甲基化測序技術優勢
1.靈活度高能夠直接對任意物種的高甲基化片段進行測序無需已知的基因組序列信息。
2.檢測範圍廣覆蓋整個基因組範圍的甲基化區域。
3.精確度高能夠在實際結合位點50個鹼基範圍內精確定位。
4.數位化信號直接對甲基化片段進行測序和定量不存在傳統晶片雜交的螢光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。
甲基化測序服務流程
1. 甲基化DNA免疫共沉澱MeDIP；
2. 測序文庫構建 雙鏈DNA末端修復及3’末端加’A’ 使用特定的測序接頭連線DNA片段兩端 高保真聚合酶擴增構建的測序文庫；
3. DNA成簇Cluster擴增；
4. 高通量測序Illumina Genome Analyzer IIx；
5. 數據分析 原始數據讀取 與資料庫比對並進行注釋 確定甲基化位點 深層次數據分析；
6. 提供實驗報告 原始數據報告Fasta-Q格式包含所有測序序列信息鹼基讀取質量評估 基本數據分析報告Excel表格包含有效序列的序列信息、與參考基因組比對後的注釋信息等。 高級數據分析應客戶要求定製如甲基化區域enriched region鑑定分析兩樣本間甲基化水平有差異的區域並注釋結合表達譜分析其對基因的表達調控。
甲基化測序最新方法
SMRT技術採用的是對DNA聚合酶的工作狀態進行實時監測的方法。 DNA聚合酶催化螢光標記的核苷酸摻入到互補的核酸鏈中。核苷酸的摻入被檢測成螢光脈衝，依據其顏色鑑定出核苷酸。當聚合酶切斷連線在核苷酸末端的螢光基團時，脈衝終止。螢光脈衝的到達時間和持續時間產生了關於聚合酶動力學的信息，從而允許直接檢測DNA模板鏈中的修飾核苷酸，包括N6-甲基腺嘌呤、5-甲基胞嘧啶和5-羥甲基胞嘧啶 。
