梅甘娜拿加喙鯨Nenga meganasalis有別於其他喙鯨科成員在於梅甘娜拿加喙鯨Nenga meganasalis有達長矩且寬闊的鼻骨nasals並占了頂部很大的面積。梅甘娜拿加喙鯨Nenga meganasalis和其他喙鯨科不同之處在於中篩骨有骨化的吻中管mesorostral groove , 並缺乏和其他喙鯨亞科的共有衍征(synapomorphy), 前上頜弧形脊突呈前外側導向。梅甘娜拿加喙鯨Nenga meganasalis有別於瓶鼻鯨亞科Hyperoodontinae的翼手喙鯨屬Pterocetus , 科薩喙鯨屬Xhosacetus及塔喙鯨屬Tasmacetus , 梅甘娜拿加喙鯨Nenga meganasalis中篩骨吻中管已骨化 , 前上頜骨上突不壓縮 , 狹窄的前上頜骨弧形脊突有陷入的鼻骨。梅甘娜拿加喙鯨Nenga meganasalis和 利隆喙鯨屬Ninoziphius 不同在於梅甘娜拿加喙鯨Nenga meganasalis有較高的吻突基處和較短的上頜糟。
