歷史沿革
1996年，計算機系在由國務院學位辦公室主持的全國計算機學科評估中排名第一，在國內首批獲得按一級學科招收和培養研究生的資格；2002年在全國學位與研究生教育發展中心開展的一級學科整體水平評估中，計算機系在總共4個分項指標中，3項（學術隊伍、人才培養、學術聲譽）在全國排名第一。2006年、2012年在全國學位與研究生教育發展中心開展的一級學科整體水平評估中，以總分滿分100分的成績排名第一。
計算機系設有計算機科學與技術與軟體工程兩個一級學科。其中計算機科學與技術學科屬全國首批國家重點一級學科，該一級學科下包含有計算機系統結構、計算機軟體與理論、計算機套用技術三個二級學科，這三個二級學科同樣全部為全國重點二級學科，是全國少數擁有全部重點二級學科單位之一。同時，計算機系還是“智慧型技術與系統”國家重點實驗室的主要依託單位，三次評估均為優秀，兩次榮獲集體“金牛獎”。
計算機系包含了國內計算機專業最全的學科方向，設有格線與高性能計算、CPU設計、計算機網路、網路與信息系統安全、系統性能評價、理論計算機科學、數據工程及知識工程、軟體工程、計算機與VLSI設計自動化、軟體理論與系統、生物計算及量子計算、人工智慧、智慧型控制及機器人、人機互動與普適計算、計算機圖形學與可視化技術、CAD技術、計算機視覺、媒體信息處理等研究方向。
計算機系現設有高性能計算、計算機網路技術、計算機軟體、人機互動與媒體集成、理論計算機科學等5個研究所；智慧型技術與系統國家重點實驗室；普適計算教育部重點實驗室；計算機基礎與實驗教學部等科研教學機構。1998年1月至2008年4月期間，清華大學計算機系師生在國際上發表高水平SCI論文共1637篇，在全球排名第11位（前十位均為美國著名企業及高校：IBM、麻省理工、AT&T、斯坦福等）。此外，計算機系近年來還獲得多項國家級科研獎勵：2004年度獲國家技術發明獎二等獎1項，2005年度國家科技進步獎二等獎1項，2007年度國家科技進步獎二等獎2項，2008年國家自然科學獎二等獎1項，國家科學技術進步獎二等獎1項。 計算機系擁有“國家級教學實驗示範中心”稱號。教學實驗室設定齊全，包括：計算機原理實驗室、微型計算機實驗室、計算機網路實驗室、作業系統實驗室、計算機軟體實驗室、計算機控制系統實驗室、智慧型機器人實驗室、計算機接口實驗室、學生科技創新實驗室等。另外，還與英特爾、IBM、微軟、SUN、搜狐等國內外著名公司建立了面向教學或研究的聯合實驗室。
機構設定
計算機系目前設有智慧型技術與系統國家重點實驗室、人機互動與媒體集成研究所、計算機網路技術研究所、高性能計算研究所和計算機軟體研究所五個研究所/重點實驗室，面向學校的教學工作還成立了教學實驗室和基礎教學部。
隨著計算機技術的發展，計算機系與政府、眾多企業、高校聯合成立了多個研究中心，包括普適計算（教育部）重點實驗室、媒體與網路技術教育部-微軟重點實驗室、可視化媒體智慧型處理與內容安全北京市高等學校工程研究中心、清華大學密碼理論與技術研究中心、清華大學-滑鐵盧大學網際網路信息獲取聯合研究中心、清華大學-新加坡國立大學下一代搜尋技術研究中心、清華大學-搜狐搜尋技術聯合實驗室、清華大學-HP多媒體聯合實驗室、清華大學-騰訊網際網路創新技術聯合實驗室。
為了進一步推動計算機技術的發展，計算機系還建立了系級的研究中心。
科學研究
2009年計算機系在研科研項目495項，其中“973計畫”課題29項、“863計畫”項目55項、國家自然科學基金項目122項、國家部委各類科研項目55項、橫向協作項目59項、國際合作項目121項、專項研究項目54項，契約經費總額3.42億，科研經費收入8715.2萬元。2009年計算機系共發表學術論文728篇，其中國際刊物146篇。科技論著12部。獲省部級以上科技獎勵5項，51項成果獲發明專利，共有17個軟體進行了軟體著作權登記。
