背景
清朝前期形勢康熙二十一年，西藏五世達賴喇嘛羅桑嘉措逝世，第巴桑結嘉措秘不發喪，竊據重權。十五年後，即康熙三十六清廷才發現這一陰謀。同年十月，冊封六世達賴喇嘛倉央嘉措，仍由桑結嘉措任第巴，管理政務。統治西藏的另一政治勢力代表為準噶爾和碩特汗。
康熙四十年，和碩特拉藏汗繼位。為爭奪西藏大權，拉藏汗與桑結嘉措的矛盾日益激化，終於引發出一場軍事衝突。康熙四十四年七月，桑結嘉措兵敗被殺，拉藏汗控制了西藏。拉藏汗經清廷批准，選立益西嘉措為六世達賴喇嘛。然而，青海各蒙古台吉另選立里塘（今四川理塘）的噶桑嘉措為六世達賴。於是，雙方發生真假達賴之爭，實際上反映出各派政治力量的激烈鬥爭。
康熙四十八年，康熙帝派戶部侍郎赫壽到西藏，協同拉藏汗處理西藏政務，此為設定駐藏大臣之始。四十九年，清廷正式冊封拉藏汗選立的 益西嘉措為六世達賴喇嘛。五十五年，年又將青海眾台吉選立的噶桑嘉措安置在塔爾寺（今青海湟中）。歷經多年的真假達賴之爭，表面上告一段落，實際上激流暗涌。準噶爾部首領策妄阿拉布坦乘噶爾丹與清軍作戰時，迅速發展力量，又因從征噶爾丹有功，被清廷信任，清廷將噶爾丹的部眾全部交給他，並準其在阿爾泰山以西地區遊牧。準噶爾遂發展為西域大部落。準噶爾部與和碩特部素有矛盾，策妄阿拉布坦對和碩特部拉藏汗控制西藏早就心懷不滿，見拉藏汗與青海諸台吉為真假達賴爭論不已，便決意趁機出兵。策妄阿拉布坦先娶拉藏汗之姐為妻，又贅拉藏汗之子為婿，使拉藏汗放鬆對他的戒備。
康熙皇帝康熙五十四年，策妄阿拉布坦犯掠哈密，企圖打通由新疆東部經青海入藏的道路。康熙帝立即命將軍富寧安帶兵前往攔截；征喀爾喀蒙古兵集結在歸化城（今內蒙古呼和浩特），準備出擊；命右衛將軍費揚固總理軍務。當年八月，富寧安率軍到達巴里坤。策妄阿拉布坦將哈密等地劫掠一空而去。應富寧安建議，清軍在哈密、巴里坤等地募兵屯田，以備邊警。清廷另命青海諸台吉選調兵馬，屯於噶斯湖畔（今青海油砂山西南），阻斷由青海入藏之路。策妄阿拉布坦見清軍於東面加強防禦，便決定由西面入藏，即由伊犁（今新疆伊寧）經阿克蘇、喀什噶爾、葉爾羌（今新疆莎車）、和闐（今新疆和田）等地，繞沙漠，翻雪山，進入西藏。
康熙五十五年十月，策妄阿拉布坦以護送拉藏汗之子噶爾丹丹衷夫婦回藏省親為名，派大策零敦多布等率6000兵，向西藏進發。他們晝伏夜行，於次年七月到達西藏北部的納克產（今西藏奇林錯東南，加林錯東北）地區，順利通過騰格里海天險，直趨達木（今西藏當雄）。防守達木的藏軍與準噶爾兵發生激烈戰鬥。拉藏汗正欲親自往達木迎接親人，卻得知達木已成為戰場，便倉猝調集軍隊，在達木一帶阻擊敵人。雙方於達木相持兩個月後，藏兵抵擋不住，於十月八日退至拉薩。
十月三十日深夜，大策零敦多布圍攻拉薩，第二天，攻入城內，殺死拉藏汗，拘押達賴喇嘛，搶掠各廟宇，將貴重物品運回伊犁。策妄阿拉布坦授意大策零敦多布，在西藏組成以達克咱（即達改哇·拉嘉熱丹）為第巴的親準噶爾政權。在策妄阿拉布坦派兵進藏之初，康熙帝判斷其很有可能與拉藏汗聯兵，進攻青海，因而著力加強青海的防禦。
過程
駐兵青海
青海康熙五十六年七月，康熙帝調署理西安將軍湖廣總督額倫特，由新疆巴里坤至青海西寧，料理軍務糧餉；命西寧總兵官王以謙、侍讀學士查禮渾在松潘預備，調荊州2000滿洲兵往四川成都，太原500滿洲兵往西安。九月初，康熙帝遣侍衛色楞赴青海。十月下旬，準噶爾兵正月進攻拉薩的訊息，由青海親王羅卜藏丹津奏報給朝廷，康熙帝急派都統和禮往雲南；護軍統領溫普往打箭爐（今四川康定），防準噶爾東進川滇；命青海各台吉加強防禦，並派內大臣策旺諾爾布、將軍額倫特、侍衛阿齊圖等，扎於青海各要地，防範準噶爾。
兵進西藏
允禵康熙五十七年初，康熙帝接到拉藏汗於拉薩城即將被攻破時寫的奏疏。不久，又得到確切訊息，拉藏汗已被殺害，西藏陷入準噶爾之手。二月十三日，康熙帝命侍衛色楞領兵2400人，由青海進討西藏。五月十三日，色楞率兵前進到青藏交界之穆魯烏蘇（今青海通天河），將軍額倫特遣人送信言，已奉旨誘準噶爾兵。對這個誘敵深入、以逸待勞的作戰方案，色楞未肯接受。他求勝心切，驕傲輕敵，率兵逕入西藏。額倫特奉命率兵策應，於六月十八日也越過穆魯烏蘇，由七岔河抄小路追趕色楞所部。
