康熙三十六年(1697年),清宮廷設立了專門管理宮廷藏傳佛教事物的機構“中正殿念經處”,主管宮廷喇嘛念經及辦造佛像。乾隆時期又設立雍和宮管理王大臣一職專管雍和宮佛教活動。佛事活動的制度化,表明了藏傳佛教在宮廷中影響很大,也說明皇室宗教信仰的變化,傳統的原始薩滿教已滿足不了皇室的宗教需求。清代宮廷中藏傳佛教的影響表現在以下諸方面:
一、頻繁的宮廷佛事。每天都有喇嘛在皇宮御苑中念經作佛事,每年達二千多人次。帝後到佛堂拈香拜佛、聆聽喇嘛誦經、觀看法事的活動,直至清末仍未停止。
二、遍布宮中的佛殿。紫禁城中修建了眾多的藏傳佛教殿堂,最著名的建築是乾隆十四年(1749年)建的雨花閣。北京、承德的皇家御苑中也梵剎林立。乾隆帝還特建了滿族喇嘛寺院,喇嘛全由滿族人擔任,誦滿文大藏經。
三、豐富的佛教文物典藏。宮廷佛殿中供滿數以萬計的藏傳佛教文物,匯聚了藏蒙地區以及內地的藏傳佛教珍品,這些珍藏融匯了漢滿蒙藏等民族及域外地區藏傳佛教文物的藝術精華。