直腸淋病臨床症狀常在感染72小時之後發生，但患者身體狀況以及是否使用抗生素均可能影響潛伏期，出現潛伏期或長或短的表現。臨床上觀察，潛伏期為2-10天，平均3-5天。發生在男性的淋菌性尿道炎，有急性或慢性尿道炎的症狀和體徵。女性的淋病常有急、慢性尿道、陰道炎，其併發症有副尿道炎、前庭大腺炎、外陰炎、官頸炎等。其他的淋菌感染性疾病尚有關節炎、皮膚炎綜合徵（播散性淋菌感染）、淋菌性咽峽炎、淋菌性眼病、淋菌性肛周圍炎等。上述各症均有各自的臨床症狀和體徵。
直腸淋病（肛門直腸淋菌性疾病）患者中有18%-34%是無症狀的亞臨床感染。這樣患者沒有直腸炎的臨床表現，有些僅有肛門分泌物較平時增多、輕度瘙癢等症狀。淋菌性直腸炎是直腸淋病的嚴重而典型的表現，症狀可隨炎症的輕重不同而有差別。初期為黏膜的急性炎症，輕者充血，重者水腫，潮紅色黏膜常有帶臭味的膿性分泌物。以隱窩處明顯。繼之黏膜壞死，出現糜爛，甚至潰瘍，病期長的患者可出現息肉樣炎性增生。直腸肛門部明顯瘙癢、刺痛、燒灼感、壓迫感和充盈感，排便時加重；有里急後重，常常有大量分泌物由肛門流出，黃白色，有臭味，稀淡如奶，有時帶有血絲。腹瀉黏液膿血便，偶有血便；肛門部皮膚糜爛、有裂口，患者感覺疼痛。炎症嚴重的患者，可並發膿腫以至於形成瘺管，而有肛周膿腫和肛瘺的臨床表現。嚴重的淋菌性直腸炎，在癒合時，可由於疤痕的形成和收縮而出現肛門和直腸狹窄。全身可有發熱、乏力、納差、頭痛等症狀。
對直腸淋病的診斷，在病史採集中應注意有否不潔性交史，如有肛交史則更有助於確立診斷，近期的肛腸檢查史，其他系統淋菌感染情況，特別是女性病人的泌尿生殖器淋病史；配偶和性伴有無淋菌性尿道炎，尿道陰道炎等淋病症狀，性接觸時間；了解初發症狀及時間，有否治療，治療藥物，治療時間，療效等；有無類似直腸炎病史，愈後的情況等。同時應作全面系統的體格檢查，應注意檢查生殖器官、會陰部、口腔、眼、前列腺等。肛門直腸的檢查應注意觀察分泌物的狀況或量，及肛門的糜爛和裂口；肛指檢查應注意觸痛、壓痛，以及指套黏附之分泌物的外觀、氣味；肛鏡檢查應注意肛管直腸移行處，特別早肛隱窩處紅、腫、糜爛、潰瘍等急性炎症的表現。臨床還應與慢性直腸炎和梅毒性直腸炎相鑑別，見梅毒性直腸炎。
直腸淋病的何診治淋病引起的直腸淋病女性多於男性，肛門部的鱗狀上皮抵抗力較強，故而肛管淋病較少見，但有時因分泌物刺激，可發生肛門部糜爛。淋病性直腸炎初期急性發作時，黏膜充血、水腫，常有臭味膿性分泌物；如淋菌侵入黏膜下層，則黏膜多糜爛；如成慢性，可形成潰瘍和息肉。直腸淋病的症狀為肛門內灼痛，排便時加重，並有里急後重感和大量黃白色帶臭味的稀淡分泌物自肛門流出，有時帶有血絲。
肛門部皮膚常有糜爛及裂口，使患者感覺疼痛。全身可能有體溫升高、脈搏增快和周身不適。根據淋病史、臨床表現和分泌物內找到淋菌，即可做出明確診斷。治療上急性期不宜作腸鏡檢查以免刺激直腸。患者需臥床休息，套用敏感廣譜抗生素。肛門部熱敷或坐浴，如有膿腫宜早切開。
