主要職責
（一）貫徹執行出入境衛生檢疫、動植物檢疫和進出口商品檢驗法律、法規和政策規定的實施細則、辦法及工作規程，負責濟南市行政區域內的出入境檢驗檢疫、鑑定、認證和監督管理等行政執法工作。
（二）負責實施出入境衛生檢疫、傳染病監測和衛生監督，負責口岸傳染病的預防與控制工作，負責出入境人員的預防接種和傳染病監測體檢的管理工作。
（三）負責實施出入境動植物及其產品和其他檢疫物的檢驗檢疫與監督管理，負責動植物疫情監測、調查等工作，實施動植物疫情的緊急預防措施。
（四）負責實施進出口商品（含食品）的法定檢驗和監督管理，負責實施一般包裝和出口危險品貨物包裝檢驗，負責進出口商品鑑定管理工作，負責實施外商投資財產鑑定，辦理進出口商品復驗工作。
（五）負責實施對進出口食品、動植物及其產品等的生產（養殖、種植）、加工和存放等單位的衛生、檢疫註冊，負責實施進口安全質量許可和出口質量許可工作，負責實施進出口產品和實驗室認可、人員註冊等工作，並監督管理。
（六）負責實施國家實行進口許可制度的民用商品的入境驗證，負責出口、轉口商品的有關出境驗證。
（七）負責實施出入境交通運載工具和貨櫃及容器的衛生監督、檢疫監督和有關的適載檢驗、鑑定，負責出入境交通運載工具、貨櫃、包裝物及鋪墊材料和貨物的衛生除害處理的管理工作。
（八）負責執行國家、國務院有關部門和國家質檢總局簽署的有關檢疫、檢驗的國際協定、協定和議定書等，負責技術性貿易壁壘協定和檢疫協定的實施工作。
（九）負責簽發出入境檢驗檢疫證單和標識、封識，並進行監督管理，負責出口商品普惠制原產地證和一般原產地證的簽證工作。
檢驗檢疫（十）負責濟南市行政區域的出入境檢驗檢疫業務統計，調查和收集國外傳染病疫情、動植物疫情和國際貿易商品質量狀況，提供有關信息。
（十一）負責對濟南市行政區域各類涉外檢驗檢疫、鑑定和認證機構（包括中外合資、合作機構）以及衛生除害處理機構的監督管理。
（十二）負責人事管理、教育培訓、外事、財務、基建、物資管理、紀檢監察、審計、精神文明和思想政治工作。
（十三）負責山東省中西部地區11市進出口農產品的農獸藥殘留、重金屬和禽病檢測工作。
（十四）承辦山東出入境檢驗檢疫局交辦的其他工作。
口岸建設
濟南檢驗檢疫局口岸共建先後被表彰為山東省共建文明口岸先進單位、濟南市“創三優”共建文明口岸活動先進單位，2個科室和1名個人分別被評為市級口岸文明視窗和先進個人。
為民服務創先爭優
為民服務結合“為民服務創先爭優”活動，以創建環境優美、秩序優良、服務優質的“三優”口岸為主題，開展了一系列共建文明口岸活動。通過進一步強化服務措施，推行溫馨服務、便捷服務、高效服務，圓滿完成了倫敦奧運會女子足球亞洲區決賽、赴蘇丹維和部隊400餘名官兵、185枚美國捐贈人體角膜的入出境檢驗檢疫保障任務。主動接受社會監督和民眾評議，了解服務對象的訴求，確保訴求件件有著落、事事有回音，保持了違紀違規“零”投訴。
全面加強口岸核心能力建設
全面加強口岸核心能力建設，積極進行防輻射知識和核輻射處置知識培訓和應急演練，有效防止了日本放射性物質污染貨物入境，成功處置一起航空郵件突發放射性物質泄漏事件。加強口岸合作機制建設，與海關、邊檢、醫療急救等各相關部門建立了全面合作工作機制，並與西安鹹陽機場檢驗檢疫局簽訂了國際航線檢驗檢疫保障合作備忘錄，在確保不漏檢、不復檢的同時，形成了口岸查驗工作的合力。
