設施
波基浦西火車站站樓共有四層。站樓第一第二層是鐵軌與站台。正門位於第三層，現有的絕大部分設施，如小商店，售票室，自動售貨機，公共電話，洗手間等，都位於第三層。而第四層主要是挑高的天花板。站樓的候車室以大中央車站的候車大堂為原型，結構非常相似，但裝飾則較為簡單。
站樓通過一個棧橋連線到位於第一層的2個站台和4條軌道，並有2條樓梯和2個電梯。2個站台均為方便殘障人士上下車的高站台。棧橋在跨越站台和鐵軌後也連線到位於車站西側的停車樓，共提供超過1000個停車位。停車樓內亦有2個電梯。而位於正門外的站前小廣場還設有的士等候車位，巴士站，臨時停車位等設施。
路線
美鐵
該站是帝國走廊鐵路線上一個重要的鐵路客運站，往南為美鐵系統最繁忙車站紐約賓夕法尼亞車站，而往北為美鐵系統第九繁忙車站奧爾巴尼-倫斯勒火車站，而繼而向西為雪城，羅切斯特，水牛城。該站共有帝國服務號，亞迪榮戴克號，楓葉號，湖岸特快號及伊森.艾倫號5條線路，共12對火車經過，可直接到達紐約，奧爾巴尼，芝加哥，波士頓，多倫多，蒙特婁，水牛城，羅切斯特，雪城，克利夫蘭等大城市，也可連線到全美各地。在2016年財年度，該站共錄得101,536人次乘坐美鐵列車，同比上升0.7%.
具體路線如下：
| 路線名 | 英文名 | 走向 | 北行下一站 | 南行下一站 | 北行終點站 | 南行終點站 | 工作日發車頻率 |
| 帝國服務號短線 | Empire Service | 南至北 | 萊恩克里夫 (Rhinecliff) | 克羅頓-哈門 (Croton–Harmon) | 奧爾巴尼 | 紐約 | 6對 |
| 帝國服務號長線 | Empire Service | 南至北至西 | 萊恩克里夫 (Rhinecliff) | 克羅頓-哈門 (Croton–Harmon) | 尼亞加拉瀑布城 | 紐約 | 2對 |
| 亞迪榮戴克號 | Adirondack | 南至北 | 萊恩克里夫(Rhinecliff) | 克羅頓-哈門 (Croton–Harmon) | 蒙特婁 | 紐約 | 1對 |
| 楓葉號 | Maple Leaf | 南至北至西 | 萊恩克里夫(Rhinecliff) | 克羅頓-哈門 (Croton–Harmon) | 多倫多 | 紐約 | 1對 |
| 湖岸特快號 | Lake Shore Limited | 東至西 | 奧爾巴尼 | 克羅頓-哈門 (Croton–Harmon) | 芝加哥 | 紐約，波士頓 | 1對 |
| 伊森.艾倫號 | Ethan Allen Express | 南至北 | 萊恩克里夫(Rhinecliff) | 克羅頓-哈門 (Croton–Harmon) | 拉特蘭 | 紐約 | 1對 |
紐約大都會運輸署
在該站也可乘坐大都會北方鐵路哈德遜線（MTA Metro-North Railroad Hudson Line）前往紐約大中央車站。該通勤鐵路班次密集，在工作日有超過30對火車來回于波基浦西和紐約。而在工作日尖峰時刻，約25分鐘就有一班車發出。 在2006年，該站共錄得424,580人次乘坐北方鐵路列車，日均為1,633人次。
具體路線如下：
| 路線名 | 英文名 | 走向 | 北行下一站 | 南行下一站 | 北行終點站 | 南行終點站 | 工作日發車頻率 |
| 哈德遜線 | Hudson Line | 南至北 | 終點站 | 紐漢堡(New Hamburg | 終點站 | 紐約 | 30對以上 |
