電影劇情
據說基拉祈只有一千年才會醒來一次，吸收千年彗星的力量，反哺給大地，從而使得法恩斯成為欣欣向榮的聖地。但就在這次甦醒前夕，魔術師巴特勒與他的女友兼助手黛安，將包裹基拉祈的結晶發掘並從法恩斯帶走。
法恩斯為了觀看千年彗星出現的那一瞬間，小智一行人前往將舉辦千年彗星慶典的遊樂場。當他們跑到指南上所描述的地點時，卻失望地發現這裡是一片荒涼的空地。由於天色已晚，他們便在這裡吃晚飯，並決定在此露營過夜。深夜，當大家都在睡夢中時，一群車隊從山的那頭駛過來，驚醒了小智一行人。在遊樂場的小市上，小遙買下了一款掛飾“圓夢之星”，據說，在可以看見千年彗星的七天之間，每天晚上都默念願望，折入一個星星的角，等第七個夜晚結束的時候願望必定會達成。小智和小勝意外成為了魔術師巴特勒的幸運觀眾（因為小勝聽到了黛安手中結晶發出聲音而跑向舞台）。巴特勒告知小勝是吉拉祈發出了聲音，隨後將結晶託付給了小勝。在遠方一片森林深處，岩石發出了綠光，這些綠光聚集到小勝眼前的結晶。結晶的光芒愈加耀眼，它漂浮到空中，在白色的光輝中伸展出許多白色線條，同時慢慢變形。待白光褪去，結晶已經變成了基拉祈。希望基拉祈真的能實現願望，小勝向基拉祈許願，希望得到糖果，糖果隨即出現——但事實上基拉祈僅僅使用了瞬間轉移從小市搬來了糖果，並沒有創造它們。
小智一行與千年彗星巴特勒的野心隨即揭曉：他本是岩漿團的成員，致力於復活超古代神奇寶貝固拉多。他研發出了完美的系統，但無法找到足夠的能源支持；為此，他企圖利用基拉祈吸收的能量來滿足自己的目的。預見了潛在危險的阿勃梭魯——其出現往往昭示著災難——帶領黛安和小智一行啟程趕回法恩斯。在基拉祈回歸沉睡的前一天，小勝為即將失去一位朋友而感到失落，所以小智講述了自己的朋友之一——小霞的故事，並說即便二人再難見面，但二人的友誼長存。在一行人趕到之前，巴特勒追趕而至，奪走了基拉祈並嘗試獲取能量。巴特勒的計畫實施後，一隻假固拉多被創造出來，後者開始將法恩斯化為荒蕪，殺死了身周的植物，並不斷吸收所有活著的生物。當戴安被假固拉多吞沒之時，巴特勒終於認識到二人的感情才是最重要的，在小智與小勝的幫助之下，巴特勒終止了進程，假固拉多融化並最終消逝。
基拉祈重新吸收了創造出固拉多的能量，並陷入了千年沉睡。小遙因為過度興奮，忘記了折入最後一個星星的角。儘管小遙從未表明自己的願望，她堅信這願望定會成真 。
演職員表
演員表
| 角色 | 演員 | 備註 |
| 松本梨香 | 小智 | 配音 Veronica Taylor |
| 大谷育江 | 皮卡丘 | 配音 大谷育江 |
| KAORI | 小遙 | 配音 Veronica Taylor |
| 上田祐司 | 小剛 | 配音 Eric Stuart |
| 山田ふしぎ | 小勝 | 配音 Amy Birnbaum |
| 山寺宏一 | 巴特勒 | 配音 Wayne Grayson |
| 牧瀨里穗 | 黛安 | 配音 Megan Hollingshead |
| 鈴木富子 | 基拉祈 | 配音 Kerry Williams |
| 林原惠 | 武藏 | 配音 Rachael Lillis |
| 三木真一郎 | 小次郎 | 配音 Eric Stuart |
| 犬山犬子 | 喵喵 | 配音 Addie Blaustein |
職員表
| 出品人 | 吉川兆二 |
| 製作人 | 小板橋司 |
| 監製 | 石原恆和 |
| 原著 | 田尻智 |
| 導演 | 湯山邦彥 |
| 副導演（助理） | 村田和也 |
| 編劇 | 園田英樹 |
| 配樂 | 宮崎慎二 |
| 剪輯 | 辺見俊夫 |
| 選角導演 | 吉田理保子 |
| 美術設計 | 秋葉みのる |
| 錄音 | 中野顕彰 |
| 發行 | 東寶 |
角色介紹
