直立型或鳳梨型根莖
為塊狀，直徑10cm，直立生長。洗淨後為黃色，外形和鳳梨極為相似，表面覆蓋物較少。生長期間，主莖上可分生出許多小根莖，剝離後，另行栽種可發育為新的植株。一般情況下，直立型根莖品種生長旺盛，開花繁密。部分種植者建議應使根莖直立種植，但有人將其水平種植，頂芽露出土外，也曾獲得成功。芘碧睡蓮的根莖也為直立型，但因其根莖較小，而歸入手指型根莖。主要品種有“印第安納”（變色）、“克里三薩”（變色）、“渴望者”（變色）、“克羅馬蒂拉 ”（橙黃色）、“保羅·哈利特”（變色）、“索芙雷”（杏黃色）等，多為黃色及橙色變色系列品種，其中有墨西哥黃睡蓮。
馬利列克型根莖
具有馬利列克型根莖的睡蓮品種主莖水平生長，直徑通常為5cm。主莖上的突起不如鳳梨型根莖明顯、有序，表面覆蓋有大量黑色皮層，位於開花最為繁密的耐寒睡蓮品種之列，大多喜肥，在土層深厚的條件下表現極佳。這一根莖類型涵蓋了大部分的睡蓮，如“絢麗”（紅色）、“白仙子”（白色）、“粉知己”（粉色）等。白睡蓮及雪白睡蓮亦屬此類，兩者種植較易。
香睡蓮型根莖
此類根莖較長，且較直立型及馬利列克型要細，直徑為2.5-4cm不等，為走鞭狀生長。主莖上通常發生新的小芽眼，芽眼發育後成走鞭狀生長，並發育新的小植株，而後與母株脫離形成新的根莖及植株，新的根莖上又可發生芽眼，形成走鞭，進而發育成新的植株。此類睡蓮品種一般需要較大的種植空間，以使其根莖可自由生長，不斷形成新的株叢，從而促進開花。這一生長過程需要兩個月或更長的時間。因此，建議將其種植於至少60×60×30cm空間內。香睡蓮是香睡蓮型根莖的典型代表，其它有“瑩寶石”（粉色）、“美洲明星”（洋紅色）、“托馬斯夫人”（內輪粉白色，外輪殼粉紅色）等。
塊莖型根莖
直徑通常為2-2.5cm，外形與香睡蓮型根莖相似，但更細。兩者的顯著區別是塊莖型根莖的側莖和主莖連線處很細，當側莖被拉起時，與主莖幾乎完全分離。和香睡蓮一樣，需要較大的栽植空間以促進根莖生長，增加開花量。屬於這一類型根莖的睡蓮品種比較少，除塊莖睡蓮外，其餘品種有“重瓣白”（白色）、 “理查遜”（白色）、“極致塊莖睡蓮”（純白色）、“玫紅玉蘭”（殼粉紅色）、“布斯特琳堡”（白色）、“粉之星”（淺粉紅色）等，以白色居多。
手指型根莖
一般較微小，直立生長，自然分殖率極低，栽植用土量不大。一種形象的說法是生長於貧瘠的土壤中時，根莖為小手指般大小；生長於定期施肥的肥沃土壤中時，根莖則為大拇指般大小。具有這一根莖類型的睡蓮品種最少，通常為微型或小型品種，如“海爾芙拉”（鵝黃色）、“白子午蓮”（白色）、“紅侏儒”（紅色）等，矮睡蓮則為其代表種。
其他類型
除此之外，還有其它一些複合型的根莖類型，如馬利列克--香睡蓮型根莖、馬利列克--塊莖型根莖等兼具兩種根莖類型的特點。
根據類型與品種特性雖有一定的相關性，但並無必然的聯繫。如白色品種多為塊莖型根莖，但並非所有的白色品種均為塊莖型根莖，如開白色花的“白皇后” 即為馬利列克型根莖。直立型根莖的品種多為黃色、橙色變色，但“紫雷德克”則為粉紅色，“白雷德克”為白色。另外不同根莖類型其繁殖係數也有一定的差異。直立型根莖繁殖係數較大，與香睡蓮型大致相同，紅色品種繁殖係數則較小。手指型根莖中，“海爾芙拉”的繁殖係數最大，“紅侏儒”繁殖較慢，矮睡蓮則只能通過種子進行繁殖。通過了解其根莖類型對睡蓮的栽培、生產也有一定的指導意義，如香睡蓮型根莖的品種需要較大的生長空間，因此應植於大型或天然池塘中，而手指型根莖的睡蓮品種一般為微型品種，則較為適合小型池塘及盆栽。
