主要職責
（一）負責漁業行業管理和職責範圍內的漁政管理。
（二）擬訂漁業發展和漁政管理戰略、政策、規劃、計畫並指導實施；起草有關法律、法規、規章並監督實施。
（三）編制漁業漁政基本建設規劃，提出項目安排建議並組織實施；編制漁業漁政財政專項規劃，提出部門預算和專項轉移支付安排建議，並組織或指導實施。
（四）負責漁業漁政統計工作；負責漁業行業生產、水生動植物疫情、漁業災情等信息監測、匯總和分析，參與水產品供求信息、價格信息的收集分析工作，承擔漁業漁政信息系統建設和管理工作。
（五）指導漁業產業結構和布局調整；承擔促進休閒漁業發展的相關工作；指導漁業標準化生產，擬訂漁業有關標準和技術規範並組織實施。
（六）提出漁業科研、技術推廣項目建議，承擔重大科研、推廣項目遴選及組織實施工作；指導水產技術推廣體系改革與建設。
（七）組織實施水產養殖證制度；負責水產苗種管理，組織水產新品種審定；指導水產健康養殖，承擔水生動物防疫檢疫相關工作，組織水生動植物病害防控，承擔水產養殖污染防控工作，監督管理水產養殖用獸藥及其它投入品的使用，參與水產品質檢體系建設和管理。 （八）組織實施漁業捕撈許可制度，負責漁船、漁機、漁具監督管理，組織漁船裝備更新改造；指導協調港澳流動漁船管理工作。
（九）負責遠洋漁業管理工作，擬訂遠洋漁業管理制度措施並組織實施。
（十）指導水產品加工流通，參與品牌培育和市場體系建設，提出水產品國際貿易政策建議。
（十一）負責漁業資源、水產種質資源、水生野生動植物和水生生物濕地的保護管理和開發利用，擬訂休漁禁漁制度，指導監督水生生物資源增殖；組織協調各類水生生物保護區的劃定、建設和管理工作，負責水生野生動植物捕捉和馴養繁殖許可及進出口管理。
（十二）負責職責範圍內的漁業水域生態環境保護工作，組織和監督重大漁業污染事故調查處理，組織重要涉漁工程環境影響評價和生態補償；指導漁業節能減排工作。
（十三）組織開展國際漁業合作交流；承擔或參與政府間雙邊或多邊漁業協定、協定、有關國際條約的談判和履約工作，協調有關國際漁業組織和機構的交流與合作事務。
（十四）指揮協調全國漁業行政統一綜合執法行動，指導全國漁業行政執法隊伍建設，負責漁業行政執法監督。
（十五）承擔職責範圍內的維護國家漁業權益工作，行使漁政漁港和漁船檢驗監督管理權；負責漁港、漁業航標、漁業船員、漁業電信的監督管理。
（十六）指導漁業安全生產。承擔職責範圍內的漁業應急處置工作，依法組織或參與調查處理漁港水域和內陸、邊境水域的重大漁業安全生產事故；配合有關部門參與處理重大漁事糾紛和涉外漁業事件；負責漁業防災減災工作，提出漁業救災計畫及資金安排建議；指導漁業緊急救災和災後生產恢復。
（十七）協調指導農業部長江流域漁政監督管理辦公室工作。
（十八）指導歸口管理的事業單位和社團組織的業務工作。
（十九）承辦部領導交辦的其他工作。
內設機構
根據以上職責，漁業漁政管理局設12個內設機構：
（一）綜合處
1.協助局領導處理日常工作；承擔局內外綜合協調工作。
2.負責以局名義召開的有關會議和局內會議的組織和會務工作；負責局內決定事項的督辦工作。
3.起草局工作計畫、總結、報告及有關綜合材料；擬訂有關規章制度並監督實施。
4.承辦人事、宣傳、政務信息、信訪、保密、安全、辦公自動化和後勤等工作，協助黨群組織開展工作。
5.負責局內檔案核稿、公文運轉、印章管理和歸檔工作。
6.承辦涉台港澳漁業事務。
7.承辦局領導交辦的其他工作。
