環境行政調解的特徵
如前所述，環境行政調解是環境保護行政機關居間對民事主體之問的因為具有民事權利性質的環境權益發生的爭議作出的調解行為，屬於公權力介入私權的行為。這種權力的產生來自於環境保護需要，是社會發展對傳統法律的“公法一私法”二元劃分或“公權一私權”截然對立提出挑戰後，法律對社會利益多元、社會價值多元的新型結構所做出的回應。這種現象被認為是“公法私法化”的一種典型表現形式，因此，對它的性質的認識就不可能像傳統的“公法”或者“私法”那么簡單。為了進一步地認識環境行政調解，可以從以下幾個方面展開分析。(一)環境行政調解與其他調解的聯繫和區別
環境行政調解與民間調解、司法調解一樣，都是屬於調解的範疇，都是在中立的第三方主持、參與下，基於當事人的意思自治解決爭議的程式。
但是環境行政調解與民問調解和司法調解之間也存在明顯的區別。民間調解的調解人不具有政府背景，不行使國家公權力。司法調解的調解人雖然行使國家司法權，有國家公權力作為後盾，但是該權利僅僅限於當事人同意調解的事項，對於與該糾紛相關的環境問題沒有管理權。無論是民間調解還是司法調解，都僅僅解決私法問題。
而環境行政調解融合了公法和私法，調解人同時可能也是管理者，不僅有權根據當事人的同意對環境爭議進行調解，而且對於該環境爭議以及相關事項具有行政管理權。調解人的調解職能是其環境管理權的衍生，調解人對於環境爭議本來就有一定的了解，能夠在行使環境管理的過程中獲得一定的證據，並且能夠對致害人污染、破壞環境的行為處以行政處罰。同一個污染、破壞環境的行為對於環境管理機關來說，具有雙重意義：從國家環境管理的角度看，該行為可能構成行政違法行為，環境管理機關可以依法決定給予行政處罰；從受害人與致害人之間的關係來看，該行為影響了雙方當事人的利益，環境管理機關可以根據當事人的同意進行調解。公法和私法的融合使環境行政調解與其他調解方式區別開來。
(二)環境行政調解行為的特徵
環境行政調解行為具有居間性、非行政性、非必要性、非終局性等特徵。
1．居間性
環境行政調解行為屬於行政機關居間對民事主體之問的民事權益爭議進行調解的行為，具有居間性。
環境保護行政機關主持行政調解的權力既來自法律法規的明確授權，也源於當事人的請求。缺乏法律法規的授權，行政機關的行為構成不當行為。但是僅有法律法規的授權也不足以引起環境行政調解行為，環境行政調解必須以具體當事人的明示或默示請求為前提。在行政機關提出調解時，如果當事人明確拒絕，環境保護行政機關不應堅持進行調解。從當事人的權利而言，當事人具有選擇權，既可以選擇請求或接受環境保護行政機關的調解，也可以不選擇調解；當事人既可以請求環境保護行政機關對糾紛的一部分進行調解，也可以請求環境保護行政機關對糾紛的全部進行調解；當事人對行政調解的拒絕既可以是明示的，也可以是默示的，當事人不參加調解或者向法院提起訴訟應當視為拒絕行政調解。從環境保護行政機關而言，主持行政調解既是權力，也是義務，但是該義務的發生必須以當事人明示或默示的請求為前提。在當事人明示地請求環境保護行政機關主持行政調解之後，環境保護行政機關不得拒絕。
環境行政調解的內容包括賠償責任和賠償金額兩個部分。從賠償責任來看，環境保護行政機關應當對環境污染的事實問題進行調查，包括環境污染行為是否發生，當事人是否遭受損失，污染行為與當事人之間的損失是否存在關聯性，當事人是否採取了合理的措施避免損失的發生或擴大等等事項。從事實問題與法律問題的區分來看，環境保護行政機關既需要認定事實問題，也需要認定法律問題。
處於環境行政調解之下的權利是具有民事權利性質的權利。正是因為這些環境權益具有民事權利的屬性，當事人可以根據意思自治原則自由處分，從而使調解成為可能。行政機構也必須尊重當事人的意思自治，不應當違背私法自治的法律精神。
