相傳古代佛教之風俗習慣，建寺同時建塔，特別是名山大寺，有寺有塔。清代向萬榮撰《重修金山慈壽塔》記雲“山有符圖七級，名慈壽塔，創自齊梁”。 金山住持僧隱儒《重修金山慈壽塔記》雲“浮玉直巔有塔焉，創自蕭梁，厥號薦慈”。
又按《淨談志》載雲“宋元符丞相曾布，建雙塔於半山腰，南北相向，請名於朝，曾布為超薦亡母，請皇帝命名為薦慈塔，薦壽塔”。
宋神宗熙寧七年早於元符二十五年，大學士蘇東坡游金山寺，遇大風，留宿寺中，寫有詩句“塔上一鈴獨自語，明日顛風當斷渡”。可見在元符曾布之前，金山已有寶塔。 又至宋徽宗政和四年，皇帝信道，金山寺改為神霄宮，道士毀了寶塔，改建房屋。據陸游入蜀記載“政和中，寺為神霄宮，道士乃去塔上相輪而屋之，謂之羅霄台，其間五十餘年”。寶印始復為塔，且增飾之。 此中所謂五十餘年者，即從北宋徽宗政和四年至南宋孝宗幹道年間，金山寺住持寶印，號別峰，才恢復了寶塔，修飾比以前更加莊嚴。
元朝馮子振《游金玉岩詩》雲“雙塔嵯峨聳碧空，爛銀盤涌紫金容，江流吳楚三千里，山壓蓬瀛第一峰”。可見宋代的雙塔一直保存到元代。 明初雙塔俱廢，至明穆宗隆慶三年，僧了明就北塔舊址重建一座新塔，改名為慈壽塔，後明釋空滿，又在金山東北，舊藏經閣後，建多寶塔一座，後毀。清初，塔毀於火，官府捐募重建，但到了鹹豐年間，戰亂中塔寺全部毀壞。同治年間，寺宇恢復，塔尚未建，至光緒二十年，金山寺住持僧隱儒，誓建此塔，赴京向清廷求援，慈禧命他自行募修，隱儒南北奔走，沿門托缽，約五年，募銀而萬九千六百兩於光緒二十六年，戊戌八月，塔始建成，仍名慈壽塔。
中華人民共和國成立後，寶塔幾次修繕，至今巍峨秀拔，寶塔高36米磚木結構七級八面，高聳山巔，登臨眺望古城風光盡受眼底，塔中供奉金山祖師像28尊，每層塔檐四周還綴以彩燈，俾使夜間亦可大放光明