（二）政策法規處
1.組織開展漁業發展和漁政管理戰略、漁業經營制度、維護漁民權益和有關重大問題研究，提出相關政策建議。
2.承擔有關漁業法律、法規、規章的起草、預審和協調。
3.參與有關漁業行政案件複議工作。
4.承擔促進漁業專業合作組織發展的相關工作。
5.承辦局領導交辦的其他工作。
（三）計畫財務處
1.組織編制漁業中長期發展規劃、漁業投資計畫，並組織實施；指導漁業產業結構調整和產業化工作。
2.編制漁業漁政基本建設規劃，提出漁業漁政基本建設和農業綜合開發項目安排建議並組織實施；編制漁業漁政財政專項規劃，提出部門預算和專項轉移支付安排建議，並組織或指導實施。
3.擬訂漁業有關項目管理辦法；監督項目實施，開展績效評估。
4.承擔漁業扶貧、援疆援藏工作。
5.承辦局領導交辦的其他工作。
（四）漁情監測與市場加工處
1.研究分析漁業經濟形勢和發展情況，提出對策建議。
2.擬訂漁情監測和漁業統計工作規範，組織實施漁業統計調查，匯總核定漁業統計數據；提出漁業統計制度改革建議。
3.負責漁業行業生產信息的監測、匯總和分析，收集、分析水產品供求和市場價格信息。
4.承擔漁業漁政信息系統建設、管理和維護工作。
5.參與水產品市場信息體系建設和水產品市場管理。
6.提出促進水產品加工業發展的規劃、政策建議並組織實施；指導水產品品牌培育。
7.承擔促進休閒漁業發展的相關工作。
8.承辦局領導交辦的其他工作。
（五）科技與質量監管處
1.擬訂漁業科研、技術推廣、成果轉化的規劃和計畫並組織實施；指導水產推廣體系改革與建設工作。
2.擬訂漁業有關標準和技術規範並組織實施；指導漁業標準化，承辦水產品技術性貿易措施官方評議工作。
3.承擔漁業節能減排工作，組織有關節能技術、裝備研發推廣。
4.參與水產品質檢體系建設和管理，提出產地水產品獸藥殘留監控計畫並組織落實。
5.承擔水產品禁止生產區域劃定，負責貝類生產區域劃型工作。
6.承辦局領導交辦的其他工作。
（六）養殖處
1.擬訂水產養殖業發展的政策、規劃、計畫並組織實施；指導養殖生產布局和結構調整，負責推進水產健康養殖和水產養殖污染防控工作。
2.指導水域灘涂養殖規劃編制；指導和監督水產養殖證和苗種生產許可證核發。
3.承擔水產新品種的審定工作，組織水生生物引種的生物安全評價；承辦水產苗種進出口和水產種質資源出口審批；指導水產良種繁育體系建設，組織實施水產良種保種計畫。
4.承擔水生動物防疫檢疫、水生動植物病害防控相關工作，制定水生動物疫病國家監測計畫並組織實施，指導水生動物防疫體系建設，指導水產養殖病害測報工作。
5.監督管理水產養殖用獸藥及其它投入品的使用。
6.承辦局領導交辦的其他工作。
（七）漁船漁具管理處
1.擬訂漁船、漁機、漁具管理法律法規和政策措施並組織實施；指導捕撈生產布局和結構調整。
2.組織實施捕撈許可證和捕撈限額制度，負責船網工具控制指標管理工作。
3.負責漁船登記工作；承擔漁船動態管理工作；組織實施漁船及漁用裝備更新改造；負責漁船污染防治工作。
4.擬訂漁具目錄及最小網目尺寸制度並組織實施。
5.負責南沙漁業管理，指導協調港澳流動漁船管理工作。
6.承辦局領導交辦的其他工作。
（八）遠洋漁業處
1.擬訂遠洋漁業發展和管理的政策、制度、規劃、計畫並組織實施。
2.承擔遠洋漁業項目和遠洋漁業企業資格管理工作。
3.負責遠洋漁業生產監管，參與國家政策執行的監督。
4.組織遠洋漁業資源探捕與開發利用，指導遠洋漁業基地建設管理。