2．非行政性
環境行政調解行為不屬於行政行為。行政行為是享有行政權能的組織或個人運用行政權對行政相對人所作的法律行為。不具有行政權能的組織或個人所作的行為，具有行政權能的組織或個人沒有運用行政權所作的行為，沒有針對行政相對人所作的行為，不具有法律意義的事實行為，都不是行政行為。行政行為具有單方性、強制性等法律特徵。
環境行政調解行為是環境管理機關輔助當事人對於當事人之間的爭議解決方案達成協定的行為，環境管理機關和雙方當事人共同參與調解過程，因此環境行政調解行為不具有單方性。環境管理機關主持調解的前提是當事人的同意，因此環境調解行為不具有強制性。由於環境調解行為不符合行政行為的特徵，因此具有非行政性。既然環境行政調解不屬於行政行為，也就不可能屬於具體行政行為。
3．非必要性
環境行政調解不是環境糾紛處理的必經程式，具有非必要性。在發生環境爭議後，當事人可以請求進行行政調解，也可以直接在法院提起訴訟，行政調解不是訴訟的前置程式。
4．非終局性
經過行政調解之後製作的調解書、處理意見、調解處理決定等法律檔案不具有強制力，當事人對行政調解處理決定不服的，可以向人民法院起訴，因此環境行政調解具有非終局性。
環境行政調解的基本原則
環境行政調解的原則，是對調解工作具有普遍指導意義的行為準則，它貫徹調解活動的始終，體現了環境行政調解的性質和特徵，並決定著這一工作的基本方法，因而是實現環境行政調解職能不可缺少的規則，同時也是保證這種調解合法進行的指導思想。(一)合法原則。這就要求環保機關對污染糾紛的調解必須依法進行。如前所述，這種調解不僅要在法律、法規授權或者規定下進行，而且調解過程中也必須以相應的具體法律、規範來判明是非和責任。這表明，環境行政調解並非背離法律規定“和稀泥”，相反，它始終是以環境法律、法規的規定為依據的。
(二)合理原則。環境污染糾紛本質上屬於平等主體間的民事糾紛，這就要求並且允許環保部門在某些沒有明確法律依據，或者某些複雜的污染事實一時難以查清，或者損害責任不易明辨的情形下，可以根據社會主義公平合理的原則，對污染糾紛作適當合理的調解。舉例說，某化工廠下風向農田受損農民索賠請求環保局調解處理。環保局限於技術原因，對工廠排污與農民受害間的因果聯繫一時難於查清。在這種情況下，從受害農民的生活和恢復生產考慮，環保局也可提出方案，促成工廠給予相當賠償。
(三)自願平等原則。所謂自願，指調解的開始必須以雙方當事人的申請為前提，調解協定必須以當事人自覺接受為基礎，它反對任何形式的強迫和壓制。所謂平等，指調解活動中，雙方當事人地位始終平等，環保機關主持調解，不能厚此薄彼，尤其在一方堅持不妥協的情況下，更要公正平等地對待。
(四)充分尊重當事人起訴權利的原則。根據環境法律、法規的規定，行政調解作為行政救濟手段，既非解決污染糾紛的唯一途徑，也非必要途徑，當事人始終有尋求司法救濟的權利，環保機關必須充分尊重。這可能有四種情況：
①當事人一方申請調解處理，另一方不願通過調解，而願訴諸法院；
②當事人雙方都不願調解處理，環保機關依法是無權強行調解處理的；
③雖然雙方當事人申請調解，但調解過程中一方或雙方轉而不願繼續調解，而要提起訴訟；
④調解達成協定之後，當事人一方或雙方不願執行，因而訴諸法院。以上任何一種情況下，環保部門都不得限制當事人依法提起訴訟的權利。
環境行政調解的種類和範圍
環境行政調解，源於有關環境法律、法規的授權或者規定，這種授權或規定的種類和數量，也就決定了環境行政調解的範圍。根據有關環境法律、法規的規定，可將調解範圍和種類初步歸納如下：(一)法律或法規明確規定的調解是指環境法律或法規明確規定，某些環境糾紛由環境行政機關進行調解的情況。如《海洋石油勘探開發環境保護管理條例》第25條規定，國家海洋主管部門對海洋石油勘探開發污染損害引起的賠償糾紛，依法“可以進行調解處理”。
