劇情簡介
海軍罪案調查處第4季當Gibbs把配槍和徽章遞到Tony手中時，我的眼眶濕潤了，不知道為什麼，也許是太喜歡這個Boss了，看他這樣黯然離開心裡很不是滋味，無數的N迷們這個夏天都在為Gibbs祈禱，希望他不要離開的太久，新一季一開始，整個小組就遇到了難題，Gibbs回來協助調查，但沒說是否會留下，Gibbs是否能重新歸隊，Tony又是否能帶領整個小組繼續捍衛海軍的榮譽呢？
分集劇情
第1集Ziva偶然目睹了一場政治性暗殺的全過程。Gibbs正享受著退休生活，因此Ziva只能獨自處理自己出現在現場這一巧合。她知道FBI正到處搜尋自己，因此躲藏起來。現在由Tony帶領的NCIS小組努力證明Ziva的清白。然而當事態變得更複雜，Ziva只得向一直相信她的人——Gibbs求助
第2集Fornell逮捕的一個囚犯越獄了，他威脅要對付Fornell和Fornell的女兒Emily。Gibbs中斷退休生活回來幫助他解決危機。Gibbs和小組成員重新調查這個囚犯的搶劫案。調查期間向一個退休海軍——逃犯入獄後唯一一個保持聯絡的人問話。整個調查過程引向了一個意想不到的結果。
第3集一輛被遺棄的車輛上遍布血跡，這倆車屬於一個失蹤的海軍中尉。調查中發現這個失蹤的中尉一直在剖析男人、希望能篩選出一個理想的結婚對象。他們還發現中尉曾經到一個酒店參加相親聚會。為了發現更多線索，Ziva喬裝打扮去參加那個聚會。剛完成心理學學位的Ducky忙著展示自己的新學問、對Ziva見到的男人逐一進行分析。Jenny私底下向Tony提供了一個職位。
第4集警察逮捕一個持有武器的男人時，一倆載有屍體的車撞向了警車。被逮捕的男人是俄羅斯人，而國土安全局聲稱該男子是為他們工作的。這個俄羅斯人和Gibbs前上司Mike Franks 以前辦的一個舊案子有關聯。Mike 中斷退休生活回來將他繩之於法。
第5集地產經紀帶客人看房子時，在空屋裡發現一名失蹤準下士的屍體。NCIS發現他最初被埋在後院然後又被挖出來。識別身份後，他們發現下士是被派往伊拉克服役的，但卻始終沒有去報導。接著他們又發現了新線索——下士竟然有兩個未婚妻。Abby分析這兩個女子的DNA，希望找出哪個能與屍體上發現的DNA吻合。
第6集萬聖節的夜晚，一海軍士兵在家中遇襲，女兒被綁架，綁匪索要贖金。NCIS接報到場，展開調查。在調查過程中，他們發現這對夫婦已經分居，而妻子是有外遇的人。調查重點放到妻子的前男友身上，但審訊後一無所獲。
第7集海軍上校在基地里的高爾夫球場打球時，突然被炸得粉碎。NCIS聯同陸軍罪案調查處一起調查疑似恐怖攻擊。接到CIA提供的線索後，他們一起去到一個廢棄的倉庫，隨即發現是個陷阱，這個倉庫已經安放好定時炸彈了！Mcgee運用他高超的電腦技術黑進了政府的秘密檔案里，發現了恐怖組織的基層架構。
第8集軍部在酒店舉行酒會，一個被授予榮譽勳章的退伍老兵屍體從天而降。NCIS展開調查，他們發現這個老兵並不是自殺的，而且退伍之後一直無家可歸、是個流浪漢。在清點他的個人物品時，發現了一些對他不利的證據，但Gibbs決心證明他的清白。
第9集Mcgee的妹妹Sara神智不清、滿身鮮血地出現在他家門口。為了幫助心愛的妹妹，Mcgee不惜冒失去工作的危險、沒有按規矩上報。Mcgee努力的想找出妹妹身上發生了什麼事，與此同時，NCIS接到了一個海軍士兵被殺案，種種線索都引向Sara，情形相當不利 Tony和Abby都忙於解決自己的感情問題，而Mcgee貌似有另外一個秘密。
第10集在施工人員清理海軍基地某建築的暖氣管道時，發現一具燒焦的木乃伊。NCIS與FBI一起調查這個案件。識別身體後，驚人地發現這具屍體竟然是連環殺手。整隊人去死者家中調查，發現了震驚的事情
