楊卓寅於1937年離校後,回原籍開業,譽滿鄉里。1952年參加革命工作,先後任進賢縣人民醫院、南昌專區人民醫院、江西省中醫院主任中醫師、宜春醫專講師,江西中醫學院內部、各家學說、醫學史教研室主任、教授,,深受全省中醫同道的愛戴。六十年來,為中醫的醫療、教學、科講事業竭盡了綿薄之力。1986年當選為中華全國中醫學會江西分會副會長,1992年被評為“國家有突出貢獻的專家”,榮獲國務院頒發的特殊津貼。
楊卓寅從事中醫醫療、教學、科研工作60餘年,一貫主張實事求是,不尚空談,師古而不泥古,繼承有所創新。他在臨床方面,堅持突出中醫特色,遵循辨證論治的原則;外感宗仲景、天士、鞠通,內傷法東垣、丹溪、景岳,旁參各家學說,而對乃師姚國美的《中醫病理學》、《中醫診斷治療學》兩部書尤為服膺。他根據多年的臨床實踐,認為程鍾齡的“醫門八法”不夠全面,並舉《傷寒論》方證為例,如五苓散、豬苓湯的利水,鏇復代赭湯的降逆,赤石脂禹餘糧湯的止利等,在“八法”中難以歸納進去,遂補充澀、滲、升、降四法,成為十二法,這是對“醫門八法”的繼承和發展。其論文《論醫門十二法》發表於《江西醫藥》和《新中醫》雜誌,深得同道讚許。
楊卓寅在教學上推崇陳修園研究經典的治學態度與普及方法,他曾仿效陳氏《長沙真方歌括》的體例,編寫了一本《傷寒六經證治歌括》,將《傷寒論》的證治內容提綱挈領加以概括,使學生易懂、易讀、易記,收到了很好的教學效果。楊卓寅先生晚年的心愿是研究江西地方醫學史,收集杏林人物資料,探究其來龍去脈,編著《江西省十大名醫譜》、《江西杏林人物》等書,負責“旴江醫學研究”科研課題,填補了江西地方醫學史研究領域的空白。
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