Ⅰ類 主要適用於源頭水，國家自然保護區；
Ⅱ類 主要適用於集中式生活飲用水地表水源地一級保護區、珍惜水生生物棲息地、魚蝦類產卵場、仔稚幼魚的梭餌場等；
Ⅲ類 主要適用於集中式生活飲用水地表水源地二級保護區、魚蝦類越冬場、洄游通道、水產養殖區等漁業水域及游泳區；
Ⅳ類 主要適用於一般工業用水區及人體非直接接觸的娛樂用水區；
Ⅴ類 主要適用於農業用水區及一般景觀要求水域。
對應地表水上述五類水域功能，將地表水環境質量標準基本項目標準值分為五類，不同功能類別分別執行相應類別的標準值。水域功能類別高的標準值嚴於水域功能類別低的標準值。同一水域功能與達功能類別標準為同一含義。
