抗戰期間曾任第1戰區第7游擊支隊4大隊大隊長，1945年任河南滑縣人民自衛軍司令，抗戰勝利後任河南省保全第4總隊上校總隊長，1946年3月任鄭州綏靖公署豫北先遣總隊總隊長，9月任河南省保全第2旅少將旅長，1947年任豫北剿匪指揮官，1949年1月任第40軍第9縱隊司令， 5月7日在河南安陽被俘，5月25日在河南安陽被處決。王三祝1926年出生在一個地主家庭。12歲考入衛輝豫北私立中學，15歲考入國民黨中央陸軍軍官學校洛陽一分校步兵科，畢業後分配到商震部隊任少尉排長。不久，王三祝找藉口返回滑縣，在其父手下當參謀。
王三祝的父親王泰恭在滑縣當過聯保主任。1938年日軍占領豫北後，打起“抗日”旗幟的王泰恭招兵買馬，拉起一支約2000人的隊伍，下編4個大隊。這支打著“抗日”招牌的烏合之眾，畏敵如虎消極抗戰，卻勾結偽軍殘害我抗日根據地軍民，破壞我黨減租減息、鋤奸反霸的鬥爭，成為民眾痛恨的日軍幫凶。為鞏固抗日根據地，我冀魯豫軍區的部隊於1944年12月25日圍殲並擊斃了王泰恭。王三祝帶領其父殘部百餘人南逃封丘，收容殘匪擴充隊伍，以後又重新組建3個大隊，並在滑縣黃德集成立所謂的滑縣人民自衛軍，自任司令。王三祝的部隊沒有供給來源，衣物糧草全靠搶劫補給，成為地地道道的土匪，附近民眾幾乎沒有不被搶過的，老百姓深受其害，對他恨之入骨。
日本投降後，王三祝通過軍統特務王見善，以請客送禮打通河南省保全司令劉藝舟的關節，弄到一個河南保全第四縱隊上校縱隊長的頭銜。長垣、封丘、延津三縣交界地明確為他的防區，這個土匪頭子頓時覺得腰粗氣壯，於是將殘存的“皇協軍”吳藍田、王樹林、趙福久、趙漢卿等部土匪加以收編，兵力迅速擴充至3000餘人，編為5個大隊。
自以為找到靠山的王三祝，巳成為豫北一支較大土匪武裝的首領。隨著實力的膨脹，他的野心也越來越大。為了實現在自己老家建立封建統治以光宗耀祖的美夢，王三祝急不可待地突擊拼湊地方政權班子，將自己的副司令以下軍官及親信分別委以“縣長”、“保全司令”、縣府各科和鄉鎮官員，甚至連各種印鑑、行政區劃地圖也準備妥當，單等“接管”滑縣政權。
為了“接管”更加名正言順，王三祝用重金買通國民黨鄭州綏靖公署主任劉峙，並多次給劉峙寫信獻媚，表示願意充當進攻解放區的馬前卒，配合國軍北上。劉峙即以“綏靖公署”名義任命王三祝為豫北先遣縱隊上校縱隊長。
1946年9月中旬，鄭州綏靖公署新任主任顧祝同以15個師的兵力分三路進攻冀魯豫解放區。王三祝奉命將自己的2個團配屬國民黨大部隊，他組織特工人員利用人地皆熟的條件，蒐集情報提供給國民黨部隊。在藉助國民黨軍力占領滑縣後，王三祝把全縣劃為4個“防剿區”，每個“防剿區”轄4個鄉鎮保甲隊。“防剿區”主任由他各派1名營長擔任，這樣滑縣軍政大權就落在王三祝手中。隨之，他又將勢力向鄰縣擴展，派親信擔任了濬縣、濮陽、延津、封丘、淇縣、長垣等縣的保全團長，僅幾個月的時間，他就把7個縣的軍事大權操在自己手中，建立起割據性很強的土匪政權。王三祝在拚命擴充地盤的同時，大量收編土匪、地主武裝，很快就有8個團和6個縣保全團的本錢，他自覺羽翼豐滿，就蠢蠢欲動，向共產黨領導的地方武裝頻頻發起進攻。