(二)法律或法規規定可以選擇適用的調解是指法律或法規對某些環境糾紛規定既可調解，也可處理，而環保部門可以選擇適用調解方式解決糾紛。如《防止船舶污染海域管理條例》第45條規定，港務監督對船舶污染糾紛“可進行調解或者根據調查結果作出處理”。顯然，環保部門可以選擇調解方式，而處理則是含義完全不同的另一種解決糾紛方式。
(三)法律、法規規定為“處理”，而環保部門實際以“調解”方式處理是指環境法律、法規並未明確規定調解，而環保部門在實際工作中依法進行的調解。在法律、法規中，它多以“處理”的表述形式體現出來，即法律規定某些污染糾紛由環保部門處理，而環保部門則以調解的方式來處理這些糾紛。其特徵是，儘管法律用語是“處理”而非調解，但處理的方式並不排斥調解；相反，在絕大多數情況下，“處理”的立法本意就是調解。正是因為如此，無論是立法機關，還是司法機關，更無寧說環境行政機關，都已經實際運用和認可調解作為處理的最基本方式。
在環境立法中，這種類型相當普遍。它主要包括：
1．海洋環境管理部門可以對海洋環境污染損害賠償糾紛，依法進行“處理”(蠢海洋環境保護法》第42條，1982年8月23日五屆全國人大常委會通過)；
2．環保部門和交通部門的航政機關可以對水污染賠償糾紛，依法進行“處理”(《水污染防治法》第4l條，1984年5月11日六屆全國人大常委會通過)；
3．環保部門可以對大氣污染賠償糾紛，依法進行“處理”(《大氣污染防治法》第36條，1987年9月5日六屆全國人大常委會通過)；
4．監督拆船污染的主管部門可以對拆船污染損害賠償糾紛，依法進行“處理”代防止拆船污染管理條例》第23條，1988年5月18日國務院發布)；
5．環保部門對環境噪聲污染賠償糾紛，可以依法進行“處理”(《環境噪聲污染防治條例》第43條，1989年9月26日國務院發布)；
6．一切環境污染賠償糾紛，均可由環保部門或其他有關部門“處理”(《環境保護法》第4l條，1989年．12月26日七屆全國人大常委會通過)。
環境行政調解的效力
(一)調解協定沒有法定執行力由於環境行政機關所調解的是污染損害雙方當事人間的民事糾紛，調解過程和調解達成的協定，都是雙方當事人意志妥協的產物，它並不體現環保機關的意志。因此，它不同於環保機關在實施環境管理過程中，針對管理相對人所作的一般具體環境行政行為。換句話說，調解協定歸根結蒂是當事人的妥協意志，它無論如何不具有一般具體行政行為的公定力、約束力和執行力。調解協定後，主持調解的環保機關不能強制執行，也不能申請法院強制執行，它只能靠當事人自覺履行。一旦一方或者雙方當事人翻悔，則調解協定自動失效，污染糾紛只能通過其他途徑解決。
(二)當事人不服調解結果，還可提起訴訟
根據環境法律、法規，環境污染糾紛的解決有兩種方式，即行政途徑和司法途徑，但以司法途徑為最終途徑。這意味著，當事人固然可請求行政調解，但不服調解時，還有權向法院起訴，請求司法救濟。環保機關不應限制其訴權。
(三)糾紛當事人只能提起民事訴訟而非行政訴訟
由於環境行政調解不同於一般具體環境行政行為，調解協定，並非環保機關的意志，它不會對當事人造成行政侵權，因此，當事人不服調解協定的，不能以主持調解的環保機關作被告提起行政訴訟。有關法規和司法解釋也明確規定，對這種調解處理不服的，既不能申請行政複議，也不能提起行政訴訟。如《行政複議條例》第10條第(3)項規定，公民、法人或組織對行政機關“對民事糾紛的仲裁、調解或者處理不服的”，不能申請複議。又如最高人民法院《關於貫徹執行(中華人民共和國行政訴訟法)若干問題的意見(試行)諍第6條規定，行政機關居間對民事權益爭議作調解處理，當事人對調解不服向人民法院起訴的，“人民法院不作為行政案件受理”。
