行政改革
秘密立儲
清朝原無行之有效的立儲法，清太宗、清世祖繼位都曾發生過爭權的鬥爭，清聖祖時儲位幾度反覆，後致虛懸，別無良策。世宗對這個問題考慮頗深，即位不久，於雍正元年八月十七日在乾清宮召見總理事務王大臣、滿漢文武大臣，宣布他的秘密立儲法。他先講了立儲的原因：聖祖臨終建儲，完全成功，是因他神聖睿哲，自能主持，而本人不如先帝，今為宗社久安著想，故應早為之計。接著說明立儲方法：把指定儲君的詔書，藏於匣內，將匣子置於順治帝書寫的“正大光明”匾額之後。皇帝宴駕後始得啟動，以便預定的新君繼位。這儲君是誰，本人不知，諸臣不曉，一概保密。宣布完後，得到諸王大臣擁護，秘密建儲制度就這樣確立了。這是中國歷史上沒有過的新的立儲方法。
密折制度
奏摺是官文書制度，是清朝皇權政治發展的產物。它始出現於康熙年間，但在奏者範圍、傳遞方法、疏奏內容及朱批等方面，都還沒有制度化，雍正帝對此作出了明確規定。
關於奏摺的撰寫人，他明確規定中央部院侍郎以上和翰林科道各官，地方督撫提鎮及藩臬學政，中央派出的鹽政、關差、織造等，有的道員、知府、同知、副將等中級官員，由帝特許，亦可撰寫。這樣既明確了奏報人的職責，又擴大了它的範圍。
為了保證奏摺的內容不致泄漏，雍正帝定立了一套保密制度。撰寫人須親自書寫，一般不許他人代筆，寫就不得外傳，否則治罪。由宮中製作皮匣，配備鎖鑰，發給具奏官員，專門用作儲藏和傳遞奏摺。督撫以上大員的摺子，派專人送到大內乾清門，交內奏事處，直達御前，而不像題本交通政司轉呈。一般官員的摺子，亦差專人送到雍正帝指定的親信大臣處，由他們代呈，代交人當然無權知道摺子的內容。雍正帝閱畢，作了朱批，摺子由原渠道發回。
在奏摺的內容上，較之以前，更為豐富了，最重要的是他們利用它商討政務。雍正帝說：“本章所不能盡者，則奏摺可以詳陳；而朕諭旨所不能盡者，亦可於奏摺中詳悉批示，以定行止” 。臣下可以將拿不準的問題提出來，請皇帝裁奪；皇帝對不了解的或不懂得的問題，可以詢問臣下，以增長見識，作出決斷。雍正朝的許多重大政事，如前述的攤丁入畝政策，就是在雍正帝與黃炳、李維鈞等疆吏、中央九卿間通過奏摺反覆籌商而最後定下來的。奏摺被用來討論政事、決定政策，就使它有了新的生命力。這也是康熙朝所沒有的。
自雍正帝把奏摺制度化以後，地方官有機要事務都撰擬奏摺，經過皇帝朱批，認可了，才寫題本作正式報告。這樣題本就成了官樣文章，價值大大降低。奏摺代替了原來題本的作用。官員上奏摺的也越來越多，使它成為主要的官方文書。這一制度堅持到清末。
設軍機處
雍正五年，準備對準噶爾部用兵，七年正式出兵。與此相配合，雍正帝設立軍機處，協助他處理軍務。軍機處設有軍機大臣，雍正帝從大學士、尚書、侍郎以及親貴中指定充任，如怡親王胤祥、大學士張廷玉、戶部尚書蔣廷錫、大學士鄂爾泰等，都是以親重大臣兼任軍機大臣。還有軍機章京，由內閣、翰林院、六部、理藩院等衙門官員中選充。所有這些人都是兼職，他們的升轉仍在原衙門進行。因此，軍機處設立之初，“無專官” 。軍機處沒有正式衙署，有值班房，在隆宗門內，靠近雍正帝寢宮養心殿，以便於軍機大臣被召見議事。無專官，無衙署，就使軍機處成為一種特殊的機構。
