歷史沿革
清光緒二十九年（1903年），中東鐵路交付運營初期，牡丹江站（今牡丹江市文化宮附近）為五等站。
民國23年（1934年）12月，東北淪陷後，牡圖鐵路鋪軌到牡丹江，設立寧北站（今牡丹江站）。 同年，牡丹江站老站舍開建，於民國28年（1939年）10月23日全部完工並交付使用，1989年10月舊站舍拆除。
民國24年（1935年）7月1日，牡圖鐵路正式營業後，寧北站改為牡丹江站，濱洲鐵路的原牡丹江站改稱南牡丹江站。
民國26年（1937年）6月，南牡丹江站廢棄。
牡丹江站中華人民共和國建立後，牡丹江站貨運量和旅客乘降不斷增加，到1988年，日均裝車59.4輛，卸車222.9輛；全年貨物傳送93.3萬噸，貨物到達373.3萬噸。
1990年6月15日，牡丹江站新站舍破土動工，1991年9月15日竣工。新站舍為二層樓，坐北朝南，建築面積10054平方米。
1998年12月30日，牡丹江站北站站舍建成並投入使用，建築面積1046.82平方米。
2000年，牡丹江站南站第三候車室改為軟席候車室，售貨部改為第三候車室，軟席候車室改為第二貴賓室。
哈牡高鐵2004年11月，牡丹江站南站舍改建裝修，站房樓頂東西兩側各增設大型電子鐘。
2016年年初，作為哈牡客專工程的終到站，牡丹江站綜合改造項目全面開工，預計2018年年末對外開放。
2016年3月30日，牡丹江站搬到老站東側的過渡站房裡做臨時站，3月31日老站開始進行改造。
2018年10月14日，牡丹江站正式啟用出站廳及東側站前廣場。
建築規模
建築設計
•設計理念
牡丹江站設計體現中東鐵路百年歷史風格，將哈爾濱、牡丹江和綏芬河三站的風格有機結合，借鑑俄羅斯等歐洲國家的建設風格，體現牡丹江站的歷史性、標誌性和門戶性。牡丹江站新站站房房頂設計為圓弧結構。牡丹江站設計為高架候車旅客車站，主要包含旅客購售、候車乘車功能、進出站功能、行包辦理功能以及部分鐵路運行設備用房、車站辦公等。
•設計參數
截至2016年4月，牡丹江站站房總面積2.9萬平方米，包括側式站房和線上候車廳兩個部分，側式站房面寬長為173.1米、寬39.6米、主體高36米，規模約1.42萬平方米，為多層建築，設計為3層（局部為4層）。線上候車廳設計長193米，寬71米，規模約1.38萬平方米。
整體布局
牡丹江站的布局為“一條軸線，兩個中心”，即以站房中心裡程及對應太平路為主軸線，在主軸線上設定南、北兩個站房及廣場。 旅客可通過南、北兩個入口進入南站房、高架站房，在入口處經過安檢後，乘坐兩側電梯直達高架候車廳，旅客在這裡辦理檢票、候車、行包託運等業務，穿過寬敞明亮的高架候車廳下樓梯抵達各個站台乘車。
截至2018年9月，旅客持票進站後，可見站內設定的28個檢票口，旅客可通過其中的14個高鐵檢票口進入高架候車廳。牡丹江站還設定了自動扶梯30部，其中站房內部為23部、地道內為7部。
牡丹江站出站廳位於牡丹江站南站房的東側，與牡丹江站地下通道貫通，沿地下通道出站可直行至出站廳，使用出站廳，旅客出站距離較之前縮短約300米。
站台線路
牡丹江站普速場牡丹江站站場採用高、普速站場分場布置，高速站場位於站場的南側，設計規模4台7線；普速站場在高速站場的北側，設計規模4台10線，含2條貨車正線和1條走行線。 牡丹江站設定1至17道由南至北順序排列的鐵路線路，其中11至17道為高鐵線路，其餘為普鐵線路。
牡丹江站主要經過鐵路有哈牡高速鐵路和沈佳高速鐵路。
運營情況
自助購票
截至2018年9月，牡丹江站售票廳內共設定14個售票、退票、制證視窗，擺放12台自動售取票機。
便民設施
•公安辦證
沒有身份證明的旅客乘車前，可以到牡丹江站售票廳內專門的鐵路公安制證視窗辦理臨時身份證。