第11集名為“OTTO"的人工智慧機器車輛將一海軍上尉鎖在車廂內並釋放一氧化碳將她殺害。這個智慧型車輛的研究是國防部高科技項目的組成部分。將車輛拖回車庫研究的Abby，幾乎也被該車謀殺。隊員們努力找出誰是這一連串謀殺行動的幕後真兇。Tony頻繁造訪醫生，Ziva暗自擔心不已
第12集一名海軍高級情報員在汽車旅館的小房間內被殺。NCIS接報到場尋找真兇。由於死者於三天前遇害，小鎮的警察局聲稱完成了對現場的證據收集分析工作。但Gibbs發現案件另有玄機，可能於恐怖攻擊有關聯，他堅持用自己的方式調查案件，不讓小鎮當局當作普通案件處理 亮點：小鎮的CSI MM很聰明，案件迂迴曲折。
第13集十公斤高濃度化學毒氣武器落入被通緝的恐怖分子Mamoun Sharif手中。在Mann幫助下，NCIS試圖在他發動恐怖攻擊前找到並阻止他。
第14集抓到一個國際武器交易家後，NCIS得知海軍的機密武器系統將被賣給一個外號為“La Grenouille”的武器交易家。為了能有證據和理由抓捕“La Grenouille”，他們決定派出Ducky作為臥底，達成交易，以此為理由抓捕他。與此同時，他們發現CIA也參與了這個案件，而且CIA另有打算。
第15集城市一個被遺棄的角落裡發現了一具士兵的屍體，種種跡象表明他是死於過量吸毒。當更多證據被發現之後，揭發出這是謀殺案。Tony在調查過程中與當地警方合作無間。
第16集國際原子能機構的調查員——一名海軍上尉被人暗中用放射性物質毒害，NCIS致力找出真兇。上尉聲稱只有他的兩個同僚知道他的下一個任務。無論兇手是誰，目的都是阻止他進行下一步調查工作。真兇遲遲未找到，身在醫院的上尉竟繼續出現中毒現象，變得越來越虛弱。在相處中愛上他的Ziva痛苦不已
第17集軍用陵墓的墓室泄露出氣體，工作人員查看時，墓室竟炸開，滿地都是肢體殘骸和屍液，場面極度噁心。NCIS接報後，要辨認出殘肢的身份、找到他們在世的親人，從而找出受害者間的聯繫、縮窄嫌疑人的範圍、找出是誰犯下如此惡行。
第18集一個被認為已經凍死的海軍在Ducky的驗屍台上復活。NCIS研究他最近幾天的活動情況，試圖找出在他身上發生什麼以及誰要致他於死地。隨著調查的進行，他們發現受害者通過貨運機穿梭於巴格達和美國之間。並發現一些與Gibbs過去有關的事情。亮點：出人意料的死者，出人意料的案件。死者是 Franks的兒子，劇中也有Franks的登場。
第19集Gibbs的小組在周末與Agent Paula Cassidy的小組調休。Cassidy的小組接到匿名電話舉報，尾隨可疑人物進入可能是恐怖組織開會的地點。結果這是個陷阱，目標地點發生爆炸，小組除了Cassidy外無一生還。Cassidy內疚不已，認為是自己的錯。Gibbs的小組也很自責，努力找出幕後黑手。伊斯蘭教派為犧牲探員舉行的悼念會上，另一次爆炸又準備發動了
第20集一連串命案接連發生，而死者都是Mcgee新書中角色的原型。也因為這樣，Mcgee感受到非常大的壓力，並且有很深的罪惡感。
第21集一心想將Le Grenouille繩之於法的Jenny單獨與一個線人會面。會面時，線人被人射殺，Jenny很懊惱。NCIS蒐集現有的所有信息，企圖抓住對手。
第22集一個盲人攝影師無意中拍到一個海軍職員的屍體。他運用超群的嗅覺、觸覺、對環境的超強的感受能力帶領NCIS找到了屍體，並最終抓到兇手。Gibbs和Tony都各自在感情方面有大進展，確立了關係。
第23集Jenny去法國參加國際性會員，任命Gibbs做代理主任。但Gibbs對文書工作絲毫不感興趣，一聽到有命案發生就立馬趕過去帶領調查。該集命案是一輛開往NCIS的計程車上驚現屍體，最後發現一切都是個局。
第24集Jenny從歐洲歸來後，國土安全局突然要對整個NCIS進行測謊。每個人深藏的秘密逐步揭示出來。Tony和Jeanne在醫院裡毫無防備地被一個喪心病狂的販毒者挾持。