軍機處的主要職責是，遵奉諭旨，寫成文字，並予轉發。雍正帝每天召見軍機大臣，有時一天召見數次，像在西北用兵緊張之時，張廷玉“內直自朝至暮”，“間有待至一二鼓” ，以備隨時應召。召見時，雍正帝指示各項事件應如何辦理，有時向軍機大臣詢問情況，聽取他們的意見，以作出裁決。軍機大臣根據旨意，草擬文書。上諭形成後，不經過內閣，由軍機處直接發給有關官員。
軍機處主要是作文字工作，雍正朝的軍機大臣，不過是傳旨辦事，對制定政策起的作用不大，乾隆時當過軍機章京的趙翼說，軍機大臣“只供傳述繕撰，而不能稍有贊畫於其間” 。這就是說，軍機處不過是皇帝的秘書班子，它只能忠實執行皇帝的命令，不可能形成危害皇權的勢力。
雍正帝創立軍機處，把它和奏摺制度相結合，即以朱批諭旨答覆臣下奏摺，召見軍機大臣授以政事機宜，天下庶務總歸他一人處理。明太祖朱元璋罷丞相升六部，使“天下庶務皆朝廷總之”，他一人處置不過來，就指定當時還是低級官員的大學士協助處理，但那時內閣制度還沒有形成，大學士幫不了他的忙。雍正帝不同，設立軍機處，就有了固定助手，可以及時處理政事了，所以他的權力比明太祖還要集中，他以前的其他帝王的權力更沒法與他相比，他是真正集權力於一身，總理天下庶務了。
經濟改革
清查虧空
雍正帝深知貪官污吏舞弊、錢糧短缺的嚴重情形，決心整飭吏治，清查錢糧。即位一個月就下達了命令。他首先講了清理的必要性：各地虧空錢糧不是受上司勒索，就是自身侵漁，都是非法的。在先，大行皇帝寬仁，未對贓官明正法典，所謂勒限追捕，也不過虛應故事，虧欠依然如故。但由此而造成庫藏空虛，一旦地方有事，急需開支，則關係非淺，因此必須清查。接著說了清理的政策，地方凡有虧空，限三年之內如數補足，如限滿不完，從重治罪 。
清理令下之後，從中央到地方都動了起來。在戶部查明虧空二百五十萬兩，雍正帝責令該部歷任堂官、司官和部吏賠償一百五十萬，另一百萬由戶部逐年彌補。內務府官員李英貴等人冒支正項錢糧百餘萬兩，雍正帝抄他們的家產來抵償。
地方上的清查，在雍正元年普遍開展起來，當年被革職查封家產的地方大員很多，其中有湖廣布政使張聖弼、湖南按察使張安世、江蘇巡撫吳存禮、布政使李世仁、江安糧道王舜。原山西巡撫蘇克濟被人告發貪贓四百五十萬兩，雍正帝抄沒其家產外，責令其家人趙七幫助賠補二十萬兩。
嚴厲的清查，經過三年，取得相當效果，中央的清理基本結束，一些省區，如直隸、河南、山西等省彌補了虧空。有些省份雖也獲得一些效果，但虎頭蛇尾，企圖草草了結。雍正帝對此極為不滿，下令展限三年，務期徹底搞清，否則重治督撫之罪。
耗羨歸公
雍正帝清理虧欠，贓官賠償以外，就令官員以羨餘來彌補，所以清理財政的同時，必須進行耗羨提解。康熙末年有人提出整治濫收火耗和改變它的用途的建議，認為耗羨除允許州縣官動用一部分外，其餘的歸省里，用作公共事務。康熙帝不贊成。他說，徵收火耗原是地方官的私事，若允許他部分歸公用，就是中央政府承認此項徵收是合法的，他本人將落個實行加派的罪名。雍正帝同乃父態度不同。雍正元年，山西巡撫諾敏請求將該省各州縣耗羨銀全部上繳布政司，一部分用作抵補無著落的虧欠，一部分給官員作養廉銀。這是全面實行耗羨提解的辦法，雍正帝當即批准實行，並在全國推廣山西的做法。