由此可以得出結論：環境污染糾紛經環境保護行政機關調解處理後，如果當事人一方或雙方不服的，只能以原糾紛為標的，提起民事賠償訴訟。當事人一旦起訴。則環保機關主持達成的調解協定自動失效，環境污染糾紛的解決，以人民法院的生產判決、裁定或者法院調解為依據。
環境行政調解的程式
根據我國環境保護基本法、環境保護單行法律法規的相關規定，參考《行政複議法》的相關條款，結合原國家環境保護總局以及其他負有環境保護職責的部委發布的包括《漁業水域污染事故調查處理程式規定》在內的部門規章，對環境行政調解程式分析如下：(一)管轄
就受案範圍而言，由於同級人民政府的各個職能部門之間存在分工，每一個職能部門一般應當接受與本部門職權範圍內的污染事故所引起的污染糾紛。
就級別管轄而言，地(市)、縣主管機構依法管轄其監督管理範圍內的較大及一般性環境污染事故，省(自治區、直轄市)主管機構依法管轄其監督管理範圍內的重大環境污染事故，國家級主管機構管轄或指定省級主管機構處理特大環境污染事故和涉外污染事故。下級主管機構對其處理範圍內的環境污染事故，認為需要由上級主管機構處理的，可報請上級主管機構處理。上級主管機構管轄的環境污染事故必要時可以指定下級機構處理。
就地域管轄而言，環境保護機關管轄的環境污染事故的地域應當與其具有管轄權的行政區劃相同。對管轄權有爭議的環境污染事故，由爭議雙方協商解決，協商不成的，由共同的上一級主管機構指定機關調查處理。指定處理的環境污染事故應辦理書面手續。主管機構指定的單位，須在指定許可權範圍內行使權力。跨行政區域的環境污染糾紛，由有關地方人民政府協商解決，或者由其共同的上級人民政府協調解決，主管機構應積極配合有關地方人民政府做好事故的處理工作。
(二)調查取證
主管機構在發現或接到污染事故報告後，應做好下列工作：
(1)填寫事故報告表，內容包括報告人、事故發生時間、地點、污染損害原因及狀況等。
(2)儘快組織相關環境監測站或有關人員赴現場進行調查取證。重大、特大及涉外污染事故應立即向同級人民政府及其他環境保護主管部門和上一級主管機構報告。
(3)在調查取證時，應當遵守相關規範檔案規定的取證程式。
行政機關工作人員調查處理污染事故，應當收集與污染事故有關的各種證據，證據包括書證、物證、視聽資料、證人證言、當事人陳述、鑑定結論、現場筆錄。證據必須查證屬實，才能作為認定事實的依據。
調查污染事故，必須製作現場筆錄，內容包括：發生事故時間、地點、相關環境因素、氣候、污染物、污染源、污染範圍、損失程度等。筆錄應當表述清楚，定量準確，如實記錄，並有在場調查的兩名以上行政機關工作人員的簽名和筆錄時間。
相關環境監測站出具的監測數據、鑑定結論或其他具備資格的有關單位出具的鑑定證明是主管機構處理污染事故的依據。監測數據、鑑定結果報告書由監測鑑定人員簽名，並加蓋單位公章。
(三)調解
在主管行政機關對污染事故調查取證時候，當事人可以向事故發生地的主管機構申請調解處理，主管行政機關受理當事人事故糾紛調解處理申請應符合下列條件：
(1)必須是雙方當事人同意調解處理；
(2)申請人必須是與污染事故糾紛有直接利害關係的單位或個人；
(3)有明確的被申請人和具體的事實依據與請求；
(4)不超越主管行政機關的受案範圍和管轄範圍。
如屬當事人一方申請調解的，主管行政機關有責任通知另一方接受調解，如另一方拒絕接受調解，當事人可直接向人民法院起訴。
請求主管機構調解處理的糾紛，當事人必須提交申請書，申請書應寫明如下事實：
(1)申請人與被申請人的姓名、性別、年齡、職業、住址、郵政編碼等(單位的名稱、地址、法定代表人的姓名)；
