一、職能調整
（一）取消已由國務院、省政府和阜陽市政府公布取消的行政審批事項。
（二）將環境標誌認證職責交給事業單位。
（三）加強環境政策、規劃和重大問題的統籌協調職責。加強落實污染減排目標、環境監管的職責。加強環境治理和對生態保護的指導、協調、監督職責。
二、主要職責
（一）貫徹執行國家、省、阜陽市環境保護法律法規和方針政策，起草並監督實施全市環境保護方面的規範性檔案；組織編制全市環境功能區劃；監督執行國家、省環境保護標準、基準和技術規範；組織擬訂並監督實施全市重點區域、重點流域污染防治規劃和飲用水水源地環境保護規劃及專項環境保護規劃；參與制定全市主體功能區劃。
（二）負責重大環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調重大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，指導協調鄉、鎮、街道重大突發環境事件的應急、預警工作；協調解決有關跨區域的環境污染糾紛；統籌協調全市重點流域、區域污染防治工作。
（三）承擔落實省、市污染減排目標的責任。組織實施排污許可證制度，組織制定主要污染物控制辦法並監督實施；提出實施總量控制的污染物名稱和控制指標；督查、督辦、核查全市污染減排任務完成情況；實施環境保護目標責任制、總量減排考核並公布考核結果。
（四）負責提出環境保護領域固定資產投資規模和方向、市財政性資金安排的意見，並配合有關部門做好國家、省、市級環境保護固定資產投資項目的組織實施和監督工作；參與應對氣候變化工作。
（五）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。受市政府委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價，對涉及環境保護的規範性檔案提出有關環境影響方面的意見，按規定承擔開發建設區域規劃、建設項目環境影響評價檔案的有關審查審批工作。
（六）負責環境污染防治的監督管理。組織實施大氣、水體、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品以及機動車等的污染防治工作；會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作；組織指導城鎮和農村的環境綜合整治工作。
（七）指導、協調、監督生態保護工作。擬訂生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；指導、協調、監督各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作；協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、生物多樣性保護工作；協調指導農村生態環境保護，監督生物技術環境安全，承擔生物物種（含遺傳資源）管理相關工作。
（八）負責核安全和輻射安全的監督管理。參與核事故應急處理；負責輻射環境事故應急處理工作；監督管理核設施安全、放射源安全；監督管理核設施、核技術套用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。
（九）負責環境監測和信息發布。組織實施環境質量監測和污染源監督性監測；組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警；組織建設和管理市環境監測網和環境信息網；建立和實行環境質量公告制度，統一發布市環境綜合性報告和重大環境信息。
（十）開展環境保護科技工作。組織環境保護科學研究和技術工程示範，推動環境技術管理體系建設；參與指導和推動循環經濟和環境保護產業發展。
（十一）開展環境保護國際合作交流。組織協調有關環境保護國際條約市內履約活動，參與處理涉外環境保護事務。
（十二）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作。開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作；推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十三）承辦市政府交辦的其他事項。
三、內設機構
根據上述職責，市環境保護局設5個職能股（室）：
（一）辦公室
