該所承擔國家自然基金、農業部和浙江省重大科技專項等各類科研項目20餘項。根據浙江省以及湖州市漁業產業的發展現狀和今後一個階段對水生生物資源養護與開發的技術需求,該所將致力於充分發揮南太湖流域得水生生物資源優勢,結合地方經濟的發展,堅持人才培養、科學研究、產業開發“三位一體”。以人才隊伍建設和人才培養為根本,通過組建團隊、引進人才、添置設備及爭取高層次科研項目等,把研究所建設成為立足本省(市)、地方特色明顯、國內外具有影響力的研究所並為社會各界提供相關的技術諮詢服務。
研究所已著手建立一整套高效的管理和運行機制,將以國家大宗淡水魚產業技術體系及浙江省漁業科技創新服務平台水生生物學與水環境研發中心等為依託,力爭早日取得高水平的原創性重大研究成果。