5.承擔我國與有關國家和國際、區域組織遠洋漁業合作的談判和履約工作，參與遠洋漁業涉外事件的處理工作。
6.承辦局領導交辦的其他工作。
（九）資源環保處（水生野生動植物保護處）
1.擬訂養護水生生物資源、保護和合理利用漁業資源及漁業水域生態環境相關的法規、政策、規劃、計畫並組織實施。
2.擬訂休漁禁漁等漁業資源保護制度，指導監督增殖放流、人工魚礁和海洋牧場建設等資源增殖，負責水產種質資源保護工作。
3.組織協調水生生物資源和漁業水域生態環境調查、監測與評估，組織或參與職責範圍內的重大漁業污染事故調查處理，組織重要涉漁工程環境影響評價和生態補償工作。
4.指導水生野生動植物保護管理和開發利用工作，擬訂、調整國家重點保護水生野生動植物名錄，負責水生野生動植物捕捉和馴養繁殖許可及進出口管理，承擔《瀕危野生動植物種國際貿易公約》等國際公約履約工作。
5.負責水產種質資源保護區、水生野生動植物自然保護區和水生生物濕地水生生物保護區的劃定、建設和管理工作。
6.指導漁業資源增殖保護費、水生野生動植物資源保護費的徵收使用和監督管理。
7.承辦局領導交辦的其他工作。
（十）國際合作與周邊處
1.承擔漁業外事和國際合作交流事務和歸口管理工作。
2.承辦政府間雙邊或多邊漁業協定、協定和有關國際條約的談判和履約工作；協調與有關國際漁業組織和機構的交流與合作事務。
3.承擔與周邊國家雙邊漁業協定漁業聯合（混合）委員會有關工作，負責相關協定的組織實施；承辦與周邊國家海域劃界的涉漁事務。
4.負責組織進出口水產品合法來源認證工作。
5.開展國際漁業發展和管理制度動態研究，提出促進水產品國際貿易的政策建議，參與水產品國際貿易談判。
6.承辦局領導交辦的其他工作。
（十一）漁政處
1.承擔全國漁業行政統一綜合執法行動的指揮協調任務，負責擬訂全國重大漁業執法行動計畫並組織實施。
2.協調開展“機動漁船底拖網禁漁區線”內側海域、跨流域、跨省（自治區、直轄市）及邊境水域重大漁業執法行動，負責組織“機動漁船底拖網禁漁區線”內側海域、黃河流域及其以北內陸和邊境水域聯合執法檢查。
3.組織協調水產品質量和水產養殖投入品的執法檢查工作。
4.組織指導全國漁業行政執法隊伍建設工作，擬訂全國漁政隊伍建設、裝備建設和人員培訓規劃並組織實施。
5.負責漁政船註冊、發證和監督管理，負責漁業行政執法證件和制服管理。
6.負責全國漁業行政執法監督，組織重大漁業行政執法違規案件查處，發布漁業行政執法督察通報。
7.承辦局領導交辦的其他工作。
（十二）安全監管與應急處（漁港監督處）
1.指導漁業安全生產，擬訂漁船、漁港、漁業船員、漁業水上交通安全等漁業安全生產政策、法規並組織實施，組織全國性、重大漁業安全生產督查檢查行動。
2.承擔漁港、漁業航標和漁業電信管理工作，承辦國家漁業航行通告發布，指導漁業船員培訓、考試和發證工作；負責漁港水域污染防治工作。
3.承擔職責範圍內的漁業應急處置工作，負責漁業船舶水上事故統計和分析，研究制定漁業應急預案並組織實施，組織協調漁業海難救助，負責漁業應急值班工作。
4.依法組織或參與漁港水域和內陸、邊境水域重大漁業安全生產事故調查處理，配合有關部門協調處理重大漁事糾紛和涉外漁業事件。
5.承擔漁業防災減災相關任務，指導開展颱風等自然災害防範工作，負責漁業災情信息統計，提出漁業救災資金的分配建議，指導漁業抗災救災和災後生產恢復。
6.組織協調漁業保險工作。
7.承辦局領導交辦的其他工作。