顧祝同和劉藝舟對王三祝的反共才幹頗為賞識，先後封他為“豫北剿匪總指揮”、“第12綏靖區副主任”，授中將銜，兼河南第三區、第四區兩個行政督察專員公署的聯合警備司令。這個二十歲剛出頭的土匪頭子搖身一變，竟成了國民黨的高級將領。經國民黨河南省政府主席劉茂恩的保薦、顧祝同的吹捧，王三祝的名字傳到了蔣介石的耳朵里。蔣介石親自批准王三祝為國民黨立法委員，並單獨接見他，讓他參加總統就職典禮。國民黨的中央畫報還刊登了王三祝和其父的照片。一時間，王三祝儼然成了風雲人物，他對國民黨和蔣介石感恩不盡，反共更加賣力。
這時的王三祝野心愈來愈大，他不但想獨霸豫北，還企圖稱雄河南。為實現其政治野心，他不擇手段又弄到一個河南省參議員的頭銜，還在省府開封西棚板街設立駐省辦事處，並將搶劫搜刮來的民脂民膏大多運藏於開封，作為通融關節行賄之用。此外，他招攬蔣軍編餘流散軍官、聘請社會名流、培訓爪牙、糾合黨羽、培植個人勢力。為改造土匪武裝，提高其戰鬥力，他採取了一系列措施：建立思想控制的政工系統；實行軍銜及軍人手牌銓敘制；組建軍需、參謀、聯絡、書記、副官、軍械、軍醫、軍法等八大處。加緊練兵，以備“清鄉”鎮壓人民。
然而，土匪的本性是不會改變的。王三祝得勢後，在豫北廣大地區欺壓百姓、姦淫婦女、燒殺搶劫、無惡不作，對人民欠下了一筆筆血債。
1946年9月，王三祝趁解放軍大部隊轉移之際，指揮匪部先後偷襲我衛南縣（新劃縣）2個區聯防中隊和濱河縣（新劃縣）縣大隊。戰鬥中我地方武裝失利，大隊長裴孟周被殺害。接著王三祝又率其匪眾接連打散我一些新建的聯防隊和民兵基幹隊，反動氣焰極為囂張。他在鄉間大肆搜捕共產黨員和農村幹部，審問拷打的手段極其殘忍，有的挖眼，有的斷手，有的割耳，施以槍殺、活埋、砍頭。王三祝甚至發出通知“一律就地槍決，勿須報批。”1946年12月29日，給部隊籌措給養的滑縣獨立團戰士劉鳳林和民兵隊長姚永奇不幸被俘。二人寧死不屈，大罵王匪，匪徒們一擁而上，用鐵叉把他倆扎得血肉模糊，劉鳳林和姚永奇壯烈犧牲。僅1946年後4個月的時間，王三祝匪部就殺害我幹部、黨員、武工隊員及革命民眾800多人，關押3000多人。
1947年3月，我晉冀魯豫野戰軍實施豫北反攻作戰，兩個月殲敵4萬餘人，解放9座縣城和廣大地區。王三祝心驚膽戰被迫率匪部從滑（縣）、封（丘）、延（津）交界地區逃至新鄉東南孟營一帶，暫時逃脫了被殲的命運。1947年6月，我晉冀魯豫野戰軍強渡黃河，千里躍進大別山以後，豫北只留下地方武裝堅持鬥爭。王三祝以為有機可乘，於是猖狂反攻倒算，帶領匪部橫行無忌，打家劫舍搶糧抓丁，不斷襲擊我地方政權和武裝，破壞解放區建設。1947年10月，我延津縣第5區武工隊百餘人在延津白道鄉王四坡村被王匪包圍。隊員們與匪激戰並突出重圍，王匪指揮匪徒追擊15里。由於匪部有騎兵速度快，武工隊被俘40多人，其中28人被匪徒掏心挖肝肢解。排長袁克柱怒斥匪徒，被敵人割去舌頭後釘到常興集西寨門上示眾。同年11月，我滑縣第6區武工隊被王匪偷襲，被俘107人。在滑縣明店村打麥場上，匪徒將他們按職務高低、參加革命的時間長短排好順序後，當眾依次將40多人砍頭，以此威脅民眾。
