歷史沿革
1910年津浦鐵路開通，過境設站，因站點近八旗兵營遍插各色旗幟得名花旗營，站名遂為花旗營站。
1912年民國建立，隸屬於津浦鐵路總局浦口分局；
1931年隸屬於津浦鐵路管理委員會；
1937年津浦路沿線為日偽所據，後隸屬日偽鐵道機構；
1945年抗戰勝利後，屬津浦鐵路管理局濟徐浦管理處；
1949年解放後，先隸屬軍委鐵道部上海鐵路管理局南京分局浦口站管理。
1958年，永寧公社所屬的花旗大隊更名為紅旗大隊，站名進行更改，因寧夏回族自治區有永寧縣，站名定為永寧鎮站以示區別。
1969年，,南京長江大橋建成通車，津浦鐵路天津北至林場區間於滬寧鐵路合併成為京滬鐵路。
2004年10月，南京北至蚌埠的普客列車停運，永寧鎮站告別了最後一趟客運列車，停止了客運業務。
2005年，全路裁撤鐵路分局建制，永寧鎮站改屬上海鐵路局南京東站管轄，現為四等站。
2007年7月，寧西鐵路南京--合肥段全面開工，自永寧鎮站向西修築。
2008年4月18日，寧西鐵路南京--合肥段正式營運，至此寧西全線貫通。永寧鎮站成為兩條重要幹線的接軌站，鐵路作業任務開始大增。
站點位置
永寧鎮站在京滬線上行距離北京站1137公里、下行距離上海站326公里；在寧西線上行距離南京站25公里，下行
運營情況
客運：
不辦客運業務。
貨運：
辦理整車貨物發到。