入藏後，色楞部接連小勝準噶爾，於是步步深入藏地，於七月二十日到達喀喇烏蘇（今西藏那曲），在河北岸安營，暫待額倫特所部。約於八月初，兩軍會合。色楞與額倫特遂決計渡過喀喇烏蘇河後，占領狼臘嶺，然後挺進達木。其時，大策零敦多布已在喀喇烏蘇布陣，聚集準噶爾兵和藏兵共數萬人，一半防守河南岸，一半繞至清軍側後，截斷了清軍的餉道。清軍被包圍後，多次突圍未成，到九月中下旬，彈盡糧絕，全軍覆沒。額倫特陣亡，色楞等5人被俘遇難。此戰後，準噶爾更加囂張，東進到喀木地．區，窺伺巴塘、里塘，謀犯川滇。康熙帝認為，西藏禁止青、滇、川，如讓準噶爾長期占據，將邊無寧日，遂不顧大臣們反對，決意再次出兵安藏。此次作戰，進行了充分的準備。一是任命皇十四子固山貝子允禵為撫遠大將軍；二是派熟悉邊情的四川巡撫年羹堯為四川總督，開闢由四川進藏的路線，籌足糧餉，開設驛站；三是冊封塔爾寺的噶桑嘉措為新的六世達賴喇嘛，以更廣泛地團結廣大藏軍和青海各部；四是以護送達賴喇嘛為名，進兵西藏。
移駐穆魯烏蘇
康熙五十九年正月三十日，康熙帝命撫遠大將軍允禵率軍，由西寧移駐穆魯烏蘇，居中調度；授都統延信為平逆將軍，出青海，向 喀喇烏蘇進兵，此為清軍中路；授護軍統領噶爾弼為定西將軍，會合雲南都統武格所部，由四川巴塘進藏，此為清軍南路；命靖逆將軍富寧安與振武將軍傅爾丹，分別於巴里坤、阿爾泰策應。當年四月，清軍出發。平逆將軍延信統領中路清軍，護送達賴喇嘛，由西寧進藏。這條道路多深山窮谷，瘴氣瀰漫，清軍除戰勝惡劣的自然條件外，接連打破大策零敦多布的重重阻截。
結果
平定西藏後的清朝形勢八月十五日夜，大策零敦多布襲擊駐於卜克河的清營，反被擊敗。八月二十日、二十二日凌晨，大策零敦多布先後襲擊齊倫郭爾和綽馬喇的清營，均被擊敗。大策零敦多布慌忙掉頭退向拉薩，後率少數人回到伊犁。延信將大軍留駐達木，率少量騎兵，護送達賴喇嘛向拉薩進發。南路清軍在噶爾弼率領下，自成都啟程，經打箭爐、里塘、巴塘，於六月間至察木多（今西藏昌都）；七月底八月初進至拉里（今西藏嘉黎）。時大策零敦多布派吹木丕勒寨桑，率2600人，守御墨竹工卡。噶爾弼改變原定等候中路大軍的計畫，於八月初六日直撲墨竹工卡。吹木丕勒寨桑逃往達木，墨竹工卡的呼圖克圖歸順清軍。清軍順利占領墨竹工卡後，即向噶爾招穆倫渡口。這裡有第巴達克咱領藏兵2000餘人據守。清軍一到，藏兵便不戰而潰，達克咱投降。
至此，進入拉薩之路被打開。噶爾弼決定乘拉薩兵力空虛，直搗拉薩，遂命達克咱準備皮船，於八月二十二日率清軍渡過噶爾招穆倫河；隨即，兵分三路，進攻拉薩。二十三日晨，拉薩一攻即下。九月十五日，噶桑嘉措在布達拉宮舉行六世達賴喇嘛坐床典禮。驅準噶爾安定西藏戰爭結束。清朝進一步加強對西藏的統治，派兵駐藏，組成四噶布倫聯合掌政的西藏地方政府。
後續
青海和碩特部的親王羅卜藏丹津，一心想恢復其祖顧實汗對青藏地區的統治。但是清朝控制西藏局勢，取消藏王實行噶倫制度後，就已經著手經營青海，有意分散青海和碩特各部的權利。終於在雍正元年(1723)羅卜藏丹津發動了叛亂，造成青海社會的大動盪。為了穩定青藏地區，十月雍正帝命年羹堯為撫遠大將軍趕赴西寧指揮平叛。歷經八個月平定了叛亂，羅卜藏丹津敗逃到準噶爾。清朝趁此時機，在政治、經濟、軍事、宗教等方面推行新政，實行有效統治。青海開始成為內地，有利於社會的發展和民族的團結。
評價
清初康熙帝平定西藏，結束了蒙古諸部在西藏地方的統治，鞏固了西南邊疆，維護了祖國統一。
清軍武士在這場戰爭中，清軍首次入藏作戰，面臨惡劣的自然條件，遠途跋涉，語言不通，可謂困難重重。但由於認真汲取失敗的教訓，尊重當地民眾的宗教信仰，對敵人分化瓦解，再加上南路清軍臨機應變，適時進攻，終於取得作戰的勝利。
清朝總結以往的經驗教訓，決定排除蒙古諸部首領在西藏的角逐，通過支持本民族領袖來執行中央政府對西藏的施政，從而加強了對西藏地方的直接管理，這是清朝對西藏施政的一個歷史性轉折點。