| 小智（サトシ） 配音演員：松本梨香 《神奇寶貝》動畫全系列主角，年齡約10歲，出身於真新鎮，是個朝氣蓬勃、熱愛神奇寶貝的少年。以神奇寶貝大師為目標持續旅行的他，雖然技術還不是很成熟，但是隨著經驗增加而逐漸進步。 |  小智 |
| 皮卡丘（ピカチュウ） 配音演員：大谷育江 小智的神奇寶貝。擁有比其它皮卡丘更強大的電力，因而成為了火箭隊的目標；它不喜歡呆在神奇寶貝球里，是小智因為領取初始神奇寶貝時遲到而命運的邂逅。拒絕進化，深信不進化也能戰勝自己的進化型——雷丘。 |  皮卡丘 |
| 小遙（ハルカ） 配音演員：鈴木香織 年齡約10歲。父親是豐緣地區橙華道館的訓練家千里，為了成為獨立的神奇寶貝訓練家而展開旅程，雖然剛滿10歲訓練年齡，但是還是得拿一隻神奇寶貝做修行，老實說她幾乎對神奇寶貝一竅不通，所以有時也會鬧出笑話來。因最心愛的越野腳踏車被小智的皮卡丘的強大電擊燒焦而一起同行。個性開朗，但有時很糊塗。後來決定挑戰華麗大賽，以大型慶典和頂尖協調訓練家為目標旅行。 |  小遙 |
| 小剛（タケシ） 配音演員：上田祐司 主角，曾是尼比市的道館訓練家。他與小智打完道場賽後次與小智一起旅行。從尼比市出發時，目標是神奇寶貝飼育家。他很擅長家務和料理，而且比其他人更了解神奇寶貝的知識。小剛很迷戀年齡比他大的大姐姐，不過每次都被拒絕，經常會在求愛的時候被小霞揪著耳朵拖走。在神奧聯盟後的一次事件令他改變志向，令他立志成為神奇寶貝醫生。 |  小剛 |
| 小勝（マサト） 配音演員：山田ふしぎ 主角。小遙的弟弟，7歲，持有神奇寶貝領航員的人。喜歡神奇寶貝，了解很多專業知識。但是說話也很不客氣。有時會指導姐姐小遙，但也常被小遙和她的神奇寶貝給修理一頓。很注意小剛照顧神奇寶貝的方式和方法。夢想是成為像父親一樣傑出的道館訓練家。 |  小遙 |
| 基拉祈（ジラーチ） 配音演員：鈴木富子 基拉祈每1000年甦醒一次，它會在聽到純潔的歌聲後從千年的沉睡中醒來。它擁有可以實現任何願望的能力，許願者要讓基拉祈腹部的“真實之眼”睜開，然後看著第三隻眼許下願望。在基拉祈的頭上貼有顯示願望的“許願箋”。 |  基拉祈 |
| 黛安（ダイアン） 配音演員：牧瀨里穗 巴特勒的青梅竹馬、助手。兒時的二人便是好友，於小勝聽到話音衝上舞台時與小智一行初次見面。與小智等人保護基拉祈失敗後，被巴特勒創造出的假固拉多吞入其體內，這一轉折促使巴特勒放棄計畫。在營救基拉祈的始終都扮演著舉足輕重的角色。 |  黛安 |
| 巴特勒（バトラー） 配音演員：山寺宏一 前火岩隊成員，黛安的男友。因利用化石碎片復活固拉多的試驗失敗而被火岩隊除名。被復仇欲望沖昏頭腦的他，決定從頭再來。他發掘了基拉祈的結晶，其後設計復活並控制了基拉祈。最終幡然悔悟，終止了計畫。 |  巴特勒 |
原聲資料
| 類別 | 曲名 | 作詞 | 作曲 | 編曲 | 演唱 |
| 片尾曲 | 小小的我 | 三浦德子 | 山移高寬 | 林明日香 | |
| 音軌 | 曲目譯名 | 曲目原名 | 藝術家 |
| 1 | 開始 | はじまり | 宮崎慎二 |
| 2 | 跳波爾卡舞（電影版） | ポルカ・オ・ドルカ (映畫サイズ) | 犬山犬子 搖啊跳啊合唱團 |
| 3 | 救出了嗎!? | 救出だ!? | 宮崎慎二 |
| 4 | 秘密基地？～ 火箭隊的主題曲～ | ひみつ基地?~ロケット団のテーマ~ | 宮崎慎二 |
| 5 | 潛入！ | 潛入! | 宮崎慎二 |
| 6 | 活躍！ | 活躍! | 宮崎慎二 |
| 7 | ‘跳波爾卡舞’組曲 | “ポルカ・オ・ドルカ”メドレー | 田中宏和 |
| 8 | 大逃走 | 大脫走 | 宮崎慎二 |
| 9 | 危機 | 危機 | 宮崎慎二 |
| 10 | 大逃走2 | 大脫走2 | 宮崎慎二 |
| 11 | 冒險開始了!! | 冒険のはじまりだ!! | KAORI |
