主要職責：
負責部機關政務綜合協調和監督檢查。協助部領導組織協調部機關日常工作，協調部領導公務活動。協調總工程師、核安全總工程師公務活動。擬定部機關工作制度並監督執行。負責部機關值班和部領導秘書工作。負責部機關文電、檔案、密碼、印章、機要、保密、安全、保衛、消防和電子政務、政務公開、信息安全工作，並指導派出機構、直屬單位和地方環境保護行政主管部門相關工作。負責黨中央、國務院和部組織召開的綜合性環境保護會議的組織協調和有部領導出席的全國環境保護專業性會議的方案審核與指導。起草全國環境保護綜合性會議檔案和其他重要檔案、報告、講話。審核以部名義對外發布的公報及重要文獻。組織開展和協調綜合性調研及重大專題調研。組織編報政務信息專報。組織開展重要環保政務督查，承辦中辦、國辦及中央有關部門的聯合督查工作。負責部機關信訪工作，組織辦理民眾來信、來訪和人大建議、政協提案，並指導環境保護系統信訪工作。歸口管理環境信息和信息化工作，參與建設並組織管理全國環境信息網。組織公務接待工作。
內設機構
1、總值班室（保衛處）
承擔部機關值班、印章刻制管理以及安全、保衛、消防和來訪公務接洽工作；編報部值班信息；指導在京派出機構、直屬單位安全保衛工作；管理部機關工作證件和車證；聯繫部機關後勤工作。
2、部長辦公室（簡稱部長辦）
承擔部領導秘書工作；協調部領導公務活動；協調總工程師、核安全總工程師公務活動；承擔部機關工作制度建設工作；組織協調與管理全國性重大會議、活動；承擔部長專題會議的組織協調和紀要的起草；督查部領導指示精神落實情況；編髮部昨日情況。
3、綜合處
承擔廳內文電、會務、機要、保密、安全、印章、檔案、財務預算、固定資產管理、政務信息與公開、工作計畫與總結等綜合性事務和綜合協調工作；聯繫機關各部門綜合處或辦公室；承擔部務會議、部常務會議的組織協調和紀要的起草。
4、文秘檔案處（保密處）（簡稱文檔處）
承擔部機關文電、檔案、密碼、印章使用、機要、保密等管理工作；指導和管理部機關公文運轉工作；指導派出機構和直屬單位公文、保密工作；指導環境保護系統檔案工作。
5、信息化辦公室（簡稱信息辦）
擬訂和組織實施信息化規劃、計畫；承擔部機關電子政務、信息安全和信息化管理工作；參與建設並組織管理全國環境信息網；指導環境保護系統電子政務、政務公開、信息化和電子公文遠程傳輸使用工作。
6、研究室
起草全國綜合性會議檔案和其他重要檔案、報告、講話；起草部工作計畫和總結；審核重要檔案和講話材料；組織開展重大專題性調研；編報政務信息專報，指導環境保護系統政務信息工作。
7、政務督查室（簡稱督查室）
承擔部機關政務督查工作；督促檢查部系統貫徹落實黨中央、國務院關於環境保護重大部署及部重點工作的情況；協調組織開展環保政務督查活動；組織並督查人大建議、政協提案的辦理工作。
8、信訪辦公室（簡稱信訪辦）
擬訂信訪規章制度並監督執行；承擔部機關信訪工作；辦理民眾來信、來訪工作；分辦、督辦信訪事項；承擔信訪統計、分析工作，編寫月報；指導環境保護系統信訪工作。