(2)申請事項，事實和理由；
(3)與事故糾紛有關的證據和其他資料；
(4)請求解決的爭議。
申請書應當一式多份，申請人自留一份，受理機構保留一份並應在收到申請書10日內將申請書副本送達被申請人。被申請人在收到申請書副本之日起15日內提交答辯書和有關證據。被申請人不按期或不提出答辯書的，視為拒絕調解處理，主管機構應告知申請人向人民法院起訴。
主管行政機關受理污染事故賠償糾紛後，可根據需要邀請有關部門的人員參加調解處理工作。負責和參加處理糾紛的人員與糾紛當事人有利害關係的，應當自行迴避，當事人也可提出迴避請求。
調解處理過程中，應召集雙方座談協商，經協商可達成調解協定。在調解過程中，當事人拒絕繼續調解的，或者向人民法院起訴的，主管行政機關應當終止調解，並做出相關記錄。
調解協定書經當事人雙方和主管行政機關三方簽字蓋章後生效。當事人拒不履行調解協定的，主管行政機關應督促履行，同時當事人可向人民法院起訴。當事人對主管機構調解污染事故賠償糾紛處理決定不服的，可以向人民法院起訴。
環境行政調解存在的問題
由於環境權益的特殊性，環境立法採取了公法與私法的雙重保護機制，法律在賦予公民個人以環境權利的同時，也賦予了環境行政管理機關以相當廣泛的權力，其中最為重要的是環境行政機關對於公民個人環境權益的處理決定權。根據我國《行政訴訟法》以及最高人民法院關於實施《行政訴訟法》的司法解釋，人民法院對於行政機關所作出的具體行政行為的合法性進行司法審查。過去很多法院將環境保護局對污染致人損害的處理決定作為一種具體行政行為對待。法院認為雖然環境保護局是對環境民事糾紛的處理，但由於其公權力的介入已使該行為不再具有單純的民事權利性質。
但是全國人大常委會法制工作委員會1992年1月31日針對原國家環境保護局有關請示給予的答覆：“因環境污染損害引起的賠償責任和賠償金額的糾紛屬於民事糾紛，環境保護行政主管部門依據《環境保護法》第41條第2款規定，根據當事人的請求，對因環境污染損害引起的賠償責任和賠償金額的糾紛所做的處理，當事人不服的，可以向人民法院提起訴訟，但這是民事糾紛雙方當事人之間的民事訴訟，不能以做出處理決定的環境保護行政主管部門為被告提起行政訴訟。”一些法院依據該答覆，認為環境行政調解不屬於人民法院行政訴訟的受訴範圍。
在目前環境糾紛處理中，這是較為普遍的做法，在將處理環境民事糾紛的權力賦予環境保護機關的同時，也限制當事人的訴權。據解釋，之所以將決定環境民事責任以及環境損害賠償額的權力授予環境行政管理機關，一方面是出於效益的考慮，環境保護行政主管部門作為國家實施環境監督管理的專門機構，其專業技術和對本地區環境狀況的熟悉，可以大大降低環境民事糾紛處理的成本，使受害人免遭訟累；另一方面是為了及時地採取措施，對已產生的環境污染和生態破壞的嚴重後果進行補救，避免漫長的民事訴訟造成更大的危害。而之所以要限制當事人提起行政訴訟的權利，則是為了使環境保護行政主管部門儘量少做被告。
可是，按照這樣的理論及立法實施法律將使法院受理環境糾紛案件陷於尷尬。
第一，人民法院不如當事人的權力大。環境保護局依當事人的申請決定污染損害的賠償責任和賠償金額是一項法定職責。如果環保局不受理當事人要求處理賠償責任和賠償金額的申請，構成行政法上的不作為，當事人提起行政訴訟的，法院應按照《行政訴訟法》的規定，將其作為行政訴訟案予以立案並進行審理。但是，法院正確的判決卻是沒有意義的。因為現行的立法解釋表明，環保局的這一處理不具有任何法律效力，只要當事人不服，當事人雙方必須提起民事訴訟。也就是說，無論環保局的處理是否正確，只要當事人異議，便是廢紙一張，法院無權對環保局的這一行政行為進行審查。申言之，對於環保局的不履行職責的行為，法院可以依法進行審查，要求其履行職責；但對於環保局履行職責的行為，法院卻不能進行審查。法院可以要求環保局履行職責，卻不能對其履行職責的後果進行裁判。這樣就等於以立法的形式賦予了當事人最終決定權，客觀上等於替代法院對於環保局的行為進行了效力認定，當事人可以依照自己的意志決定是否接受環保局的決定。
