內容提要
本書介紹了生物學和計算機套用的基礎知識,提出了許多生物信息學的基本問題,闡述了生物信息學的基本分析方法。此外,本書還給出了許多實用算法和例程。
本書是一本優秀的生物信息學概論或導論教材,可作為生物信息學方向高年級本科生或研究生的入門教材。
作者簡介
孫嘯,男,教授,博士生導師,1962年生。 曾經承擔多個國家自然科學金項目、國家863項目以及省部科研項目,主持研製出多個軟體系統。近年來發表論文40多篇。與他人合作出版專著2部,獲得發明專利1項。目前在東南大學生物科學與醫學工程系工作,主要從事生物信息學及基因晶片信息學研究工作。主講過多門課程,早在1999年就開設了“生物信息學”研究生課程。在人才培養方面,致力於工醫複合型人才的培養。曾經獲得江蘇省優秀研究生指導教師、江蘇省優秀碩士學位論文指導教師稱號。
目錄
第1章 分子生物學和生物化學
1.1 遺傳物質
1.2 基因結構和遺傳信息
1.3 蛋白質的結構與功能
1.4 化學鍵的本質
1.5 分子生物學工具
1.6 基因組信息
本章總結
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問題
第2章 資料庫搜尋與兩兩對比
2.1 點陣圖
2.2 簡單比對
2.3 空位
2.4 打分矩陣
2.5 動態規劃:Needleman和Wunsch算法
2.6 全局對比與局部比對
2.7 資料庫搜尋
2.8 多重序列比對
本章總結
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問題
第3章 替換模式
3.1 基因內的替換模式
3.2 估算替換數目
3.3 基因間進化率的變化
3.4 分子時鐘
3.5 細胞器的進化
本章總結
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問題
第4章 基於距離的系統發生分析
4.1 分子系統發生的歷史
4.2 分子系統發生分析的優點
4.3 系統發生樹
4.4 距離矩陣法
4.5 最大似然法
4.6 多重序列比對
本章總結
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問題
第5章 基於特徵的系統發生分析
第6章 基因組學和基本識別
第7章 蛋白質和RNA結構預測
第8章 蛋白質組學
附錄A 計算機編程和數據結構的簡介
附錄B 酶動力學
附錄C PERL程式舉例
辭彙表
部分問題的答案