面對王三祝匪幫的猖狂襲擊，我冀魯豫軍區第四分區部隊和地方武裝一方面加強情報工作，防敵襲擊避免損失，另一方面尋找戰機打擊土匪。1948年6月，第四分區司令員張公幹率領第356團和基幹第2團、河防營到原陽執行戰鬥任務。折回延津時接偵察員報告，延津以北之平陵、通村一帶住有王三祝匪部。時巳午夜，張公幹當即決定於次日拂曉進攻該敵。隨後緊急部署，部隊連夜出發將匪部包圍。清晨，第356團開始進攻，但匪部火力很強，久攻不克。雙方戰至中午仍相持不下，張公幹看到長時對峙下去對我軍不利，便命令撤出戰鬥。匪部也不敢戀戰匆匆逃竄。由於軍分區兵力不足，獨立作戰吃不掉王三祝匪部，雖有幾次戰鬥也未能給其以殲滅性打擊。
1948年下半年，解放戰爭的形勢發生重大變化，我人民解放軍巳在各個戰場逐次轉入戰略反攻。6月開封解放，王三祝在開封西棚板街的兵站及庫存資財全被繳獲。他聞訊後驚恐不安，因為賴以生存的儲備及後路都巳蕩然無存。隨後，鄭州與新鄉間的交通也被解放軍切斷。王三祝在豫北的處境每況愈下，完全處於被動挨打的局面。他不得不放棄他的所謂“游擊戰術”，築城固守以苟延殘喘。此時，王三祝的十幾個團龜縮在新鄉以西方圓不到5公里的狹小地區內，給養經常發生恐慌，他派出搶糧的部隊成營、成團的被殲。
王三祝自知雙手沾滿人民的鮮血，難逃歷史的懲罰，於是困獸猶鬥作最後的垂死掙扎。1948年8月下旬，國民黨軍整編第40師師長李振清親率該師4個團及王三祝的3個團，由新鄉向滑縣解放區進犯。我第四分區部隊配合冀魯豫軍區第14縱隊堅決予以反擊。經過激烈戰鬥，敵師長李振清被擊傷，敵師參謀長尹繼長被擊斃，敵人的進攻被擊退。9月1日晚，敵整編第40師及王三祝匪部趁暗奪路逃回新鄉。這次阻擊戰，粉碎了敵人在豫北打通南北交通的企圖，被近龜縮在安陽、新鄉二座孤城。
1949年1月21日，敵由整編第40師改為第40軍的第316團團長龐慶振率守城各部隊組成“東進縱隊”，以王匪為先導，到延津、濬縣等地搶糧。我冀魯豫軍區第14縱隊和四分區武裝聞訊，在延津、濬縣、滑縣交界處的一個河灣里將敵人截住。戰鬥打響後，王三祝見勢不妙，趁亂率匪部倉皇逃回新鄉。在我軍猛烈打擊下，龐慶振率第316團、318團、冀保第12團等2500人宣布戰場起義。這一仗對新鄉之敵是個沉重打擊，敵人軍心動搖，互相猜疑，各謀生路。這時，王三祝髮現國民黨第40軍有起義跡象，即向華中“剿總”發出告密電，不料被新任第40軍軍長李希晨察覺。李希晨對王匪產生怨恨，命令凡空投物資一律不分給王匪部，於是王匪與第40軍矛盾越來越深。
1949年2月，淮海、平津戰役勝利結束。新鄉之敵唯一的生路就是乘飛機南逃。為防止敵人從空中跑掉或空運增援，我冀魯豫軍區第14縱隊決定奪取新鄉飛機場。2月17日下午，王三祝匪部第5團配合新組建的國民黨軍第316團1個營向第14縱隊陣地反撲。我軍南北夾擊，經激烈戰鬥敵人被打退，我軍趁勢奪取了飛機場。王三祝怕在城外被解放軍消滅，要求進城卻遭到國民黨第40軍的拒絕。王三祝覺得當“國軍”受制於人，還是走老路當土匪自在，所以決定拉出去西竄太行山，妄圖依靠山地複雜地形，繼續與人民為敵。