第二，一方當事人的請求權被剝奪。為了實現立法解釋的目的，即不要讓環保局成為被告，不少學者動了很多腦筋，也試圖從理論上加以論證。其中被認為最有說服力的理由就是，環保局的行為是一種準司法行為，它不是行政行為，它所進行的是行政調處而非直接的處理決定。因此，有人建議環保局在處理這類問題時應製作調解書而非下達處理決定書。這種理論的直接反應是在有的環境保護單行法中，使用了“調解處理”的字樣，似乎這樣就可以解決訴訟中的問題。但事情卻可能朝著意外的方向發展，申請人認為環境保護局的決定滿足了他的要求，不需要重新提起民事訴訟；而被申請人不服環境保護局的“調解處理”，他卻無從起訴，只能拒不履行。
我國《環境保護法》明確規定，當事人對環保局關於賠償責任和賠償金額的處理決定不服的，可以提起訴訟。顯然，當事人就包括申請人和被申請人雙方。如果認為不服決定的只能提起民事訴訟，這種解釋對申請人而言沒有問題，他完全可以作為民事訴訟的原告，提起損害賠償之訴。但如果被申請人對同一處理決定不服，提起的也是民事訴訟，那么這個民事訴訟中誰為被告，其訴訟請求是什麼呢?對被申請人而言，他不服的是環保局的處理決定，請求撤銷的也是環保局的處理決定，他不可能以原申請人為被告提起民事訴訟。而這種以環保局為被告的訴訟，也不可能是民事訴訟，在這裡環保局不是也不可能是民事主體。於是，法院根本無法受理原被申請人對調解處理不服的案件，被申請人的請求權實際上被剝奪了。
按照現行制度設計者思路，環境保護部門就環境污染損害賠償責任及賠償金額進行處理後，當事人不服的，可以向人民法院提起民事訴訟。這樣，既可以使環保局不當被告，又不影響糾紛雙方當事人的民事權益的實現。但是，這個看起來完美無缺的設計同樣隱含著極大的矛盾，給環境民事訴訟的順利進行造成困難，並可能給別有用心者造成可乘之機，這樣的環境法制度實施的結果有悖於環境法的立法目的。
證據問題也值得研究。通常情況下，污染受害人首先要求環保局對於污染進行調查處理，環保局會在接到污染受害人的檢舉或報告後直接從事調查取證工作並做出結論，但環保局就此所做調查及結論並非依法院委託或當事人委託而進行，它同樣是履行法定職責的行政行為，或者是一種行政確認行為。從民事訴訟的一般原理來看，任何民事訴訟主體無權動用國家公權力為自己的訴訟進行取證；其次，任何證據資料在未經開庭質證和認證之前，並不具有法律效力。環境民事訴訟按照這些原則進行，將遇到極大的困難。
(1)環保局作出的有利於受害人的確認，受害人據以提起環境民事訴訟。
根據受害人的請求，環保局經過調查，可能得出的一種結論是致害人的行為構成污染，應由致害人承擔賠償責任。受害人雖然不同意環保局關於賠償金額的決定，但他可以卻直接以此結論為依據提起環境民事訴訟。此時，環保局的確認就成為了環境民事訴訟中的證據。法院應如何對待這樣的證據呢?
由於環境民事污染損害賠償訴訟中原告一方處於明顯的弱勢地位，即使是適用無過錯責任原則要求被告舉證以及舉證責任倒置，也不能當然免除原告人所應承擔的舉證責任。現在原告已經向環境保護局申請了調查，環保局也依職權進行了取證並得出了結論，原告當然會以此作為向法院主張權利的主要證據(因為，在污染損害賠償訴訟中，要求原告人自己取得這些證據幾乎不可能)。如果法院不將環保局依職權進行調查的結論作為證據，原告無法提起民事訴訟。如果法院對於明顯有違民事訴訟基本原則，通過職權行為獲得的材料作為證據，那么這種訴訟還是不是民事訴訟?