| 12 | 先鋒曲～神奇寶貝世界 | アバン~ポケモンワールド | 宮崎慎二 |
| 13 | 先鋒曲～固拉多的主題曲 | アバン~グラードンのテーマ | 宮崎慎二 |
| 14 | 先鋒曲～小智和夥伴們 | アバン~サトシと仲間たち | 宮崎慎二 |
| 15 | 劇場版神奇寶貝2003 標題主題曲 | 劇場版ポケットモンスター2003タイトルテーマ | 宮崎慎二 |
| 16 | 冒險前進～繼續旅行著～ | アドバンス・アドベンチャー~旅はつづく~ | 田中宏和 |
| 17 | 移動嘉年華 | 移動遊園地 | 宮崎慎二 |
| 18 | 魔術表演 | マジックショー | 宮崎慎二 |
| 19 | 小智的心情 | マサトの気持ち | 宮崎慎二 |
| 20 | 遊樂場 | 遊園地 | 宮崎慎二 |
| 21 | 千年彗星 | 千年彗星 | 宮崎慎二 |
| 22 | 基拉祈誕生 | ジラーチ誕生 | 宮崎慎二 |
| 23 | 基拉祈的力量 | ジラーチ・パワー | 宮崎慎二 |
| 24 | 小勝與基拉祈 | マサトとジラーチ | 宮崎慎二 |
| 25 | 法恩斯 | ファウンス | 宮崎慎二 |
| 26 | 黛安的心情 | ダイアンの気持ち | 宮崎慎二 |
| 27 | 冒險前進～前往法恩斯～ | アドバンス・アドベンチャー~ファウンスへ!!~ | 田中宏和 |
| 28 | 小勝的心情 | マサトの気持ち | 宮崎慎二 |
| 29 | 分別 | 別れ | 宮崎慎二 |
| 30 | 巴特勒的主題曲 | バトラーのテーマ | 宮崎慎二 |
| 31 | 救出基拉祈!! | ジラーチ救出!! | 宮崎慎二 |
| 32 | 沙漠蜻蜓登場 | フライゴン登場 | 宮崎慎二 |
| 33 | 最後的戰鬥!! | ラストバトル!! | 宮崎慎二 |
| 34 | 小小的我～搖籃曲～ | 小さきもの~子守りうた~ | 山移高寬 |
| 35 | 小小的我 | 小さきもの | 林明日香 |
| 36 | 冒險前進（抒情版） | アドバンス・アドベンチャー (アコースティック・バージョン) | GARDEN |
影片段預告絮
神奇寶貝超級願望片中基拉祈的配音鈴木富子於2003年7月7日（即本作在日本公開上映前12天）因突發心臟衰竭去世 ，本作也成為其最後遺作，而巧合的是片中的基拉祈象徵的七夕節 在日本即為西曆7月7日，因此鈴木富子也一度成為觀眾所感動的人物。神奇寶貝超級願望中 向基拉祈許願吧！七日間的奇蹟!!可能也是為紀念電影10周年和鈴木富子十周年祭日而製作的，並且片中的基拉祈沒有說話可能是為了保持基拉祈等同於鈴木富子的紀念 。
這是第一部不將小智作為中心人物的神奇寶貝劇場版 ，也是第一部不在美國大陸上映的神奇寶貝劇場版 。
影片評價
劇本感人 音樂創新
小智一行背景音樂的選擇把作品襯托得更為出色，片尾曲的選擇十分到位。新角色小遙和小勝賦予了這部作品之前的其他角色所不能賦予的內涵，基拉祈的配音與作品的配樂契合從而使得其與小勝的友情更能打動人心。對於系列的劇場版來說，這部作品擁有不俗的劇本設計，環比之前，這部劇場版擁有了較高的娛樂價值。
情節略不足
情節上同之前的幾部作品相似：神奇寶貝被別有用心的研究者選中，來為自己復活超古代神奇寶貝的野心服務。不滿足於此，更是在釀成大禍後執迷不悟。從這一點來說，在80分鐘的劇情設計中，角色的行動顯然是在缺乏理智地進行著的，這使得劇情顯得混亂而跳躍。
播出發行
2003年12月19日日文原版DVD發行。博偉家族娛樂公司於2004年6月1日發行了英文版DVD。這是第二部直接在美國發行DVD的神奇寶貝劇場版（第一部為 超夢，我就在這裡）。該部劇場版在日本2003年年度票房榜上以$33,393,751的票房收益排名第十。