1949年3月10日拂曉，王匪3000餘人傾巢出動，離開新鄉向東逃竄。太行山位於新鄉西北，王匪卻故意向東跑，這是他為轉移我軍注意力耍的聲東擊西花招。我方設在匪司令部駐地孟家營的情報站及時報告了王匪逃走的訊息。冀魯豫軍區指示由第四分區司令員張公幹率356、357團配合軍區獨立第2旅向王匪逃跑方向追擊，務求全殲。同時，軍區將有關敵情通報豫北有關部隊，要求緊密配合，實行圍追堵截。
王三祝匪部沿途大肆搶劫，燒殺擄掠，先後打死、活埋我滑縣工商局長李裕民、稅務局長賈慶仁和區村幹部、民兵、民眾等四五十人，搶走糧食20餘萬斤。王匪到達滑縣八里營一帶後，折頭向北穿濬縣進入湯陰，25日在菜園集繞了個圈子又向宜溝一帶逃竄。當地民兵早巳嚴陣以待，在宜溝西南痛擊王匪，斃敵50多人。王三祝遂又率部過平漢路，渡淇河竄到龐莊一帶。張公幹率部抄近道追擊，到大賚店時發現王匪巳竄入太行山區。張公幹立即命令部隊越過鐵路構築工事，防止土匪回竄，同時與獨立第2旅聯繫準備進山剿匪。太行山區是老解放區，這裡的民眾和民兵久經戰火鍛鍊。他們聞訊土匪流竄到此，立即組織民兵對王匪攔截阻擊。王匪無法突入難以立足，只好又往回逃，從太行山口竄出後搶占了山口的黃洞村。第四分區356團當即發起進攻，經半小時戰鬥殲匪大部，王三祝率殘部乘夜暗奪路向東逃竄。
剿匪部隊乘勝追擊，不給王匪以喘息之機。王三祝惶惶如喪家之犬，向東北經湯陰進入內黃，見難以擺脫我軍追擊只得又向西折，4月1日竄進安陽，再次由匪變成“國軍”。王匪逃入安陽後，馬上和原駐安陽的河南省第一區行政督察專員趙質寰、保全旅長郭清等一起整頓隊伍，加修工事，企圖負隅頑抗。
1949年4月中旬，參加完平津戰役的我勝利之師四野第42軍南下途經安陽，聞知守敵還在固守城池，遂向敵展開軍事、政治攻勢，迫敵投降。但死心塌地與人民為敵到底的王三祝十分頑固，斷然拒絕投降，叫囂要與安陽城“共存亡”。4月17日，第42軍攻城部隊迫近城郊，並於25日前先後用猛烈炮火掃清了城郊的明碉暗堡。5月5日拂曉，我軍向安陽守敵發起總攻。敵人拚死頑抗，戰鬥十分激烈。王三祝企圖突圍，將四面城門大開全面出擊，但都被我軍猛烈火力所擊退，使這一狡猾的悍匪終於未能跑掉。我第42軍當天攻入城內，5月6日安陽解放，俘虜王三祝等部萬餘人，其中團以上軍官30餘人，包括專員趙質寰、旅長郭清等。
幾次逃脫的王三祝在解放軍破城前，在其小老婆幫助下躲進地道。我軍解放安陽後，深入發動民眾，宣傳黨的政策，在廣大民眾的積極協助下，我軍將隱藏的王三祝從地道中抓獲。1949年5月25日，新鄉市軍管會在平原體育場召開公審匪首王三祝大會，三萬多民眾參加。滑縣、長垣、封丘、延津等縣的被害人家屬代表30多人登台，聲淚俱下控訴殺人惡魔王三祝的罪行。全場群情激憤，恨不得把王三祝千刀萬剮。會後，王三祝被押赴刑場槍決，飽受王匪之害的豫北人民報仇雪恨的願望終於得以實現。
