和現實中都會遇到危險。最後艾米和博士做出選擇，成功逃脫了。
08
2020年地球的某處人們在向下鑽探，當鑽探到21萬千米時意外發生了，土地開始吞食人類，而艾米也被土地吞食了。
09
其實，在地下還活著一個更古老的種族，他們正要進攻地上的人類，在博士百般努力下，即將達成協定時，卻被地下民族發現他們的同胞被殺害了。
10
有一隻名叫krafayis的宇宙生物掉落在梵谷所生活的時代，於是發生了博士與梵谷一起消滅怪物的一幕。
11
博士被塔迪斯留在了essex郡的colchester鎮，而塔迪斯帶著艾米走了。只因為有一艘外星飛船在尋找合適的駕駛員，使塔迪斯不能降落。博士和一個叫克雷格的人消滅了飛船。
12
梵谷在臨死前作畫要傳達給博士一些信息，此畫經過邱吉爾、River Song終於到達了博士手中，此畫預言了塔迪斯的毀滅。
13
接上集，博士一行找到了潘多拉，這時博士的所有敵人都到了，在潘多拉打開的時候，博士發現這個潘多拉是博士的身邊的人聯合一起製造的陷阱，據他們所說，他們發現多元宇宙和時間的毀滅證據全都指向博士和他的塔迪斯。
特別篇
——聖誕頌歌 艾米和羅利出現在一艘發生故障的客運飛船上，飛船急需在一顆略顯奇怪的行星上迫降，但是星球特殊的大氣環境不容樂觀，原來星球上的富翁Sardick可以通過一個與其同構的機器控制了天空，博士受託前往富翁所住的城堡求助，這個自私的城堡主卻不想幫忙，於是博士回到了Sardick的幼年......
主要看點
人物
第十任帥氣的Doctor經過第二，三，四季的表現給人們留下了深刻的印象，劇組重新挑選的第十一任博士和他的女伴是否能給影迷們帶來驚喜
影評
每一次重生後的博士都有自己獨立的性格
首先是與女伴的關係
11th博士和Amy 與前兩季10th和Rose，Martha，Donna的關係不同，首先10th的女伴都是誤打誤撞就結伴的，後來展開了冒險，在冒險途中建立了感情。而11th是主動去尋找Amy的，在Doctor重啟宇宙的時候他也說"Amy Pond,the girl who waited all night in your garden,was it worth it?you ask why i was taking you with me and i said no reason,i was lying,"it is not impirtant" no,it is the most important thing left in the universe so why i am doing this,amy, your house is too big,that big and empty house........"可見Doctor是主動去找Amy的，似乎兩個人認識了一輩子，或者更確切一點，Amy認識了Doctor一輩子，在後面的情節當中，Amy表現出來了她的勇敢，感性，和性感成熟的一面，兩個人之間的關係似乎是親情一般，例如第六季 doctor赴死的時候 說過一句話"I didnt say i wouldnt die,but i dont mean to die alone"而他選擇陪伴他的人就是Amy，第六季聖誕節特別版里11th在聖誕節的時候回到Amy的家，離開兩年後，兩人還是熱情擁抱，Amy邀請他吃聖誕晚餐，Doctor 問你不知道我會回來，你為什麼給我留了個位置，回答是"Oh,we always did"，在第六季開頭，Doctor拒絕去1969年，問憑什麼要聽你們的時候，Amy對他說"Believe me"，Doctor就同意了 並且說"My life is all on your hands,Amy Pond" 而事實上 Amy的確是Doctor的岳母。。
其次是主線劇情
這一季提到了許多主線（或許唯一沒有涉及的就是The Master），包括The silence，Dalek，Syberman，timewar，Tardis的靈魂（Matrix），時間裂縫，宇宙的終極問題（Doctor who？）以及Doctor的死，每一次提及的深度可能沒有第四季的高但是這些主線都指向一個目的，貫穿整部，那就是Doctor的死，這個謎底也將在由11th 和Amy主演的 神秘博士中揭開
另外還有條非主線劇情也十分受到好評，觸動了很多人。在S5的EP10中，文森特梵谷被博士帶到2010年的博物館，梵谷看到了自己在自己的時代被嘲笑的畫作展示出來，並受到博物館教授的高度評價。情節十分動人，讓不少影迷潸然淚下。
總的來說，這一部可圈可點的還是很多，為經典之作第六季作了鋪墊
