沿岸河流水系:主要分布在大陸東部、東南部、塔斯馬尼亞島和北部海岸。東部河流都源出大分水嶺東坡,水量較大,但源短流急。東南部有拉克蘭河 (Lachlan)。 南部主要河流有亞拉河。北部河流水量也較大,主要有流入帝汶海的維多利亞河、奧德河、戴利河和弗林德河等。澳洲北部的河流受熱帶季節的影響,從十一月至來年的四月,季雨沐浴著澳大利亞北部沿岸的平原,而在其它的季節,這裡則很少下雨,有些河流的上游甚至會幹涸。澳大利亞灣沿岸沒有河流,西部海岸大都是季節性河流。
墨累河-達令河水系:澳洲大陸最大的水系,流域面積106萬平方千米。為農牧業發展提供了充足的水源。在這條河流里生活著約28種魚類,但這些魚類在世界的其它地方卻無蹤跡.
內陸水系:內陸水量少,蒸發強烈,河流往往注入鹽湖或沒入沙漠,很少能進入海洋。最大的內流河為亞曼蒂納河,它在昆士蘭西南部形成縱橫交錯的季節河。西部高原也有若干小水系。