若法院將其作為證據加以使用，進一步的問題是，對此證據如何進行審查?因為它並非接受法院或當事人的委託而作出的司法鑑定，而是一個具體行政行為，民事審判庭無權對行政行為的效力進行審查。如果不予審查就加以採信，則有可能出現一方當事人以此決定為證據提起民事訴訟，要求損害賠償；另一方當事人對此決定不服提起行政訴訟，要求撤銷環保局的行政確認行為。隨後就有可能出現民事審判庭以此為依據決定損害賠償，行政庭認為該確認違法而予以撤銷。這樣就必然出現事實上的對環保局同一行為的不同效力認定，並且都是由司法機關所作出的判斷的荒謬結果。如果允許民事審判庭對於環保局的具體行政行為進行審查，也可能出現十分尷尬的後果：法院依照民事訴訟程式審查行政行為並且由民事審判庭決定行政行為的效力。這樣的結果顯然不符合法治原則。
(2)環保局作出有利於致害人的確認，被告據以要求免責。
環保局經過調查，可能產生的另一種結論就是致害人的行為不構成污染，雖然其行為造成了損害後果，但卻不應承擔賠償責任。對於這種結果，受害人不服，卻不能提起環境行政訴訟。只好拋開這個對他不利的調查結論，以自己實際受害為由提起環境民事訴訟。但由於民事訴訟中雙方當事人都具有趨利避害的本性，被告卻會以環保局作出的有利於自己的調查結論作為證據，要求免責。不管法院在民事訴訟中最終是否採信，卻也同樣存在是否將其作為證據使用以及是否對其進行審查以及如何審查的問題。因此，在第一種情況中出現的尷尬同樣可能出現。
環境行政調解制度的完善
(一)調解失敗之後的民事訴訟中的證據當事人拒絕繼續調解或者在主管行政機關作出相關調解結果檔案之後不接受調解結果的，可以對方當事人為被告提起民事訴訟，從而產生證據問題。現行法律法規對於在環境行政調解失敗之後的民事訴訟中如何使用證據，沒有明確的規定。我們提出如下分析：
對於主管行政機關在調查取證階段收集的證據，當事人可以請求主管行政機關提供，也可以申請人民法院調查收集。由於這些證據是主管行政機關在履行行政職責的過程中收集的，人民法院應當賦予較高的證明力，但是應當允許當事人提出反證。
當事人在行政調解程式中從私法角度提出的進一步證據以及行政機關根據當事人的請求從私法的角度進一步收集的證據，具有與其他證據相同的證明力，當事人可以重新向法院提供，經當事人質證之後，由人民法院採信。
(二)環境行政調解協定的效力
我國環境法賦予了環境管理機關調解環境糾紛的權利，但是如果調解結果不具有較高的法律效力，行政調解就失去了意義，難以調動環境管理機關以及當事人通過行政調解程式解決環境糾紛的動力。
為了發揮環境行政調解的作用，有必要賦予環境行政調解協定至少與人民調解協定相同的效力。最高人民法院已經通過司法解釋的形式，確認人民調解協定具有契約的性質和效力。與人民調解委員會相比，環境管理機關在環境技術以及環境法律方面具有更高的專業能力，能夠更好地處理環境爭議。立法機關以及最高人民法院應當作出與最高人民法院《關於審理涉及人民調解協定的民事案件的若干規定》相似的規定，具體而言，主要包括以下方面：第一，當事人簽署的行政調解協定具有民事契約的性質和效力；第二，當事人可以提出協定無效、可撤銷、可變更的法定事由並承擔相應的舉證責任；第三，具有債權內容的調解協定，公證機關依法賦予強制執行效力的，債權人可以向被執行人住所地或者被執行人的財產所在地人民法院申請執行。
以上建議與現有的相關法律規定、司法解釋以及全國人大法制工作委員會的批覆並不矛盾。相關法律已經授權環境管理機關調解環境爭議，可以理解為包含賦予調解協定一定法律效力的含義。司法解釋以及全國人大法制工作委員會的批覆規定環境行政調解不屬於行政訴訟的受案範圍，不能以作出處理決定的環境保護行政主管部門為被告提起行政訴訟，但是並沒有否定調解協定的契約性質。現有法律規範對於承認行政調解協定的契約性質，留下了充分的空間。
