傳染病醫療中心位於瑪嘉烈醫院EF座大樓對開斜坡,樓高17層,樓面總面積達21,600平方米,其中8層是負氣壓隔離病房,提供108張隔離病床,其中14張為深切治療病床。各病房以獨立隔離病室組成,每個病室設一或兩張病床,病房安裝雙重負壓電動互鎖門,並配以負壓空調及高效能空氣過濾系統。病房設獨立更衣區(潔淨與污染區),同時亦設有獨立淋浴室與廁所,醫療中心的空氣先經過高效能空氣粒子過濾系統消毒才排放,而排污系統加設自動消毒系統,經消毒的污水才排放往公共污水渠。傳染病中心設連線橋,貫通醫院EF座、G座及P座大樓。
衛生防護中心設辦公室於傳染病中心內,中心設有生物安全第三等級臨床實驗室及放射診斷設施(包括XK光機及電腦素描間)。
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