主要職責
擬定排污申報登記、排污收費、限期治理等環境管理制度，並組織實施。負責環境執法後督察和掛牌督辦工作。指導和協調解決各地方、各部門以及跨地區、跨流域的重大環境問題和環境污染糾紛。組織開展全國環境保護執法檢查活動。組織開展生態環境監察工作。組織開展環境執法稽查和排污收費稽查。組織國家審批的建設項目“三同時”監督檢查工作。建立企業環境監督員制度，並組織實施。負責環境保護行政處罰工作。指導全國環境監察隊伍建設和業務工作。指導環境應急與事故調查中心和各環境保護督查中心環境監察執法相關業務工作。
內設機構
根據上述職責，設5個內設機構。
1、辦公室
承擔局內文電、會務、機要、保密、安全、印章、檔案、財務預算 、固定資產管理、政務信息與公開、工作計畫與總結等綜合性事務和綜合協調工作；組織擬訂環境監察與稽查的政策、法規和規章；指導全國環境監察機構的隊伍建設；組織“三同時”監督檢查工作；建立企業環境監督員制度。
2、排污收費管理處（簡稱排收管理處）
擬訂排污申報登記、排污收費的政策、法規、規章、制度，並組織實施；建立和管理全國重點污染源數據系統。
3、監察稽查處（簡稱稽查處）
監督國家環境保護規劃的執行；督辦重大環境污染違法案件；組織全國環境保護執法檢查活動和環境執法稽查；指導環境保護系統環境執法工作；組織實施掛牌督辦、限期治理、後督察工作。
4、區域監察處（簡稱區域處）
組織開展生態環境監察工作和農村環境執法工作；督辦重大生態破壞案件；協調解決跨省區域流域環境問題和環境污染糾紛；指導環境保護督查中心環境監察執法相關業務工作。
5、行政執法處罰處（簡稱處罰處）
組織實施環境行政處罰工作；承擔環境違法案件的審查、處理和處罰，並監督行政處罰的執行；組織行政處罰聽證工作。
