按原料來源分
1．農村發酵原料①富N原料。通常是指人、畜和家禽糞便，也包括青草等碳氮比低的原料。其含氮量高，碳氮比多在25∶1以下，即在沼氣發酵的適宜的碳氮比範圍內或以下。這類原料中糞便經過了人和動物的胃腸系統的充分消化，一般顆粒細小，含有大量的低分子化合物——人和動物未吸收的中間產物，含水量較高。因此，在進行沼氣發酵時不必預處理，就容易厭氧分解，產氣速度快，發酵周期較短。②富C原料。我國農村的另一大類發酵原料是秸稈和秕殼等農作物的殘餘物。這類原料富含纖維素、半纖維素、果膠以及難降解的木質素和植物蠟質，含碳量高，其碳氮比多在40∶1以上，比沼氣發酵適宜的碳氮比高，稱富碳原料。這些物質的厭氧分解，比富N的糞便原料慢得多，發酵周期較長。秸稈類富C原料一般乾物質含量比富N原料高，且比重小，進沼氣池後容易飄浮形成死區——浮殼層。為了提高原料的產氣速率和利用率，這類原料在發酵前一般需要預處理。
2．城鎮有機廢物廢水 主要包括人糞尿、生活污水、有機垃圾、有機工業廢水、廢渣和污泥等。
3．水生植物 主要包括水葫蘆、水花生、水浮蓮和其它水草和藻類等。這些水生植物利用太陽能的能力很強，繁殖速度快、產量高。由於組織鮮嫩，容易厭氧分解，作沼氣原料，產氣快、周期短。但水葫蘆、水花生、水浮蓮等水生植物體內有氣室，直接進沼氣池，容易飄浮。因此，用作沼氣發酵原料時，宜稍晾乾或堆漚2天后入池，效果較好。
按原料的形態分
1．固體原料 秸稈類、城市有機垃圾等都是固形物，其乾物質含量比較高。它們主要可用於乾發酵、坑填發酵。我國農村還將秸稈用作水壓式沼氣池的主要啟動原料。它可彌補糞料的不足，緩慢地分解產氣，延續產氣高峰期。但是，它也容易在池內結殼、沉渣，造成出料困難。
2．漿液態原料 主要指人、畜和家禽糞便，它們一般隨清洗水排入糞坑，呈漿液態。鮮糞乾物質含量多在20%左右，與水混合後的漿液多在10%上下。它們可與固態原料混合，進行乾發酵，同時也作為我國農村水壓式沼氣池的主要原料。另外，污水污泥也屬於這一類。
3．有機廢水 如酒精蒸餾廢液、酵母廠廢水、抗菌素廠廢水、豆製品廠廢水、制醬廠廢水和紙漿廢水等，它們含不同量的蛋白質、脂肪和碳水化合物，是產沼氣的好原料，比天然有機物易於分解。一般可用高效的厭氧消化器處理。