•無障礙措施
截至2018年9月，牡丹江站站房內設定12部垂直電梯，為有特殊需求的旅客提供服務。
客運流量
2013年春運，牡丹江站傳送旅客56萬餘人次，同比增加2萬人次。
2014年春運，牡丹江站傳送旅客58萬人次，同比增加2萬人次。
2015年春運，牡丹江站傳送旅客67.92萬人次，同比增加近10萬人次。
2016年春運期間，牡丹江站共傳送旅客71.5萬人次，同比增加3.6萬人次。
2018年春運（2月1日至3月12日），牡丹江站旅客傳送量為75.4萬餘人次。
2018年十一期間，牡丹江站傳送旅客14.15萬人次。其中10月1日旅客傳送量超過2.5萬人次，10月7日旅客傳送量達到2.3萬人次。
交通換乘
公交線路
截至2018年10月，牡丹江站途經公交線路共有14條。
| 序號 | 路次 | 起點站 | 起點開收班時間 | 終點站 | 終點開收班時間 |
| 1 | 牡丹江公交1環101路 | 軍馬場 | 05:30、20:00 | 軍馬場 | 05:30、20:00 |
| 2 | 牡丹江公交1環102路 | 軍馬場 | 05:30、20:00 | 軍馬場 | 05:30、20:00 |
| 3 | 牡丹江公交1路 | 愛河 | 05:30、19:30 | 文化廣場 | 06:00、20:00 |
| 4 | 牡丹江公交2環201路 | 牡丹江市第一中學 | 05:30、20:00（夏） | 牡丹江市第一中學 | 05:30、21:00（冬） |
| 5 | 牡丹江公交2環202路 | 牡丹江市第一中學 | 05:30、20:00（夏） | 牡丹江市第一中學 | 05:30、20:00（夏） |
| 6 | 牡丹江公交3路 | 黃花 | 05:00、19:36 | 文化廣場西站 | 05:52、19:58 |
| 7 | 牡丹江公交5路 | 礦山北站 | 05:30、19:00 | 勸業場（東牡丹街） | 05:59、19:27 |
| 8 | 牡丹江公交6路 | 陽明公園 | 06:00、19:00 | 煉油廠 | 06:00、19:00 |
| 9 | 牡丹江公交9路 | 巴塞陽光小區 | 05:30、19:30 | 火車站西 | 05:30、19:30 |
| 10 | 牡丹江公交16路 | 火車北站 | 06:00、19:00 | 卡路屯 | 06:10、19:05 |
| 11 | 牡丹江公交20路 | 江濱公園 | 05:30、19:20 | 工農村 | 05:30、19:10 |
| 12 | 牡丹江公交29路 | 江濱公園 | 05:30、17:10 | 南城子 | 05:30、17:10 |
| 13 | 牡丹江公交58路 | 江濱公園 | 07:20、14:30 | 江西村 | 07:20、14:30 |
| 14 | 牡丹江公交99路 | 龍鳳公墓 | 06:00、19:00 | 愛民區政府 | 05:40、18:00 |
| 註：公交站時間等信息僅供參考，請以當日信息為準。 | |||||
長途汽車
牡丹江客運站牡丹江客運站位於牡丹江市西安區西牡丹街609號，距離牡丹江站約4.9公里。旅客可在牡丹江站的火車北站乘坐牡丹江公交16路在“客運站”站下車即可到達。
•主營線路（按所到地區的發車時間排序）
敦化、延吉、琿春、吉林、佳木斯、梨樹、雙鴨山、通河、延壽、哈爾濱、大慶、寶清、榆樹、綏化、五常、伊春、七台河、松江河、賓縣、雞西、虎林。
價值意義
牡丹江站作為哈牡客運專線的重要一環與牡丹江重要的交通樞紐中心，新站建成後可匯集鐵路、城市公共運輸、社會交通等多種交通方式，實現多種交通銜接。 （《牡丹江日報》評）