耗羨提解的目的之一，是要制止官吏亂征附加稅，降低火耗率，以減輕稅民負擔。雍正帝對於耗羨率，只許減少，不許增多。他說，如地方官員“於應取之外，稍有加重者，朕必訪聞，重治其罪” 。耗羨歸公後，各地火耗率與實行前發生變化，大多數地區耗羨率降低在正額錢糧的一至二成之間，比原來的高耗羨率有了一定程度的降低，扭轉了地方官狂征濫派的嚴重情況。
耗羨提解以後，雍正規定，它的用途為三大項；一是給官員的養廉銀，二是彌補地方虧空，三是留作地方公用。第二個用項在雍正初年清理財政中業已實行，待清補完畢，這部分銀子就改用到其他兩項上。
清朝實行低俸祿的制度，致使官員貪贓枉法，濫征火耗銀。耗羨歸公了，但從中提出一部分，作為他們辦公和生活補助費，不再多貪占，以維持其“廉潔”，稱為“養廉銀”。在雍正朝，由於清查虧空和實行養廉銀制度，官場確實較前清廉。
攤丁入地
清朝政府的徭役，無田的窮民不堪負荷，有田有勢的又勾結官吏進行規避。康熙時就有官員看到貧富差役不均的情形，有人提出改革辦法，沒有被康熙帝批准。雍正帝即位後，就面臨這個棘手問題。
雍正朝攤丁入畝首先提出者是山東巡撫黃炳，他看到人丁逃亡日益嚴重，於雍正元年六月提出倡議。一個月後，直隸巡撫李維鈞發出同樣的呼聲。雍正帝認為，“攤丁之議，關係甚重”，準備以後再辦，因而始則責備黃炳“冒昧瀆陳” ，繼而把李維鈞奏摺交戶部討論。戶部同意李維鈞的條陳，雍正帝仍不放心，又讓九卿詹事科道共議，有人就攤丁提出疑議，因田畝有大小好壞之別，怕攤得不均。雍正帝遂命李維鈞詳細規劃具體辦法，要做到對國課無損，於窮黎有益。李維鈞遵命籌劃，準備把地畝分為三等，丁銀按地畝等級攤入，不至於好壞地負擔輕重不均。十一月，雍正帝認為他“籌度極當”，辦法完善，就命他於下年開始實行 ，並命黃炳向直隸學習其具體辦法，以便推行。這樣，攤丁入糧的大事，經過半年的討論，就定下來了，在全國次第實施。
士民關係
紳衿享有法定的豁免雜項差徭的權利，還謀求種種非法特權。雍正帝痛斥那些“盪檢踰閑不顧名節”士人的種種不法罪行：他們“出入官署，包攬詞訟”，勾結地方官，分享政府的司法權；“武斷鄉曲，欺壓平民”，稱霸鄉里；“抗違錢糧，藐視國法”；“代民納課，私潤身家”，即攬納錢糧，加以侵吞 。紳衿合法和非法的權利，造成平民與紳衿的對立，他們的不法行為，同政府的法令和權力也發生衝突。他們腐蝕各級官員，是產生吏治敗壞的一種社會因素。封建國家要保持它的機器的正常運轉，它的統治的穩定，就必須與不法紳衿作鬥爭。雍正帝看到問題的癥結，於雍正二年二月，下令革除標誌紳衿特權的“儒戶”、“宦戶”名目，不許他們藉此營私不法 。為此，他頒行了一系列的具體政策。士民一體當差。雍正元年河南鞏縣知縣張可標發布告示，令“生員與百姓一體當差” ，次年豫撫田文鏡把這種辦法推廣到全省。
嚴禁紳衿包攬錢糧。雍正五年（1727）定出懲罰事例：凡貢監生員包攬錢糧而有拖欠的，不管多少，一律革去功名；拖欠至八十兩的，以贓或枉法論處。嚴禁紳衿欠糧。制定兩條新法令，一是雍正六年規定，凡系紳衿拖欠錢糧，地方官要把他同平民欠糧分開，單獨匯報，以便照紳衿抗糧例治罪。一是雍正八年定例，州縣官要把生員應納錢糧造冊送學官，由學官協助督促完納。嚴禁紳衿駕詞興訟。河南進士王轍夥同伊伯武生王允彝、武生王甸極等包攬詞訟，詐欺錢財，雍正帝革其進士，對他們嚴行審判。加強對生監的管理。政府規定：每年年底，生監要五人互保沒有抗糧包攬等事，生員完糧後，方準應試。嚴禁生員罷考。政府一系列的政策，觸動了紳衿特權，引起他們的不滿和反抗，最嚴重的是雍正二年河南封邱罷考，生監聲稱“徵收錢糧應分別儒戶、宦戶，如何將我等與民一例完糧，一例當差？” 強烈要求維護他們的特權。雍正帝指示地方官對肇事者嚴行懲處，又派刑部侍郎赴豫審理，將為首者處斬。
