細川政元雖然擁立了義植的堂兄弟足利義澄為十一代將軍，然而十代將軍足利義植在畠山尚順的保護下暫時得以喘息，也使政元無法忽視這股勢力的存在，並且細川政元的專制也無法使局勢得到真正的穩定。而此時細川政元用火攻攻擊了呼應足利義植上洛的比叡山延曆寺。
各地方漸漸地不再受幕府的控制而分離了出去，因此幕府連為土御門天皇送葬和為後柏原天皇即位儀式的費用都無力承擔。
政元在其晚年，把軍事交給了赤澤朝經，把政務交給了安富元家、齋騰元右、藥師寺元一等人。政元決定剃髮修行，從此遁入空門，但是由於其沒有親生兒子，而遭到其妻的拒絕阻攔。
如此一來，一向團結一致的細川家內部也開始產生了分裂，而陷於內斗，從而使得幕府處在了極度混亂的狀態。事情的起因，就是細川政元因無子，而從公家九條家過繼了細川澄之，而從同門一族的阿波守護過激了細川澄元，從而得到了兩位養子為其繼承人後選。由此也引發了細川家家臣團的分裂，互相對峙的兩派使得細川家從此陷入內斗不息的境地。
隨之以後，1507年(永正4年)，細川政元被細川澄之的家臣團暗殺，史稱此次事件為“永正政變”。以後細川氏的內部鬥爭與足利義澄和足利義植的鬥爭相聯繫起來，事態變得更加嚴重起來。澄之隨即與一色氏達成和議，返回京都，繼任細川氏家督。但是，心腹大患澄元卻逃走了。在政元被殺38天后，澄之受澄元派的細川高國，政賢等攻擊，自殺身亡。
