據統計，這場發生在文革中的政治運動，在全國共造成非正常死亡人數超過50萬，全國被揪斗人數超過3000萬。
運動高潮的1968年，時任中共中央政治局常委的康生指控中共雲南省委書記趙健民是叛徒，並憑空捏造了一個“國民黨雲南特務組”。他下令公安部部長謝富治當場逮捕趙之後，整個雲南便抓起“執行趙健民國民黨雲南特務組計畫”的分子來。僅此一案，雲南省一百三十八萬人被牽連，一萬七千餘人被打死、逼死，六萬一千多人被打殘。僅昆明地區就死了一千四百七十三人，打殘九千六百六十一人。
以甘肅為例，為調查運動中的過火行動，中共中央後來派出由國務院和中國社會科學院組成的赴甘肅聯合調查組。調查組在給中共中央的報告中寫道，：“（甘肅）運動中普遍侵犯農民人身權利的縣，在甘肅不會少於二十個！”，“估計全省直接被迫害致死的農民不少於萬人，冤案如山。”
黑龍江大慶油田開始“清理階級隊伍”運動後，“自殺、打死人的現象不斷發生，並逐漸增多，一至四月份自殺十五人，五至六月份自殺三十六人，打死七人”。“支左”的軍隊幹部把天津市塘沽鹼麵廠的八個工程師定為特務，施加種種酷刑，結果八位工程師全部打死。
上海寶山縣，文革初橫掃一切牛鬼蛇神時非正常死亡為七十多人，而“全縣清隊中非正常死亡人數達三三四人。”
全國大城市在運動中被揪斗人數為2000多萬，加上中小城市和縣區，全國被揪斗人數超過3000萬。
歷史地看，“清理階級隊伍運動”是文革“極左”思潮的重要組成部分，它進一步將當時的中國推進了災難的境地。
