李成桂建立朝鮮王朝之後,覺得高麗的王京(今朝鮮開城)王氣已經十分薄弱,於是由權仲和、鄭道傳等人擇定佳地,在1392年開始在漢江之北的漢陽建設新都。這裡山環水抱,北有北漢山、北嶽山,東有洛山和龍馬山,西有仁王山,南有南山和漢江以南的冠岳山,漢江自東向西環抱城南,呈龍砂水穴“山水襟帶”的上好風水格局。城內大興土木,建設宮殿、宗廟、社稷、兩班衙署、道路。1394年,李成桂將都城從開京遷移到了漢陽(Hanyang,한양),並正式命名為漢城(Hanseong,한성)。在李氏朝鮮時期,漢城又稱“都城”、“京”。
1592年,日本入侵朝鮮。壬辰衛國戰爭爆發。5月2日,留都大將金命元、副元帥申恪率兵千餘,屯濟川亭,望見日軍聲勢浩大,不敢拒,悉沉軍器於江中,以匹馬走逃,諸軍皆潰。加藤清正率領日本軍隊度過漢江,攻占漢城。日軍入城前後,漢城遭到很大的破壞。在國王出逃前夕,城中宮殿、社稷、衙署、城門以及宮內珍寶、歷代典籍、文物禮器全部被朝鮮方面焚毀,而宗廟獨存。日將平秀家長盛入城後曾處其中。後長盛焚宗廟,移寓南別宮,指揮諸路之倭向北追擊。1593年4月,日本軍隊撤兵南下,臨行前將城中人民屠戮殆盡。是年11月朝鮮宣祖國王返京時,宮闕俱燼,荊棘滿城,百官依牆壁以坐,不得不以月山大君舊第為行宮,桂林君家為大內,沈義謙家為東宮,故領相沈連源家為宗廟,以附近大小民家為闕內各司(稱時御所)。光海君時期將宗廟和宮殿擇要修復。
壬辰倭亂之後,漢城又經歷了後金軍(1636年改稱大清)的兩次入侵,即丁卯胡亂和丙子胡亂。丙子胡亂中,仁祖以沈器遠為留都大將,逃往南漢山城。清兵至漢城後,駐紮於慕華館至南廟一帶,後又於興仁門留屯。皇太極嚴令無得侵掠城中人民,但後金軍隊撤離時掠走了大量人口、金銀、牲畜。後金將領阿敏(四大貝勒之一)羨慕朝鮮宮殿城闕壯麗,一度不願返回東北苦寒之地,被皇太極疑有異圖而猜忌。
隨著清朝剿滅南明勢力,日本德川幕府頒布鎖國令,東亞的政局平定,漢陽得以回復昔日的繁榮。在朝鮮英祖、朝鮮正祖年間,漢城的人口已經發展到了30多萬。李朝正祖曾經計畫把首都遷到南方新建設的水原城,但是最終由於條件的限制,最終沒有實現遷都計畫。