自然條件
中華白海豚珠江口水域是中國中華白海豚分布最密集和擁有資源數量最多的區域。這裡能成為海豚棲息活動的密集區，主要得益於珠江口得天獨厚的環境資源，為中華白海豚提供了生息、繁殖的有利條件。
珠江口水域水溫和鹽度條件適中、水質肥沃，適宜中華白海豚的生存繁衍。珠江是中國華南地區最大的河流，年逕流量達3124億立方米。珠江出海口所在的伶仃洋水域寬廣，氣候溫和。這裡的自然條件，尤其適合習慣於在熱帶和亞熱帶河口地區生活的中華白海豚。豐富的生物資源給多種魚類生物提供了天然產卵和繁育環境。珠江口伶仃洋水域屬熱帶和南亞熱帶河口區，水產資源非常豐富。根據南海水產研究所對珠江口的漁業資料，在一項周年調查中就鑑定了154種魚類，1993年的海島海域漁業資源調查顯示，珠江口水域出現的槍烏賊類有15種，甲殼類30餘種。大鏟島以南萬山群島以北一帶水域中游泳生物資源蘊藏量可達1萬噸以上，為中華白海豚的棲息繁衍提供了充足豐富的餌料基礎。
保護區的核心區域自然性相對較高，生態環境較為理想。島岸周圍沒有漁港和大型工業設施。內伶仃島自建國來島上長期沒有常住居民，也沒有對島岸周圍進行經濟開發。因此，內伶仃島沿岸保持相對較高的自然度。而香港大嶼山西側在新機場建設前也一直未被開發。在香港新機場建設過程中發現附近19頭死亡的中華白海豚後，香港特區政府注意到了中華白海豚的保護問題，在回歸後建立了海岸公園，直到現在，在大嶼山西側的沙洲和龍鼓洲附近仍保持一小段自然岸線。廣東省政府發布的嚴禁在“經濟魚類繁育場”和“幼魚、幼蝦保護區”內拖網作業法規也在最大限度上保持了保護區的自然度，維護了保護區一帶海底生態的自然性。這就是中國種群數量最大的中華白海豚保護區。
建設規劃
珠江口中華白海豚自然保護區規劃圖由於歷史的原因，長期以來，人們一直沒有意識到保護海洋珍稀和瀕危物種、海洋生態系統、海洋資源的重要性。1988年，國家務院頒布的《中華人民共和國重點保護野生動物名錄》把中華白海豚列為國家一級重點保護動物，同時也列入瀕危野生動物國際貿易公約。中華白海豚的搶救保護工作正式拉開了帷幕。
為建設好珠江口白海豚保護區，廣東省海洋與漁業局先後投入了幾百萬資金，組織中國水產科學院南海水產研究所和省海洋與漁業環境監測中心在珠江口開展了中華白海豚資源和分布的周年調查，取得二萬多張現場照片等第一手資料，為自然保護區邊界的劃定和今後的工作奠定了基礎。同時，撰寫了珠海口中華白海豚自然保護區綜合科學考察報告和自然保護區建設規劃；組織成立了閩、粵、港、台保護中華白海豚工作交流協調會，開展交流、學習經驗，使中華白海豚自然保護區的建設和管理工作有序的進行。通過長時間的探索、學習、觀察，不斷提高科學管理水平，進一步實現對該珍稀瀕危物種的有效保護。工作人員還多次走訪海島、漁村，向漁民解釋和宣傳國家、省及保護區的有關法規、條例、辦法等，並開展了一系列中華白海豚保護專項活動。
珠江口中華白海豚國家級自然保護區的建立不但最大限度的減少了人為干擾，在挽救瀕危的白海豚種群同時，也保護了珠江口水域自然環境的生物多樣性，修復了海洋生態系統，增殖了漁業資源，為經濟可持續發展提供了保障。
功能劃分
珠江口中華白海豚自然保護區旅遊資源a、核心區：面積140平方千米，是原生自然景觀最好的地方，是遺傳基因庫的精華所在，需採取絕對的保護措施，免受人為的干擾破壞。核心區作為深入研究生態系統自然演化的場所，可為人們提供各種標準的“本底”資料。因此，禁止任何船隻進入該區域內從事可能對資源造成直接危害或不良影響的活動；若確因科學研究需要進入該區域的，須向保護區管理局。
b、緩衝區：面積128平方千米，位於核心區的周圍，其作用是保護核心區免受外界的影響和破壞，起到一定的緩衝作用。經廣東省海洋與漁業局批准，在保護區管理局統一規劃和引導下，可有計畫的組織經濟開發活動。
c、實驗區：面積192平方千米，位於保護區的邊緣，以發展本地區特色的生產經營為主，如發展自然保護區野生動物飼養與馴化等，建立資源多層次綜合利用的生態良性循環體系。經保護區管理局批准，可在劃定範圍內適當組織生態旅遊、科學考察、教學實習等活動，但不得危害資源和污染環境。
發展方向
珠江口中華白海豚自然保護區領導機構由於珠江口環境污染，白海豚的生存環境受到嚴重的威脅。1999年10月，廣東省政府批准成立了珠江口中華白海豚省級自然保護區，劃定珠江口伶仃洋里從內伶仃島至牛頭島之間的460平方公里水域為保護區。這次珠江口中華白海豚自然保護區成為國務院新批准的29個國家級自然保護區之一，從而使廣東省有了惠東國家級海龜自然保護區和珠江口國家級中華白海豚自然保護區2個國家級海洋野生動物保護區，全省的國家級自然保護區達到了9個。為了做好白海豚保護區的工作，廣東省將聯合港澳三地力量，共同保護中華白海豚這一珍稀物種，擬定以下發展目標：（1）堅持依法管理，形成自然保護區的科學管理體系，與香港特別行政區漁農署協調一致，保護好該區域內的白海豚資源，海洋生態系統和生物多樣性；（2）負責解釋、落實國家和省頒布的相關法規、條例、辦法等，向廣大漁民和行船人員宣傳普及法律條文；（3）堅持日常巡航視察與突擊聯合執法行動相結合，有效制止對白海豚資源的破壞行為；（4）維護保護區的合法權益，加強對保護區域內海洋建設工程項目的監管，避免或減少對白海豚資源及其生。
社會意義
科考人員