改革主佃關係
紳衿不法，虐待佃戶尤甚。雍正帝在處理主佃關係上，也注意打擊不法紳衿。雍正五年，田文鏡上疏，請將苛虐佃戶的鄉紳按照違制例議處，衿監吏員則革去職銜。雍正帝提出，他只考慮紳衿欺凌佃戶，卻沒有顧及佃農拖欠地租及欺慢田主的問題，命再議論。於是定出田主凌虐佃戶及佃戶欺慢田主之例，規定秀才監生“私置板棍，擅責佃戶”，“革去衣頂職銜”，並“杖八十” 。至雍正十二年加以改定，律文是：“凡不法紳衿，私置板棍，擅責佃戶，勘實，鄉紳照違制律議處，衿監吏員革去衣頂職銜，照律治罪。……如將佃戶婦女占為婢妾，皆革去衣頂職銜，按律治罪。至於奸頑佃戶，拖欠租課，欺慢田主者，照律治罪，所欠之租，照數追給田主。” 清朝法律，凡人之間拷打監禁，罪止杖八十。雍正帝定律例，將紳衿擅責佃戶以滿刑論處，表現了嚴厲禁止紳衿凌虐佃農的態度。這種主佃關係的律例，既保護地主收租，又保障農民人身地位，但本質上它還是代表地主階級利益的，不過它以法律的形式不允許地主非法虐待農民，對其特權有所抑制，給予農民的人身以某種保護，較前確是一個進步。
民族政策
改土歸流是雍正帝對南疆土司制的一項重大改革。雍正二年，他就深感土司制的弊端與土司的作惡，在給四川等地的督撫上諭中說：“朕聞各處土司鮮知法紀，所屬土民，每年科派，較之有司徵收正供，不啻倍蓰，甚至取其牛馬，奪其子女，生殺任情，土民受其魚肉，敢怒而不敢言” ，要求他們加強對土司的管理，但他並沒有行之有效的方法，說了也不起作用。到雍正四年九月，管雲貴總督事鄂爾泰上奏摺，建言改土歸流，並擬定了實施方針：“計擒為上策，兵剿為下策。令自投獻為上策，勒令投獻為下策。”對於投獻者，“但收其田賦，稽其戶口，仍量予相贍，授以職銜冠帶終身，以示鼓勵。”就是說改流的策略，既要用兵，又不專恃武力，爭取波及面小，儘量減少阻力，以便迅速實現安定。雍正帝早就欣賞鄂爾泰的才能，按照他的“有治人無治法”的思想，相信鄂爾泰能辦好這件事情，所以邊看奏摺，邊批“好”學，最後批道：“朕心中嘉悅，竟至於感矣！有何可諭，勉之！” 全部批准他的建議，勉勵他努力實行。為提高鄂爾泰的威望與事權，實授他雲貴總督，又加兵部尚書銜。廣西與貴州接壤，改流事務較多，雍正帝特將廣西從兩廣總督屬下劃出，歸鄂爾泰管轄，使他成為雲貴廣西三省總督。此外還調整了川滇邊界不合理的行政區劃。西南地方行政的這些改革，為鄂爾泰推行改土歸流政策做了組織準備。
在雍正帝的指導下，鄂爾泰、張廣泗、哈元生等督撫提鎮努力推行改流政策，到雍正八年（1730），雲貴地區基本完成了改土歸流。湘、鄂、川的改流準備得較充分，到雍正末年、乾隆初年亦告完成。整個改流的地區，以貴州涉及的最廣泛，它新設的州縣竟相當於原有州縣的面積。改流的內容包括取消世襲土司，設定府廳州縣，派遣流官，增添鎮營，改革賦役制度，興辦學校等項。雍正末年，貴州古州地區發生破壞改土歸流的叛亂，雍正帝派兵鎮壓，到乾隆初年獲得成功，鞏固了改流的成果。
