公署有權調查的機構
根據《香港法例》第397章《申訴專員條例》第7條，公署有權調查該條例附表1第I部列出的任何機構涉嫌行政失當的投訴：
第I部所列機構
* 入境事務處
* 香港鐵路公司
* 土木工程拓展署
* 土地註冊處
* 工業貿易署
* 大學教育資助委員會秘書處
* 公司註冊處
* 公務及司法人員薪俸及服務條件諮詢委員會聯合秘書處
* 水務署
* 立法會秘書處
* 司法機構政務長轄下所有法院與審裁處的登記處及行政辦事處
* 民政事務總署
* 民航處
* 民眾安全服務處
* 市區重建局
* 平等機會委員會
* 行政長官辦公室總務室
* 地政總署
* 投資推廣署
* 法律援助署
* 房屋署
* 社會福利署
* 知識產權署
* 屋宇署
* 政府化驗所
* 政府物流服務署
* 政府飛行服務隊
* 政府產業署
* 政府統計處
* 政府新聞處
* 政府總部
* 食物環境衛生署
* 律政司
* 香港天文台
* 香港考試及評核局
* 香港房屋委員會
* 香港房屋協會
* 香港金融管理局
* 香港海關
* 香港電台
* 香港藝術發展局
* 香港體育學院有限公司
* 建築署
* 個人資料隱私專員
* 消防處
* 海事處
* 財務匯報局
* 庫務署
* 破產管理署
* 差餉物業估價署
* 強制性公積金計畫管理局
* 郵政署
* 規劃署
* 康樂及文化事務署
* 勞工處
* 稅務局
* 渠務署
* 路政署
* 電訊管理局
* 運輸署
* 雇員再培訓局
* 漁農自然護理署
* 審計署
* 影視及娛樂事務管理處
* 學生資助辦事處
* 衛生署
* 香港機場管理局
* 機電工程署
* 選舉事務處
* 環境保護署
* 職業訓練局
* 醫院管理局
* 醫療輔助隊（部門）
* 證券及期貨事務監察委員會
* 懲教署
以及該條例附表1第II部列出的有關政府部門違反《公開資料守則》的投訴：
第II部所列機構
* 公務員敘用委員會秘書處
* 投訴警方獨立監察委員會秘書處
* 香港輔助警察隊
* 香港警務處
* 廉政公署