組織協調局機關的日常工作，協調機關各股室工作關係；擬訂局機關工作制度、年度計畫和工作總結；承擔文秘、檔案、財務、信訪接待、保密、政務信息、政務公開以及後勤保障等工作；負責聯繫市政府部門的環境保護工作；負責局機關和直屬事業單位組織人事、機構編制、勞動工資、離退休人員服務工作；指導全市環境保護系統隊伍建設，提出建議與措施。擬訂並組織實施全市環境保護規劃和計畫，參與編制全市可持續發展綱要；參與擬訂全市經濟和社會發展中長期規劃，審核城市總體規劃中的環境保護內容；監督檢查環境保護基本建設與環境保護投資項目的實施情況，組織編制環境統計年鑑和全市環境狀況公報；負責全市環境保護領域的國際合作，承辦涉外環境保護事務，負責環境保護外資項目的引進；監督管理機關與直屬單位的國有資產和財務工作。
（二）建設項目環境管理股（行政審批服務股）
貫徹執行建設項目環境保護“三同時”的法律、法規和規章，並依法監督檢查；承擔環境影響評價制度、“三同時”制度、竣工驗收制度的實施。組織開展建設項目施工期間的環境監理工作；負責將清潔生產要求納入建設項目環境影響評價和“三同時”制度管理，監督新建、擴建、改建和技術改造項目採用清潔生產工藝；負責環境規劃工作。
貫徹執行國家、省自然生態保護的政策和法規，擬訂並組織實施自然生態保護的規範性檔案，組織編制、實施全市自然保護區規劃和建設規範，擬訂並組織實施生物多樣性保護計畫，監督自然資源開發活動中的環境保護工作；指導和監督礦區復墾、生態破壞恢復整治、濕地環境保護工作；管理生物技術環境安全；負責農村生態環境保護工作，指導全市生態示範區建設和生態農業建設；監督管理鄉鎮企業環境保護；提出新建國家級、省級自然保護區建設和新建各類市級自然保護區的審批建議；會同有關部門加強風景名勝區的建設管理，協同有關部門監督管理珍稀瀕危動植物及野生動植物的保護工作。
（三）污染控制股（自然生態保護股）
擬訂和組織實施水、大氣、土壤、噪聲、固體廢物、有毒化學品及機動車等污染防治政策和規定；組織實施排污申報登記、排污許可證、污染源限期治理和達標排放、危險廢物經營許可、有毒化學品進出口登記、行政代執行等環境管理制度；組織編制環境功能區劃，組織擬訂和實施重點流域、重點區域污染防治規劃；承辦可用作原料的廢物進出口許可工作；指導和協調解決各地、各部門以及跨地區、跨流域的重大環境問題，調查處理重大環境污染事故；組織辦理人大、政協的提案、議案及建議；處理有關環境保護的民眾來信來訪；負責組織實施全市環境保護目標責任制，指導並協助組織城市環境綜合整治定量考核；參與工業企業的檢查評比和升級評審工作。負責全市環境監測工作，組織編制環境質量報告書，負責全市環境質量狀況的預測預警；負責機動車污染防治監督管理；監督管理全市輻射環境、放射性廢物工作，並組織實施有關政策、法規和標準；負責核設施的安全管理，參與核事故、輻射環境污染事故應急管理與處置工作。
組織協調環境保護科學研究和技術引進，負責環境管理體系和環境標誌認證工作，組織環境科技攻關及技術成果申報和推廣工作；組織實施環境保護資質認可制度；指導和推動環境保護產業發展。
承擔全市主要污染物減排日常工作；擬訂主要污染物排放總量控制和減排工作計畫、對策建議；檢查、督促和考核環境保護目標責任制和污染減排工作情況。承擔全市主要污染物減排數據的技術檢查、業務培訓、資料整理。
（四）宣教法規股
擬訂和組織實施環境保護宣傳教育規劃，組織指導並協調全市環境宣傳、教育工作的開展，負責普法教育，推動公眾和非政府組織參與環境保護；負責組織全市環境保護先進的評選及全省、全國和國際各相關環境獎的推薦工作；負責全市性環境保護刊物的徵稿、編輯、出版工作；負責全市環境質量狀況的發布工作，研究擬訂環境保護規範性檔案；組織實施環境保護行政處罰，承辦行政複議和行政訴訟工作，組織開展全市環境保護執法檢查工作。
（五）循環經濟發展股
貫徹落實國家、省和阜陽市有關循環經濟發展的方針、政策；協調、指導循環經濟試點建設工作；會同有關部門擬訂循環經濟發展戰略和目標，編制循環經濟發展規劃和年度計畫，並組織實施；擬訂鼓勵循環經濟發展的地方性扶持政策；協調開展循環經濟建設項目的審批及上報工作；組織宣傳推廣循環經濟建設的成功經驗和成果。
四、人員編制
（略）
機關黨的辦事機構、紀檢（監察）機構設定，按有關規定執行。
五、其他事項
水污染防治與水資源保護的職責分工。市環境保護局對水環境質量和水污染防治負責，市水務局對水資源保護負責。兩部門要進一步加強協調與配合，建立協商機制，定期通報水污染防治與水資源保護有關情況，協商解決有關重大問題。市環境保護局發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。市水務局發布水文水資源信息中涉及水環境質量的內容，應與市環境保護局協商一致。
