少年時，畢力格巴圖爾家境貧困，無力求學。夏天，為他人放牛，冬天隨父進山打獵，勉強維持全家生活。
1929年，畢力格巴圖爾經佛鼎介紹加入中國共產主義青年團，從事黨的地下交通工作。
1930年2月，畢力格巴圖爾同高鳳英等由佛鼎帶領赴烏蘭巴托，入蒙古人民共和國黨務學校特別班學習；同年10月，畢力格巴圖爾又被派往莫斯科，入東方大學民族班深造。
1934年1月底，畢力格巴圖爾與吉雅泰奉命回到歸綏（呼和浩特），先在平綏路擔任“交通”，後到北京以“蒙政會”駐京辦事處交際股股長的身份，借開辦“協濟”工廠、“義達里宏仁西藥店”為掩護，蒐集日軍情報。
1936年1月，畢力格巴圖爾由吉雅泰等人介紹，加入中國共產黨。
“七七”事變後，北京淪陷，畢力格巴圖爾受到日本特務的追捕，避往天津英租界，奉黨組織指示開展對敵破壞工作。他所負責的一個小組，曾將日軍兩艘滿載軍需物資的輪船炸沉。1938年2月，畢力格巴圖爾奉命奔赴冀中，任八路軍晉察冀軍區司令部偵察科科長。
1939年6月，畢力格巴圖爾奉調回綏遠地區，在偽蒙古軍第九師作策反工作。該師後於日寇投降時宣布起義，畢力格巴圖爾也隨之到蒙古人民共和國進行整編。
1947年6月，畢力格巴圖爾返回祖國，擔任人民解放軍內蒙古騎兵第十一師（後改為騎兵第四師）副政委。1949年6月，畢力格巴圖爾任該師師長兼政治委員。
1950年4月，畢力格巴圖爾任烏蘭察布盟政務委員會主任（後改稱盟長），並相繼兼任中共烏蘭察布盟委員會第一副書記、書記、烏蘭察布盟軍分區司令員、政委。1955年，經中國人民解放軍總幹部處批准，授予畢力格巴圖爾二級解放勳章。
1955年3月後，畢力格巴圖爾歷任內蒙古公安廳副廳長、廳長、黨組書記等職。1964年5月，任中共內蒙古自治區委員會書記處書記。
“文化大革命”中，畢力格巴圖爾遭到殘酷迫害，於1974年2月25日在呼和浩特逝世，終年66歲。
