關於石臼的成因,學術界存在兩種觀點,即“冰川磨蝕說”和“水力磨蝕說”。
持“冰川磨蝕說”者認為,大約在200-300萬年的第四紀早期,冰川融水沿冰川裂隙從數十米至數百米以上的高度,自上而下以“水滴石穿”的方式,對冰川覆蓋下的基岩進行強烈的沖蝕作用,因而產生了石臼,這種石臼被稱作“冰臼”。在這類專家眼裡,“冰臼”是古代冰川曾經存在過的有力證據之一,也是古氣候、古環境變遷的極其重要的歷史見證,在我國的黃山、廬山、西藏和德國、波蘭等地均有發現,它們均分布於冰川、U型谷和冰床上,但分布於山脊、山峰和山麓地帶的冰臼則十分罕見。
“水力磨蝕說”則認為,石臼是普通岩石河床被水流沖磨而成的深穴,它分布在石質河床基岩節理交匯點或破碎處,水流使之成為坑窪;坑窪里的礫石在流水的帶動下旋轉、撞鑿和磨蝕坑壁,使坑窪不斷擴大和加深,最終形成深度和寬度達數十厘米至數米的深穴,這類石臼可稱為“壺穴”或“甌穴”。