(三)環境行政調解與行政處罰之間的關係
環境主管行政機關主持的環境行政調解不同於該行政機關作出的行政處罰。前者是行政機關的一種居問調解行為，行政機關不行使行政強制力；後者是行政機關根據規範性檔案的規定，對違法行為行使行政強制力的行為。前者的結果沒有強制執行力，而後者的結果具有強制執行力。當事人不接受前者的結果的，可以提起民事訴訟；當事人不接受後者的結果的，只能以行政機關為被告提起行政訴訟。
但是，環境行政調解與行政處罰也存在密切的聯繫。同一個環境污染行為不僅可能侵犯其他民事主體的環境權益，而且也可能違反具有行政法性質的環境保護法律規範。對於前者，主管行政機關有權根據當事人的請求，居間調解；對於後者，行政機關有權對該行為加以處罰。對於同一個污染行為，主管行政機關可以行使兩種不同性質的權力。
從這個角度看，在調查取證階段，主管行政機關主要是行使行政公權力。在主管行政機關發現發生污染事故或者接到發生污染事故的報告後，應當展開調查，收集相關證據。雖然調查取證構成了將來可能進行的行政調解的基礎，但是主管行政機關在調查取證時，主要是履行保護行政相對人環境利益的法定職責。正是由於該原因，調查取證應當被認為是一個具有公法性質的行政行為，因此主管行政機關在調查取證時，行政相對人不得拒絕。調查取證雖然構成了環境行政調解的基礎，但是並不是環境行政調解的一個組成部分。
在完成調查取證工作之後，主管行政機關需要對收集的證據根據不同的目的進行法律認定。主管行政機關擬採取行政處罰措施的，應當從公法的角度，根據相關法律規定，認定污染行為是否應當被處以行政處罰。如果當事人提出調解要求的，主管行政機關才可以開始調解程式，並應當從私法的角度，分析污染行為是否侵犯了受害者的具有民事權利性質的環境利益並且應當承擔《環境保護法》第41條規定的賠償責任。對於“賠償責任”，應當從私法的角度加以理解。具體而言，在認定賠償責任時，應當分析污染行為是否構成侵權行為，受害人是否遭受損害，侵權行為與損害結果之間是否存在因果關係。
在認定責任之後，主管行政機關應當根據當事人的請求，認定污染行為對直接受到損害的民事法律主體造成的損失，或者在主管行政機關的主持下，協商確定賠償的數額。根據意思自治原則，即使在主管行政機關根據當事人的請求認定損失金額之後，當事人也可以通過協商另行確定賠償金額。
在認定賠償責任和賠償金額時，當事人還可以進一步從私法的角度提供證據，主持調解的主管行政機關應當從私法的角度對這些證據加以認定，確定證據的合法性、關聯性、證明力等事項。該階段不同於調查取證階段的證據收集程式，當事人提供的證據以及主管行政機關根據當事人請求收集的證據在性質上也不同於調查取證階段主管行政機關通過行使公權力收集的證據。
對於行政處罰和行政調解的順序，法律法規沒有明確規定。如果主管行政機關認定污染行為應當被加以行政處罰，同時也對其他民事主體造成了損害，主管行政機關是同時進行行政處罰行為和行政調解行為，還是先實施行政處罰，然後再進行行政調解，存在兩個不同的選擇。相關法律法規並沒有規定主管行政機關應當同時實施兩者，或者不應當同時實施兩者。在實踐中，有的主管行政機關在發現當事人申請調解的污染行為同時也應當被處以行政處罰的，中止行政調解，在行政處罰決定生效之後再進行行政調解。參照《治安管理處罰法》第9條，對於違反環境管理規定應當予以行政處罰但是情節較輕的生活環境損害，如果同時也引起的環境民事爭議，經環境主管機關調解，當事人達成協定的，不予處罰；經調解未達成協定或者達成協定後不履行的，環境管理機關應當依照本法的規定對違反治安管理行為人給予處罰，並告知當事人可以就民事爭議依法向人民法院提起民事訴訟。
