1999年6月,十個國家局所屬242個科研院所作為改革的試點單位進行轉制,原機械工業部直屬的六所(哈爾濱焊接研究所、瀋陽鑄造研究所、鄭州機械研究所、武漢材料保護研究所、北京機械工業自動化研究所、北京機電研究所),兩院(原機械科學研究院和機械工業第一設計研究院),重組後整體轉制為現在的機械科學研究院。
2002年,機械科學研究院確定了母子公司集團管理模式,通過改革和調整,形成了以產權關係為紐帶的集團管理架構,成為擁有一個核心管理機構,9個直屬研究、設計單位,和1個控股股份公司的中央直屬大型科技企業集團。院部設有科技發展部、企劃管理部、人力資源部、財經審計部、行政事務部和黨群工作部六個職能部門,其工作重心是:發展戰略、發展規劃、技術領域擴展、投資決策與管理、內部技術經濟政策、計畫目標管理和幹部隊伍建設等。下屬哈爾濱焊接研究所、瀋陽鑄造研究所、鄭州機械研究所、武漢材料保護研究所、北京機械工業自動化研究所、北京機電研究所、機械工業第一設計研究院、機械工業工程機械軍用改裝車試驗場、機械工業生產力促進中心等9個全資子公司和1個控股的機科發展科技股份有限公司。
至2003年底,機械科學研究院占用土地面積276萬平方米,總資產16.58億元,淨資產5.58億元。2003年新增契約額超過13億、主營業務收入8.7億、利潤總額3603萬。
本著“科技以人為本”的治院方針,堅持科研育才,在幾十年的科研實踐中,機械科學研究院形成了由4位院士、20位國家有突出貢獻的中青年科學技術專家、262位享受政府特殊津貼專家和354位研究員組成的科研帶頭人隊伍和近4000人的工程技術人員隊伍。作為首批學位授予單位,機械科學研究院現有1個博士學位授予點、15個碩士學位授予點和一個博士後流動工作站,在機械工程、材料科學與工程、固體力學、工程力學、核技術及計算機科學與套用等學科均有穩定的研究方向,已為國家培養了471名科技專家和管理人才,其中幾十位科研管理人才先後走上了國家和省部級領導崗位。
機械科學研究院堅持以發展為主題,以內部結構調整為主線,積極推進科研水平的提升,加快科研成果的轉化和技術服務的規模化,歷經幾代人的不懈努力,機械科學研究院現已形成了科學研究、成果轉化和技術服務三大主業。作為國家技術創新體系的重要組成部分,機械科學研究院將以優秀的科技人才隊伍、強大的科技開發能力、高水平的科技成果,為製造業的發展做出更大的貢獻。
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